Faisabilité de l'utilisation d'échantillons qFIT excédentaires pour étudier le microbiote intestinal. (FUTURISTIC)

Nous visons à tester l'hypothèse selon laquelle les 2 mg de matières fécales en suspension dans le réactif tampon de la cassette qFIT seront suffisants pour effectuer le séquençage du gène de l'ARNr 16S et donneront des résultats comparables aux échantillons fécaux collectés de manière conventionnelle, nous permettant ainsi d'étudier le grand nombre de patients. ' échantillons disponibles auprès du National Bowel Screening Program dans les études futures.

Si nous pouvions démontrer que l’ADN de ces matières fécales donne des résultats similaires à celui des échantillons collectés de manière conventionnelle (par ex. 15 à 20 ml de matières fécales collectées dans un pot d'échantillon de selles de 30 ml), cela pourrait nous permettre d'étudier le grand nombre d'échantillons de patients disponibles auprès du Programme national de dépistage de l'intestin dans des études futures.

D'autres études ont étudié la possibilité d'utiliser un tampon de test FIT résiduel frais ou congelé au lieu d'échantillons de selles intactes pour mesurer les caractéristiques microbiennes fécales par séquençage du gène de l'ARNr 16S, en utilisant des cartouches OC-Auto FIT (Polymedco Inc) qui ajoutent 10 mg de selles à 2 ml. de tampon, mais la stabilité du tampon est inférieure à celle des cartouches de collecte EXTEL (7 jours contre 32 jours à température ambiante ; 28 jours contre 120 jours à 2-8°C).

Nous émettons l'hypothèse que la petite quantité de matières fécales en suspension dans le réactif tampon de la cassette qFIT sera suffisante pour effectuer le séquençage du gène de l'ARNr 16S et donnera des résultats comparables aux échantillons fécaux collectés de manière conventionnelle.

Nous allons :

1. déterminer si 500 ul de mélange tampon/fèces provenant de cassettes de collecte qFIT produiront suffisamment d'ADN pour le séquençage du gène de l'ARNr 16S ou si 1,5 à 2 ml sont nécessaires
2. comparer le séquençage du gène de l'ARNr 16S de selles fraîches de 16 volontaires humains (traitées dans les 24 heures) à l'aide de cassettes qFIT et de méthodes conventionnelles de collecte de selles
3. déterminer l'adéquation des matières fécales collectées par qFIT, conservées dans la cassette pendant des durées proportionnelles aux échantillons traités dans le cadre du Scottish Bowel Screening Programme, jusqu'à 14 jours
4. quantifier l'ADN présent dans 100 échantillons qFIT excédentaires par rapport aux besoins des patients symptomatiques de l'Aberdeen Royal Infirmary, afin de déterminer la proportion d'échantillons contenant un ADN adéquat pour le séquençage du gène de l'ARNr 16S.