장내 미생물 조사를 위해 잉여 qFIT 샘플 사용의 타당성. (FUTURISTIC)
국립 장 검사 프로그램 잉여 qFIT 샘플을 사용하여 장내 미생물 조사의 타당성.
스코틀랜드 대장 검진 프로그램은 엄청난 잠재력을 지닌 연구 자원입니다. 스코틀랜드에서는 매년 50만 명이 대장 선별 검사를 받습니다. 이들 개인의 장내 미생물군에 대한 의미 있는 데이터를 얻을 수 있다면 장내 미생물군 프로필을 암, 비만, 심혈관 및 대사 질환, 알츠하이머병과 관련된 중첩된 사례 관리 연구를 통해 많은 임상적 질문에 답할 수 있을 것입니다. 개인은 50세부터 74세까지 선별검사를 받기 때문에 장기간의 종단적 연구를 위한 훌륭한 기회도 있을 것입니다.
2017년부터 장 검사 프로그램에서는 대변 헤모글로빈에 대한 qFIT 테스트를 사용해 왔습니다. 환자는 작은(2mg) 대변 샘플을 2ml의 완충액에 수집하지만 테스트에는 약 6ul만 필요합니다. 이 연구의 목표는 국립 장 검사 프로그램에서 이용 가능한 다수의 환자 샘플이 qFIT 테스트에서 완충액에 남은 대변을 사용하는 향후 장내 미생물 연구에 사용될 수 있는지 여부를 조사하는 것입니다.
연구 개요
상세 설명
우리는 qFIT 카세트의 완충 시약에 현탁된 대변 2mg이 16S rRNA 유전자 서열 분석을 수행하기에 충분하고 기존에 수집된 대변 샘플과 비슷한 결과를 얻을 수 있다는 가설을 테스트하는 것을 목표로 하여 많은 수의 환자를 연구할 수 있습니다. ' 향후 연구에서는 국립 장 검사 프로그램에서 샘플을 사용할 수 있습니다.
만약 우리가 이러한 대변의 DNA가 기존에 수집된 표본(예: 30ml 대변 샘플 냄비에 15-20ml의 대변을 수집), 이를 통해 향후 연구에서 국립 대장 선별 프로그램에서 제공되는 많은 수의 환자 샘플을 연구할 수 있습니다.
다른 연구에서는 2ml에 10mg의 대변을 추가하는 OC-Auto FIT 카트리지(Polymedco Inc)를 사용하여 16S rRNA 유전자 시퀀싱을 통해 대변 미생물 특징을 측정하기 위해 손상되지 않은 대변 샘플 대신 신선하거나 냉동된 잔류 FIT 테스트 완충액을 사용할 가능성을 조사했습니다. 그러나 완충액 안정성은 EXTEL 수집 피커 카트리지보다 낮습니다(상온에서는 7일 대 32일, 2~8oC에서는 28일 대 120일).
우리는 qFIT 카세트의 완충 시약에 부유된 소량의 대변이 16S rRNA 유전자 서열분석을 수행하기에 충분할 것이며 기존에 수집된 대변 샘플과 비슷한 결과를 얻을 것이라는 가설을 세웠습니다.
우리가하여야한다:
- qFIT 수집 카세트에서 500ul의 완충액/배설물 혼합이 16S rRNA 유전자 서열분석에 충분한 DNA를 생성하는지 또는 1.5~2ml가 필요한지 여부를 결정합니다.
- qFIT 카세트와 기존의 대변 수집 방법을 사용하여 16명의 지원자로부터 얻은 신선한 대변(24시간 이내에 처리됨)의 16S rRNA 유전자 서열 분석을 비교합니다.
- 스코틀랜드 대장 선별 프로그램에서 처리한 샘플에 상응하는 기간(최대 14일) 동안 카세트에 보관된 qFIT가 수집한 대변의 적합성을 결정합니다.
- Aberdeen Royal Infirmary의 증상이 있는 환자의 요구 사항에 따라 100개의 qFIT 샘플 과잉에 존재하는 DNA를 정량화하여 16S rRNA 유전자 서열 분석에 적합한 DNA가 있는 샘플의 비율을 결정합니다.
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Aberdeen, 영국, AB25 2ZD
- Rowett Institute
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 건강한 남성과 여성
- 18~65세
- BMI 18.5 및 30kg/m2
제외 기준:
- Kiltie 교수 연구실의 구성원
- 최근 3개월 이내에 항생제를 섭취한 경우
- 임신 또는 모유 수유
- Rowett Institute에 샘플을 반납할 수 없습니다.
- 다음 중 하나에 해당하는 경우: 심혈관 질환/뇌졸중, 당뇨병, 위장병, 자가면역 질환 또는 암 병력.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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16 건강한 사람들
자원봉사자는 BMI가 18.5~30kg/m2인 18~65세의 건강한 남성과 여성입니다.
자원봉사자는 표준 대변 샘플에서 처리된 대변과 스코틀랜드 대장 선별 프로그램에 사용된 수집 장치(EXTEL HEMO AUTO MC Collection Picker)로 수집한 대변 사이의 장내 미생물에 대한 16S rRNA 유전자 시퀀싱 결과를 비교하기 위해 단일 대변 샘플을 제공합니다.
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어떠한 개입도 제공되지 않습니다.
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100개의 익명화된 qFIT 샘플
신중하게 통제된 조건이 NHS 환경에서 복제되는지 확인하기 위해 NHS Grampian Biorepository 윤리적 승인을 받아 화학 병리학 Aberdeen Royal Infirmary에서 100개의 익명 qFIT 샘플을 얻을 것입니다.
추출된 DNA는 Qubit으로 정량화되고 아가로스 젤에서 실행되어 DNA의 손상되지 않은 특성을 확인합니다.
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어떠한 개입도 제공되지 않습니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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16S 서열분석을 이용한 미생물 조성.
기간: 5 개월
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QFIT 수집 카세트와 기존의 대변 수집 방법을 사용하여 16명의 지원자로부터 24시간 이내에 처리된 신선한 대변의 16S rRNA 유전자 서열 분석을 비교합니다.
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5 개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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Qubit으로 정량화된 시간 경과에 따른 DNA 수율
기간: 6 개월
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스코틀랜드 대장 선별 프로그램에서 처리된 샘플에 상응하는 기간 동안 카세트에 보관되었을 때 미생물 DNA 수율을 기반으로 qFIT에서 수집한 대변의 적합성 결정.
추출된 DNA는 16S DNA 시퀀싱을 위해 전송됩니다.
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6 개월
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NHS 설정을 사용하는 16명의 지원자의 DNA 수율 비교
기간: 10개월
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신중하게 통제된 조건이 NHS 환경에서 복제되는지 여부를 확인하기 위해 샘플 후 분석을 7~14일 동안 보관하는 100개의 익명 qFIT 샘플을 NHS Grampian Biorepository 윤리 승인에 따라 화학 병리학 Aberdeen Royal Infirmary에서 확보합니다.
추출된 DNA는 Qubit(2ul 부피, 0.2ng ~ 100ng 감지 가능)으로 정량화되고 SYBR Safe 형광 염료가 포함된 아가로스 겔에서 실행되어 DNA의 손상되지 않은 특성을 확인합니다.
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10개월
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공동 작업자 및 조사자
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Baxter NT, Koumpouras CC, Rogers MA, Ruffin MT 4th, Schloss PD. DNA from fecal immunochemical test can replace stool for detection of colonic lesions using a microbiota-based model. Microbiome. 2016 Nov 14;4(1):59. doi: 10.1186/s40168-016-0205-y.
- Vogtmann E, Chen J, Amir A, Shi J, Abnet CC, Nelson H, Knight R, Chia N, Sinha R. Comparison of Collection Methods for Fecal Samples in Microbiome Studies. Am J Epidemiol. 2017 Jan 15;185(2):115-123. doi: 10.1093/aje/kww177. Epub 2016 Dec 16.
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
키워드
기타 연구 ID 번호
- 502
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장내 미생물에 대한 임상 시험
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