Mulighed for at bruge overskydende qFIT-prøver til at undersøge tarmmikrobiotaen. (FUTURISTIC)

Vi sigter på at teste hypotesen om, at de 2 mg fæces suspenderet i bufferreagens i qFIT-kassetten vil være tilstrækkelig til at udføre 16S rRNA-gensekventering og vil give sammenlignelige resultater med konventionelt indsamlede fæcesprøver, hvilket giver os mulighed for at studere det store antal patienter ' prøver tilgængelige fra National Bowel Screening Program i fremtidige undersøgelser.

Hvis vi kunne påvise, at DNA'et fra disse fæces giver resultater svarende til resultaterne fra konventionelt indsamlede prøver (f.eks. 15-20 ml fæces opsamlet i en 30 ml afføringsprøvepotte), kunne dette give os mulighed for at studere det store antal patienters prøver, der er tilgængelige fra National Bowel Screening Program i fremtidige undersøgelser.

Andre undersøgelser har undersøgt potentialet for at bruge friske eller frosne resterende FIT-testbuffer i stedet for intakte afføringsprøver til at måle fækale mikrobielle træk ved 16S rRNA-gensekventering ved hjælp af OC-Auto FIT-patroner (Polymedco Inc), som tilføjer 10 mg fæces til 2 ml buffer, men bufferstabiliteten er lavere end for EXTEL-indsamlingsplukkerpatronerne (7 dage mod 32 dage ved stuetemperatur; 28 dage mod 120 dage ved 2-8oC).

Vi antager, at den lille mængde fæces suspenderet i bufferreagens i qFIT-kassetten vil være tilstrækkelig til at udføre 16S rRNA-gensekventering og vil give sammenlignelige resultater med konventionelt indsamlede fæcesprøver.

Vi skal:

1. afgøre, om 500 ul puffer/fæcesblanding fra qFIT-opsamlingskassetter vil give tilstrækkeligt DNA til 16S rRNA-gensekventering, eller om 1,5 til 2 ml er påkrævet
2. sammenligne 16S rRNA-gensekventering af frisk fæces fra 16 frivillige mennesker (behandlet inden for 24 timer) ved hjælp af qFIT-kassetter og konventionelle fæcesopsamlingsmetoder
3. Bestem egnetheden af ​​fæces indsamlet med qFIT, holdt i kassetten i varigheder svarende til prøver håndteret i Scottish Bowel Screening Program, op til 14 dage
4. kvantificere det DNA, der er til stede i 100 qFIT-prøver overskud til krav fra symptomatiske patienter fra Aberdeen Royal Infirmary, for at bestemme andelen af ​​prøver med tilstrækkeligt DNA til 16S rRNA-gensekventering.