Machbarkeit der Verwendung überschüssiger qFIT-Proben zur Untersuchung der Darmmikrobiota. (FUTURISTIC)

Unser Ziel ist es, die Hypothese zu testen, dass die 2 mg in Pufferreagenz in der qFIT-Kassette suspendierten Fäkalien für die Durchführung der 16S-rRNA-Gensequenzierung ausreichen und vergleichbare Ergebnisse mit herkömmlich gesammelten Fäkalienproben liefern, sodass wir die große Anzahl von Patienten untersuchen können ' Proben, die vom National Bowel Screening Program in zukünftigen Studien verfügbar sind.

Wenn wir nachweisen könnten, dass die DNA aus diesen Fäkalien ähnliche Ergebnisse liefert wie die aus herkömmlich gesammelten Proben (z. B. 15–20 ml Kot, gesammelt in einem 30-ml-Stuhlprobengefäß), könnte uns dies ermöglichen, in zukünftigen Studien die große Anzahl von Patientenproben zu untersuchen, die im Rahmen des National Bowel Screening Program verfügbar sind.

In anderen Studien wurde die Möglichkeit der Verwendung von frischem oder gefrorenem restlichem FIT-Testpuffer anstelle von intakten Stuhlproben untersucht, um fäkale mikrobielle Merkmale durch 16S-rRNA-Gensequenzierung zu messen, wobei OC-Auto FIT-Kartuschen (Polymedco Inc) verwendet wurden, die 10 mg Fäkalien zu 2 ml hinzufügen Puffermenge, aber die Pufferstabilität ist geringer als bei den EXTEL-Sammelpflückerkartuschen (7 Tage gegenüber 32 Tagen bei Raumtemperatur; 28 Tage gegenüber 120 Tagen bei 2–8 °C).

Wir gehen davon aus, dass die geringe Menge an Fäkalien, die in Pufferreagenz in der qFIT-Kassette suspendiert sind, für die Durchführung einer 16S-rRNA-Gensequenzierung ausreicht und vergleichbare Ergebnisse mit herkömmlich gesammelten Fäkalienproben liefert.

Wir sollten:

1. Bestimmen Sie, ob 500 µl Puffer/Kot-Mischung aus qFIT-Sammelkassetten ausreichend DNA für die 16S-rRNA-Gensequenzierung ergeben oder ob 1,5 bis 2 ml erforderlich sind
2. Vergleichen Sie die 16S-rRNA-Gensequenzierung von frischem Stuhl von 16 menschlichen Freiwilligen (verarbeitet innerhalb von 24 Stunden) unter Verwendung von qFIT-Kassetten und herkömmlichen Methoden zur Stuhlsammlung
3. Bestimmen Sie die Eignung der von qFIT gesammelten Fäkalien, die in der Kassette für einen Zeitraum aufbewahrt werden, der den im Rahmen des Scottish Bowel Screening Programme verarbeiteten Proben entspricht, also bis zu 14 Tage
4. Quantifizieren Sie die DNA, die in 100 qFIT-Proben über den Bedarf hinaus von symptomatischen Patienten des Aberdeen Royal Infirmary vorhanden ist, um den Anteil der Proben mit ausreichender DNA für die 16S-rRNA-Gensequenzierung zu bestimmen.