Viabilidade do uso de amostras qFIT excedentes para investigar a microbiota intestinal. (FUTURISTIC)

Nosso objetivo é testar a hipótese de que 2 mg de fezes suspensas em reagente tampão no cassete qFIT serão suficientes para realizar o sequenciamento do gene 16S rRNA e produzirão resultados comparáveis ​​aos de amostras fecais coletadas convencionalmente, permitindo-nos estudar o grande número de pacientes 'amostras disponíveis no Programa Nacional de Triagem Intestinal em estudos futuros.

Se pudéssemos demonstrar que o ADN destas fezes produz resultados semelhantes aos de amostras recolhidas convencionalmente (por ex. 15-20 ml de fezes coletadas em um pote de amostra de fezes de 30 ml), isso poderia nos permitir estudar o grande número de amostras de pacientes disponíveis no Programa Nacional de Triagem Intestinal em estudos futuros.

Outros estudos investigaram o potencial de uso de tampão de teste FIT residual fresco ou congelado em vez de amostras de fezes intactas para medir as características microbianas fecais por sequenciamento do gene 16S rRNA, usando cartuchos OC-Auto FIT (Polymedco Inc) que adicionam 10 mg de fezes a 2 ml. de tampão, mas a estabilidade do tampão é inferior à dos cartuchos coletores de coleta EXTEL (7 dias vs 32 dias em temperatura ambiente; 28 dias vs 120 dias a 2-8oC).

Nossa hipótese é que a pequena quantidade de fezes suspensas em reagente tampão no cassete qFIT será suficiente para realizar o sequenciamento do gene 16S rRNA e produzirá resultados comparáveis ​​aos de amostras fecais coletadas convencionalmente.

Nós devemos:

1. determinar se 500 ul de mistura tampão/fezes dos cassetes de coleta qFIT produzirão DNA suficiente para o sequenciamento do gene 16S rRNA ou se 1,5 a 2 ml são necessários
2. compare o sequenciamento do gene 16S rRNA de fezes frescas de 16 voluntários humanos (processadas em 24 horas) usando cassetes qFIT e métodos convencionais de coleta de fezes
3. determinar a adequação das fezes coletadas pelo qFIT, mantidas no cassete por períodos proporcionais às amostras manuseadas no Programa Escocês de Triagem Intestinal, até 14 dias
4. quantificar o DNA presente em 100 amostras qFIT excedentes às necessidades de pacientes sintomáticos da Aberdeen Royal Infirmary, para determinar a proporção de amostras com DNA adequado para sequenciamento do gene 16S rRNA.