Możliwość wykorzystania nadwyżek próbek qFIT do badania mikroflory jelitowej. (FUTURISTIC)

Naszym celem jest sprawdzenie hipotezy, że 2 mg kału zawieszonego w odczynniku buforowym w kasecie qFIT wystarczy do przeprowadzenia sekwencjonowania genu 16S rRNA i da wyniki porównywalne z konwencjonalnie pobranymi próbkami kału, co umożliwi nam zbadanie dużej liczby pacjentów próbki dostępne w przyszłych badaniach w ramach Krajowego Programu Badań Przesiewowych Jelita.

Gdybyśmy mogli wykazać, że DNA z tych odchodów daje wyniki podobne do tych z próbek pobranych konwencjonalnie (np. 15–20 ml kału zebranego do 30 ml naczynia na próbkę kału), mogłoby to pozwolić nam na zbadanie w przyszłych badaniach dużej liczby próbek od pacjentów dostępnych w ramach Krajowego Programu Badań Przesiewowych Jelita.

W innych badaniach sprawdzano możliwość wykorzystania świeżego lub zamrożonego resztkowego buforu testowego FIT zamiast nienaruszonych próbek kału do pomiaru cech drobnoustrojów w kale za pomocą sekwencjonowania genu 16S rRNA przy użyciu wkładów OC-Auto FIT (Polymedco Inc), które dodają 10 mg kału do 2 ml buforu, ale stabilność buforu jest niższa niż w przypadku wkładów zbierających EXTEL (7 dni vs 32 dni w temperaturze pokojowej; 28 dni vs 120 dni w temperaturze 2-8oC).

Stawiamy hipotezę, że niewielka ilość kału zawieszona w odczynniku buforowym w kasecie qFIT będzie wystarczająca do przeprowadzenia sekwencjonowania genu 16S rRNA i da wyniki porównywalne z konwencjonalnie pobranymi próbkami kału.

Powinniśmy:

1. określić, czy 500 µl mieszanki buforu/kału z kaset do zbierania qFIT da wystarczającą ilość DNA do sekwencjonowania genu 16S rRNA, czy też potrzebne będzie 1,5 do 2 ml
2. porównaj sekwencjonowanie genu 16S rRNA świeżego kału od 16 ochotników (przetworzonego w ciągu 24 godzin) przy użyciu kaset qFIT i konwencjonalnych metod pobierania kału
3. określić przydatność kału pobranego metodą qFIT i przechowywanego w kasecie przez okres proporcjonalny do próbek traktowanych w ramach Scottish Bowel Screening Programme, do 14 dni
4. określić ilościowo DNA obecne w 100 próbkach qFIT w nadwyżce w stosunku do wymagań od pacjentów z objawami z Aberdeen Royal Infirmary, w celu określenia proporcji próbek z DNA odpowiednim do sekwencjonowania genu 16S rRNA.