Viral etiologi för allvarlig akut luftvägsinfektion hos kritiskt sjuka patientregister (VERIFY)

Data om bördan, svårighetsgraden och etiologin av SARI bland kritiskt sjuka patienter kommer att förväntas vara av stort värde för att vägleda prioriteringen av förebyggande och kontrollinsatser18 och i utformningen av framtida interventionsstudier av antivirala medel och andra terapeutiska metoder.

Eftersom influensa är en vanlig orsak till allvarliga luftvägssjukdomar i Saudiarabien, även om endast begränsad data finns tillgänglig om de svårast sjuka patienterna med influensa, kommer vi att utföra övervakning av SARI kritiskt sjuka patienter och utföra typning och subtypning av influensavirus i BAL-prover. Vi kommer att lagra prover för framtida undersökning av predisponerande riskfaktorer inklusive genetiska faktorer.

Multiplex PCR kommer att minska kostnaden och tiden för att upptäcka respiratoriska patogener. Under de senaste åren har de fallande kostnaderna för WGS-teknologier (Whole Genome Sequencing) visat sig vara ett värdefullt verktyg för att förstå det växande hotet från framväxande patogener. Metagenomisk nästa generations sekvensering (M-NGS) har transformativ effekt under det senaste decenniet för att undersöka och förstå komplexa mikrobiella samhällen. M-NGS är helt enkelt fånga och bestämma alla nukleinsyror i ett prov som gjorde det möjligt att identifiera en blandad population av mikroorganismer. Denna kraftfulla plattform identifierar samtidigt genetiskt material från alla organismer som är opartisk till andra metoder som använde specifika primers för att identifiera specifika mål.

Det primära syftet med VERIFY-registret är att undersöka de virologiska etiologierna för SARI bland mekaniskt ventilerade kritiskt sjuka patienter i ett geografiskt representativt urval från Saudiarabien för att få en bättre uppskattning av viruspatogenprevalens genom systematisk provtagning i de nedre luftvägarna och användning av serologi. bland kritiskt sjuka patienter i ett geografiskt representativt urval från Saudiarabien. Bidrag från virus kan vara underskattade på grund av användningen av enbart prover från övre luftvägarna och sen presentation av fall till intensivvårdsavdelningen (då antigen inte längre kan detekteras). Därför kommer ett systematiskt tillvägagångssätt med mini-BAL för att erhålla prover från lägre andningsorgan sannolikt att ge bättre uppskattning.