Virale etiologie van ernstige acute luchtweginfecties bij register van ernstig zieke patiënten (VERIFY)

Verwacht wordt dat gegevens over de last, de ernst en de etiologie van SARI bij ernstig zieke patiënten van grote waarde zullen zijn bij het sturen van de prioritering van preventie- en controle-inspanningen18 en bij het ontwerpen van toekomstige interventiestudies van antivirale middelen en andere therapeutische modaliteiten.

Omdat influenza een veel voorkomende oorzaak is van ernstige luchtwegaandoeningen in Saoedi-Arabië, zullen we, hoewel er slechts beperkte gegevens beschikbaar zijn over de ernstigst zieke patiënten met influenza, surveillance uitvoeren bij SARI-kritisch zieke patiënten en typering en subtypering van influenzavirussen in BAL-monsters uitvoeren. We zullen monsters opslaan voor toekomstig onderzoek van predisponerende risicofactoren, waaronder genetische factoren.

Multiplex PCR zal de kosten en tijd voor het detecteren van ademhalingspathogenen verminderen. De afgelopen jaren zijn de dalende kosten van Whole Genome Sequencing (WGS)-technologieën een waardevol instrument gebleken om de groeiende dreiging van opkomende ziekteverwekkers te begrijpen. Metagenomische sequencing van de volgende generatie (M-NGS) heeft het afgelopen decennium een ​​transformerend effect gehad om complexe microbiële gemeenschappen te onderzoeken en te begrijpen. M-NGS is eenvoudigweg het vastleggen en bepalen van alle nucleïnezuren in een monster, waardoor een gemengde populatie micro-organismen kon worden geïdentificeerd. Dit krachtige platform identificeert tegelijkertijd genetisch materiaal van alle organismen, onpartijdig ten opzichte van andere methoden die specifieke primers gebruikten om specifieke doelen te identificeren.

Het primaire doel van het VERIFY-register is het onderzoeken van de virologische etiologie van SARI onder mechanisch beademde kritisch zieke patiënten in een geografisch representatief monster uit Saoedi-Arabië om een ​​betere schatting te verkrijgen van de prevalentie van virale pathogenen door systematische bemonstering van de lagere luchtwegen en het gebruik van serologie. onder ernstig zieke patiënten in een geografisch representatieve steekproef uit Saoedi-Arabië. De bijdrage van virussen kan worden onderschat als gevolg van het gebruik van alleen monsters van de bovenste luchtwegen en de late presentatie van gevallen op de ICU (op welk moment antigeen niet langer detecteerbaar is). Daarom zal een systematische aanpak met behulp van mini-BAL om monsters van de lagere luchtwegen te verkrijgen waarschijnlijk een betere schatting opleveren.