产ESBL肠杆菌科的传播

背景和目的 人类最常见的细菌病原体包括肠杆菌科的几种。 它们中的许多现在已经对抗生素产生耐药性，即产生超广谱 β-内酰胺酶 (ESBL) 的肠杆菌科 (PE)。 长期以来，人们认为医院内的传播是导致其迅速传播的主要因素。 不过，最近还在食品和废水中发现了 ESBL-PE。 这些来源也可能在娱乐传播中发挥重要作用。

研究人员的目标是确定巴塞尔市区 ESBL-PE 的传播链，使用最新的全基因组测序方法，以尽可能高的分辨率确定菌株的相关性，同时考虑医院内外的来源。

假设 发现少数与医院接触者有流行病学联系的 ESBL-PE 基因相关簇表明在我们的医疗保健环境中存在相关传播。 相比之下，发现许多与医院没有流行病学联系的遗传上不同的 ESBL-PE 集群，将质疑全院传播在维持 ESBL 流行中的重要性。 这种区别对于得出有效的预防和控制建议至关重要。

设计、设置和患者 将对 2003 年 1 月至 2019 年 12 月在巴塞尔大学医院收集的代表性 ESBL 菌株进行全基因组测序。 将评估具有遗传相关 ESBL-PE 菌株的患者之间的流行病学关系。

从 2017 年 6 月到 2019 年 12 月，还将对从医院和巴塞尔市废水系统的代表性样本以及从医院和城市收集的代表性食品样本中鉴定出的 ESBL 菌株进行全基因组测序巴塞尔。 将评估患者之间的流行病学关系，以及具有遗传相关 ESBL-PE 菌株的环境样本和具有携带相应 ESBL 基因的遗传相关质粒的病例。

方法、计划分析和样本量 为了确定传播事件，我们将采用 Illumina 技术进行全基因组测序，该技术已在大学医院临床微生物学系建立并获得国际标准组织 (ISO) 认证。 将确定总感染/定植率中产 ESBL 肠杆菌科的遗传相关分离株的感染/定植比例。 所有系统发育都将使用 BEAST v2.046 进行推断，并采用我们之前开发的量化传输率的工具。 总体而言，将分析来自患者样本的 2000 个分离株和来自食品和废水样本的 1000 个分离株。