Overføring av ESBL-produserende Enterobacteriaceae

Bakgrunn og mål De vanligste bakterielle patogenene hos mennesker inkluderer flere arter av familien Enterobacteriaceae. Mange av dem har nå blitt resistente mot antibiotika, det vil si utvidede spektrum beta-laktamaser (ESBL)-produserende Enterobacteriaceae (PE). Lenge trodde man at smitte på sykehus var hovedfaktoren som drev deres raske spredning. Nylig har imidlertid ESBL-PE også blitt funnet på mat og avløpsvann. Disse kildene vil sannsynligvis også spille en viktig rolle i underholdende overføring.

Etterforskerens mål er å identifisere overføringskjeder av ESBL-PE i byregionen i Basel, ved å bruke de nyeste metodene for sekvensering av hele genomet som gjør det mulig å bestemme slektskap til stammer med høyest mulig oppløsning, med hensyn til kilder både innenfor og utenfor sykehus.

Hypotese Funnet av få genetisk beslektede klynger av ESBL-PE med en epidemiologisk kobling til sykehuskontakter antyder relevant overføring i helsevesenet vårt. I motsetning til dette vil funnet av mange genetisk distinkte klynger av ESBL-PE uten epidemiologiske koblinger til sykehuset, stille spørsmål ved viktigheten av overføring på hele sykehuset for å opprettholde ESBL-epidemien. Dette skillet er avgjørende for å utlede effektive forebyggings- og kontrollanbefalinger.

Design, setting og pasienter Helgenomsekvensering vil bli utført på representative ESBL-stammer samlet inn fra januar 2003 til desember 2019 ved Universitetssykehuset Basel. De epidemiologiske sammenhengene mellom pasienter med genetisk beslektede stammer av ESBL-PE vil bli vurdert.

Fra juni 2017 til desember 2019 vil det i tillegg bli utført helgenomsekvensering på ESBL-stammer identifisert fra representative prøver fra avløpssystemet til både sykehuset og byen Basel, samt representative matvareprøver samlet inn fra både sykehuset og byen av Basel. De epidemiologiske relasjonene mellom pasienter, samt miljøprøver med genetisk beslektede stammer av ESBL-PE og tilfeller med genetisk beslektede plasmider som bærer de respektive ESBL-genene vil bli vurdert.

Metoder, planlagt analyse og prøvestørrelse For å identifisere overføringshendelser vil vi bruke helgenomsekvensering med Illumina-teknologi, som er etablert og International Standards Organization (ISO)-akkreditert ved klinisk mikrobiologisk avdeling ved Universitetssykehuset. Andelen infeksjon/kolonisering med genetisk beslektede isolater av ESBL-produserende Enterobacteriaceae av den totale infeksjons/koloniseringsraten vil bli bestemt. Alle fylogenier vil bli utledet ved å bruke BEAST v2.046 ved å bruke vårt tidligere utviklede verktøy for å kvantifisere overføringshastigheter. Totalt vil 2000 isolater fra pasientprøver og 1000 isolater fra mat- og avløpsprøver analyseres.