Overførsel af ESBL-producerende Enterobacteriaceae

Baggrund og formål De mest almindelige bakterielle patogener hos mennesker omfatter flere arter af familien af ​​Enterobacteriaceae. Mange af dem er nu blevet resistente over for antibiotika, dvs. Extended-spectrum beta-lactamases (ESBL)-producerende Enterobacteriaceae (PE). I lang tid troede man, at smitte på hospitaler var hovedfaktoren bag deres hurtige spredning. For nylig er ESBL-PE dog også blevet fundet på fødevarer og i spildevand. Disse kilder vil sandsynligvis også spille en vigtig rolle i underholdende transmission.

Efterforskerens mål er at identificere transmissionskæder af ESBL-PE i byregionen i Basel ved at bruge de nyeste helgenomsekventeringsmetoder, der gør det muligt at bestemme slægtskab af stammer med den højest mulige opløsning under hensyntagen til kilder både inden for og uden for hospitaler.

Hypotese Fundet af få genetisk relaterede klynger af ESBL-PE med en epidemiologisk forbindelse til hospitalskontakter tyder på relevant overførsel i vores sundhedsmiljø. I modsætning hertil ville fundet af mange genetisk adskilte klynger af ESBL-PE uden epidemiologiske forbindelser til hospitalet sætte spørgsmålstegn ved vigtigheden af ​​hospitalsdækkende transmission for at opretholde ESBL-epidemien. Denne sondring er afgørende for at udlede effektive forebyggelses- og kontrolanbefalinger.

Design, omgivelser og patienter Helgenomsekventering vil blive udført på repræsentative ESBL-stammer indsamlet fra januar 2003 til december 2019 på Universitetshospitalet Basel. De epidemiologiske forhold mellem patienter med genetisk beslægtede stammer af ESBL-PE vil blive vurderet.

Fra juni 2017 til december 2019 vil der desuden blive udført helgenomsekventering på ESBL-stammer identificeret fra repræsentative prøver fra spildevandssystemet på både hospitalet og byen Basel samt repræsentative fødevareprøver indsamlet fra både hospitalet og byen af Basel. De epidemiologiske relationer mellem patienter såvel som miljøprøver med genetisk beslægtede stammer af ESBL-PE og tilfælde med genetisk beslægtede plasmider, der bærer de respektive ESBL-gener, vil blive vurderet.

Metoder, planlagt analyse og prøvestørrelse For at identificere transmissionsbegivenheder vil vi anvende helgenomsekventering med Illumina-teknologi, som er etableret og International Standards Organisation (ISO)-akkrediteret på Klinisk Mikrobiologisk Afdeling på Universitetshospitalet. Andelen af ​​infektion/kolonisering med genetisk beslægtede isolater af ESBL-producerende Enterobacteriaceae af den samlede infektion/koloniseringshastighed vil blive bestemt. Alle fylogenier vil blive udledt ved hjælp af BEAST v2.046 ved at anvende vores tidligere udviklede værktøj til at kvantificere transmissionshastigheder. I alt vil 2000 isolater fra patientprøver og 1000 isolater fra mad- og spildevandsprøver blive analyseret.