Overdracht van ESBL-producerende Enterobacteriaceae

Achtergrond en doel Tot de meest voorkomende bacteriële pathogenen bij de mens behoren verschillende soorten uit de familie van de Enterobacteriaceae. Velen van hen zijn nu resistent geworden tegen antibiotica, d.w.z. verlengd-spectrum bèta-lactamasen (ESBL)-producerende Enterobacteriaceae (PE). Lange tijd werd gedacht dat overdracht in ziekenhuizen de belangrijkste factor was voor hun snelle verspreiding. Meer recentelijk zijn ESBL-PE echter ook aangetroffen op voedsel en in afvalwater. Deze bronnen zullen waarschijnlijk ook een belangrijke rol spelen bij de vermakelijke overdracht.

Het doel van de onderzoeker is om transmissieketens van ESBL-PE in de stedelijke regio van Bazel te identificeren, met behulp van de nieuwste methoden voor sequentiebepaling van het hele genoom, waardoor de verwantschap van stammen met de hoogst mogelijke resolutie kan worden bepaald, rekening houdend met bronnen zowel binnen als buiten ziekenhuizen.

Hypothese De vondst van enkele genetisch verwante clusters van ESBL-PE met een epidemiologische link naar ziekenhuiscontacten zou kunnen wijzen op relevante overdracht in onze gezondheidszorg. De vondst van veel genetisch verschillende clusters van ESBL-PE zonder epidemiologische banden met het ziekenhuis zou daarentegen het belang van ziekenhuisbrede overdracht voor het in stand houden van de ESBL-epidemie in twijfel trekken. Dit onderscheid is cruciaal voor het afleiden van effectieve preventie- en controleaanbevelingen.

Design, setting en patiënten Sequencing van het hele genoom zal worden uitgevoerd op representatieve ESBL-stammen verzameld van januari 2003 tot december 2019 in het Universitair Ziekenhuis Basel. De epidemiologische relaties tussen patiënten met genetisch verwante stammen van ESBL-PE zullen worden beoordeeld.

Van juni 2017 tot december 2019 zal bovendien volledige genoomsequencing worden uitgevoerd op ESBL-stammen die zijn geïdentificeerd uit representatieve monsters uit het afvalwatersysteem van zowel het ziekenhuis als de stad Basel, evenals representatieve voedselmonsters die zijn verzameld uit zowel het ziekenhuis als de stad van Bazel. De epidemiologische relaties tussen patiënten, evenals omgevingsmonsters met genetisch verwante stammen van ESBL-PE en gevallen met genetisch verwante plasmiden die de respectieve ESBL-genen dragen, zullen worden beoordeeld.

Methoden, geplande analyse en steekproefomvang Om transmissiegebeurtenissen te identificeren, zullen we sequentiebepaling van het hele genoom gebruiken met Illumina-technologie, die is gevestigd en geaccrediteerd door de International Standards Organization (ISO) bij de afdeling Klinische Microbiologie van het Universitair Ziekenhuis. Het aandeel van infectie/kolonisatie met genetisch verwante isolaten van ESBL-producerende Enterobacteriaceae van het totale infectie-/kolonisatiepercentage zal worden bepaald. Alle fylogenieën zullen worden afgeleid met behulp van BEAST v2.046 met behulp van onze eerder ontwikkelde tool voor het kwantificeren van transmissiesnelheden. In totaal zullen 2000 isolaten van patiëntenmonsters en 1000 isolaten van voedsel- en afvalwatermonsters worden geanalyseerd.