Передача энтеробактерий, продуцирующих БЛРС

Предыстория и цель Наиболее распространенные бактериальные патогены у людей включают несколько видов семейства Enterobacteriaceae. Многие из них в настоящее время стали устойчивыми к антибиотикам, то есть к энтеробактериям, продуцирующим бета-лактамазы расширенного спектра действия (БЛРС). Долгое время считалось, что передача в больницах является основным фактором, способствующим их быстрому распространению. Однако совсем недавно ESBL-PE также были обнаружены в продуктах питания и в сточных водах. Эти источники, вероятно, также играют важную роль в развлекательной передаче.

Целью исследователя является выявление цепочек передачи ESBL-PE в городском районе Базеля с использованием новейших методологий полногеномного секвенирования, позволяющих определять родство штаммов с максимально возможным разрешением, принимая во внимание источники как внутри больниц, так и за их пределами.

Гипотеза. Обнаружение нескольких генетически родственных кластеров БЛРС-ПЭ с эпидемиологической связью с контактами в больницах может свидетельствовать о соответствующей передаче инфекции в наших медицинских учреждениях. Напротив, обнаружение многих генетически различных кластеров БЛРС-ПЭ без эпидемиологической связи с больницей поставило бы под сомнение важность внутрибольничной передачи для поддержания эпидемии БЛРС. Это различие имеет решающее значение для получения эффективных рекомендаций по профилактике и контролю.

Дизайн, условия и пациенты Полногеномное секвенирование будет проводиться на репрезентативных штаммах БЛРС, собранных с января 2003 г. по декабрь 2019 г. в Университетской больнице Базеля. Будут оценены эпидемиологические отношения между пациентами с генетически родственными штаммами ESBL-PE.

С июня 2017 г. по декабрь 2019 г. будет дополнительно проведено полногеномное секвенирование штаммов БЛРС, выявленных в репрезентативных образцах из системы сточных вод больницы и города Базель, а также в репрезентативных образцах пищевых продуктов, собранных как в больнице, так и в городе. Базеля. Будут оценены эпидемиологические отношения между пациентами, а также образцы окружающей среды с генетически родственными штаммами ESBL-PE и случаи с генетически родственными плазмидами, несущими соответствующие гены ESBL.

Методы, запланированный анализ и размер выборки. Для выявления случаев передачи мы будем использовать секвенирование всего генома с помощью технологии Illumina, разработанной и аккредитованной Международной организацией по стандартизации (ISO) в отделении клинической микробиологии университетской больницы. Будет определена доля инфицирования/колонизации генетически родственными изолятами энтеробактерий, продуцирующих БЛРС, в общей частоте инфицирования/колонизации. Все филогении будут выведены с использованием BEAST v2.046 с использованием нашего ранее разработанного инструмента для количественной оценки скорости передачи. Всего будет проанализировано 2000 изолятов из проб пациентов и 1000 изолятов из проб пищевых продуктов и сточных вод.