Transmission des entérobactéries productrices de BLSE

Contexte et objectif Les pathogènes bactériens les plus courants chez l'homme comprennent plusieurs espèces de la famille des Enterobacteriaceae. Beaucoup d'entre eux sont aujourd'hui devenus résistants aux antibiotiques, c'est-à-dire aux entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE). Pendant longtemps, on a pensé que la transmission dans les hôpitaux était le principal facteur de leur propagation rapide. Plus récemment, cependant, des BLSE-PE ont également été trouvés sur les aliments et dans les eaux usées. Ces sources sont également susceptibles de jouer un rôle important dans la transmission divertissante.

L'objectif de l'investigateur est d'identifier les chaînes de transmission de l'ESBL-PE dans la région urbaine de Bâle, en utilisant les dernières méthodologies de séquençage du génome entier permettant de déterminer la parenté des souches avec la résolution la plus élevée possible, en tenant compte des sources à la fois à l'intérieur et à l'extérieur des hôpitaux.

Hypothèse La découverte de quelques clusters génétiquement liés d'EP-BLSE avec un lien épidémiologique avec des contacts hospitaliers suggérerait une transmission pertinente dans notre milieu de soins. En revanche, la découverte de nombreux groupes génétiquement distincts d'EP-BLSE sans liens épidémiologiques avec l'hôpital remettrait en question l'importance de la transmission à l'échelle de l'hôpital dans le maintien de l'épidémie de BLSE. Cette distinction est essentielle pour dériver des recommandations de prévention et de contrôle efficaces.

Conception, environnement et patients Le séquençage du génome entier sera effectué sur des souches BLSE représentatives collectées de janvier 2003 à décembre 2019 à l'hôpital universitaire de Bâle. Les relations épidémiologiques entre les patients porteurs de souches génétiquement apparentées d'EP-BLSE seront évaluées.

De juin 2017 à décembre 2019, un séquençage du génome entier sera en outre effectué sur des souches BLSE identifiées à partir d'échantillons représentatifs du système d'assainissement de l'hôpital et de la ville de Bâle ainsi que d'échantillons représentatifs de denrées alimentaires prélevés à la fois à l'hôpital et à la ville. de Bâle. Les relations épidémiologiques entre les patients, ainsi que des échantillons environnementaux avec des souches génétiquement apparentées d'EP-BLSE et des cas avec des plasmides génétiquement apparentés portant les gènes BLSE respectifs seront évalués.

Méthodes, analyse prévue et taille de l'échantillon Pour identifier les événements de transmission, nous utiliserons le séquençage du génome entier avec la technologie Illumina, qui est établie et accréditée par l'Organisation internationale de normalisation (ISO) au département de microbiologie clinique de l'hôpital universitaire. La proportion d'infection/colonisation avec des isolats génétiquement apparentés d'entérobactéries productrices de BLSE par rapport au taux global d'infection/colonisation sera déterminée. Toutes les phylogénies seront déduites à l'aide de BEAST v2.046 en utilisant notre outil précédemment développé pour quantifier les taux de transmission. Au total, 2 000 isolats d'échantillons de patients et 1 000 isolats d'échantillons d'aliments et d'eaux usées seront analysés.