Přenos Enterobacteriaceae produkujících ESBL

Pozadí a cíl Mezi nejčastější bakteriální patogeny u lidí patří několik druhů z čeledi Enterobacteriaceae. Mnoho z nich se nyní stalo odolných vůči antibiotikům, tj. Enterobacteriaceae (PE) produkujícím beta-laktamázy s rozšířeným spektrem (ESBL). Po dlouhou dobu se mělo za to, že hlavním faktorem, který řídí jejich rychlé šíření, byl přenos v nemocnicích. V poslední době však byly ESBL-PE nalezeny také v potravinách a v odpadních vodách. Tyto zdroje budou pravděpodobně hrát důležitou roli i v zábavném přenosu.

Cílem výzkumníka je identifikovat přenosové řetězce ESBL-PE v městském regionu Basilej s využitím nejnovějších celogenomových sekvenačních metod, které umožňují určit příbuznost kmenů s nejvyšším možným rozlišením, s přihlédnutím ke zdrojům v rámci nemocnic i mimo ně.

Hypotéza Nález několika geneticky souvisejících shluků ESBL-PE s epidemiologickou vazbou na kontakty v nemocnici by naznačoval relevantní přenos v našem zdravotnickém prostředí. Naproti tomu nález mnoha geneticky odlišných shluků ESBL-PE bez epidemiologického spojení s nemocnicí by zpochybnil význam celonemocničního přenosu při udržení epidemie ESBL. Toto rozlišení je zásadní pro odvození účinných doporučení prevence a kontroly.

Návrh, nastavení a pacienti Sekvenování celého genomu bude provedeno na reprezentativních kmenech ESBL odebraných od ledna 2003 do prosince 2019 v Univerzitní nemocnici v Basileji. Budou hodnoceny epidemiologické vztahy mezi pacienty s geneticky příbuznými kmeny ESBL-PE.

Od června 2017 do prosince 2019 bude navíc sekvenování celého genomu prováděno na kmenech ESBL identifikovaných z reprezentativních vzorků ze systému odpadních vod jak nemocnice, tak města Basilej, jakož i reprezentativních vzorků potravin odebraných z nemocnice a města. z Basileje. Budou posuzovány epidemiologické vztahy mezi pacienty a také vzorky z prostředí s geneticky příbuznými kmeny ESBL-PE a případy s geneticky příbuznými plazmidy nesoucími příslušné geny ESBL.

Metody, plánovaná analýza a velikost vzorku K identifikaci přenosových událostí využijeme celogenomové sekvenování technologií Illumina, která je zavedená a akreditovaná International Standards Organization (ISO) na Oddělení klinické mikrobiologie FN. Bude stanoven podíl infekce/kolonizace geneticky příbuznými izoláty Enterobacteriaceae produkujících ESBL na celkové míře infekce/kolonizace. Všechny fylogeneze budou odvozeny pomocí BEAST v2.046 s využitím našeho dříve vyvinutého nástroje pro kvantifikaci přenosových rychlostí. Celkově bude analyzováno 2000 izolátů ze vzorků pacientů a 1000 izolátů ze vzorků potravin a odpadních vod.