Överföring av ESBL-producerande Enterobacteriaceae

Bakgrund och syfte De vanligaste bakteriella patogenerna hos människor inkluderar flera arter av familjen Enterobacteriaceae. Många av dem har nu blivit resistenta mot antibiotika, det vill säga extended-spectrum beta-lactamases (ESBL)-producerande Enterobacteriaceae (PE). Länge trodde man att smittspridning på sjukhus var den främsta orsaken till deras snabba spridning. På senare tid har dock ESBL-PE även hittats på livsmedel och i avloppsvatten. Dessa källor kommer sannolikt också att spela en viktig roll i underhållande överföring.

Utredarens mål är att identifiera överföringskedjor av ESBL-PE i stadsregionen i Basel, med hjälp av de senaste metoderna för sekvensering av hela genomet som gör det möjligt att fastställa släktskap mellan stammar med högsta möjliga upplösning, med hänsyn till källor både inom och utanför sjukhus.

Hypotes Fyndet av få genetiskt relaterade kluster av ESBL-PE med en epidemiologisk koppling till sjukhuskontakter skulle tyda på relevant överföring i vår vårdmiljö. Däremot skulle fyndet av många genetiskt distinkta kluster av ESBL-PE utan epidemiologiska kopplingar till sjukhuset ifrågasätta vikten av sjukhusomfattande överföring för att upprätthålla ESBL-epidemin. Denna distinktion är avgörande för att få fram effektiva förebyggande och kontrollrekommendationer.

Design, miljö och patienter Helgenomsekvensering kommer att utföras på representativa ESBL-stammar insamlade från januari 2003 till december 2019 på Universitetssjukhuset Basel. De epidemiologiska sambanden mellan patienter med genetiskt besläktade stammar av ESBL-PE kommer att bedömas.

Från juni 2017 till december 2019 kommer helgenomsekvensering dessutom att utföras på ESBL-stammar identifierade från representativa prover från både sjukhusets och staden Basels avloppsvattensystem samt representativa livsmedelsprover som samlats in från både sjukhuset och staden. av Basel. De epidemiologiska sambanden mellan patienter, såväl som miljöprover med genetiskt besläktade stammar av ESBL-PE och fall med genetiskt besläktade plasmider som bär respektive ESBL-gener kommer att bedömas.

Metoder, planerad analys och provstorlek För att identifiera överföringshändelser kommer vi att använda helgenomsekvensering med Illumina-teknologi, som är etablerad och ISO-ackrediterad vid avdelningen för klinisk mikrobiologi vid Universitetssjukhuset. Andelen infektion/kolonisering med genetiskt relaterade isolat av ESBL-producerande Enterobacteriaceae av den totala infektions-/koloniseringshastigheten kommer att bestämmas. Alla fylogenier kommer att härledas med hjälp av BEAST v2.046 med vårt tidigare utvecklade verktyg för att kvantifiera överföringshastigheter. Totalt kommer 2000 isolat från patientprover och 1000 isolat från livsmedels- och avloppsvattenprover att analyseras.