Transmisión de Enterobacteriaceae productoras de ESBL

Antecedentes y objetivo Los patógenos bacterianos más comunes en humanos incluyen varias especies de la familia de Enterobacteriaceae. Muchos de ellos ahora se han vuelto resistentes a los antibióticos, es decir, las Enterobacteriaceae (PE) productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Durante mucho tiempo se pensó que la transmisión en los hospitales era el principal factor que impulsaba su rápida propagación. Sin embargo, más recientemente, también se han encontrado ESBL-PE en alimentos y en aguas residuales. Es probable que estas fuentes también desempeñen un papel importante en la transmisión de entretenimiento.

El objetivo del investigador es identificar las cadenas de transmisión de ESBL-PE en la región urbana de Basilea, utilizando las últimas metodologías de secuenciación del genoma completo que permiten determinar la relación de las cepas con la mayor resolución posible, teniendo en cuenta las fuentes dentro y fuera de los hospitales.

Hipótesis El hallazgo de pocos clusters de BLEE-PE relacionados genéticamente con vínculo epidemiológico con contactos hospitalarios sugeriría una transmisión relevante en nuestro entorno sanitario. Por el contrario, el hallazgo de muchos grupos genéticamente distintos de ESBL-PE sin vínculos epidemiológicos con el hospital cuestionaría la importancia de la transmisión en todo el hospital para sostener la epidemia de ESBL. Esta distinción es crítica para derivar recomendaciones efectivas de prevención y control.

Diseño, entorno y pacientes La secuenciación del genoma completo se realizará en cepas ESBL representativas recolectadas desde enero de 2003 hasta diciembre de 2019 en el Hospital Universitario de Basilea. Se evaluarán las relaciones epidemiológicas entre pacientes con cepas genéticamente relacionadas de ESBL-PE.

Desde junio de 2017 hasta diciembre de 2019, además, se realizará la secuenciación del genoma completo en cepas de ESBL identificadas a partir de muestras representativas del sistema de aguas residuales tanto del hospital como de la ciudad de Basilea, así como muestras representativas de alimentos recolectadas tanto del hospital como de la ciudad. de Basilea. Se evaluarán las relaciones epidemiológicas entre pacientes, así como muestras ambientales con cepas de ESBL-PE genéticamente relacionadas y casos con plásmidos genéticamente relacionados portadores de los respectivos genes de ESBL.

Métodos, análisis planificado y tamaño de la muestra Para identificar los eventos de transmisión, emplearemos la secuenciación del genoma completo con la tecnología Illumina, establecida y acreditada por la Organización Internacional de Normalización (ISO) en el Departamento de Microbiología Clínica del Hospital Universitario. Se determinará la proporción de infección/colonización con aislados genéticamente relacionados de Enterobacteriaceae productoras de ESBL de la tasa general de infección/colonización. Todas las filogenias se deducirán utilizando BEAST v2.046 empleando nuestra herramienta desarrollada anteriormente para cuantificar las tasas de transmisión. En general, se analizarán 2000 aislamientos de muestras de pacientes y 1000 aislamientos de muestras de alimentos y aguas residuales.