ESBL:ää tuottavien Enterobacteriaceae-bakteerien leviäminen

Tausta ja tavoite Ihmisillä yleisimpiä bakteeripatogeenejä ovat useat Enterobacteriaceae-heimon lajit. Monet niistä ovat nyt tulleet vastustuskykyisiksi antibiooteille, eli laajennetun spektrin beetalaktamaaseja (ESBL) tuottaville Enterobacteriaceae (PE) -bakteerille. Pitkään ajateltiin, että tartunta sairaaloissa oli tärkein tekijä, joka vauhditti niiden nopeaa leviämistä. Viime aikoina ESBL-PE:tä on kuitenkin löydetty myös elintarvikkeista ja jätevedestä. Näillä lähteillä on todennäköisesti myös tärkeä rooli viihdyttävässä lähetyksessä.

Tutkijan tavoitteena on tunnistaa ESBL-PE:n leviämisketjut Baselin kaupunkialueella käyttämällä uusimpia koko genomin sekvensointimenetelmiä, jotka mahdollistavat kantojen sukulaisuuden määrittämisen mahdollisimman suurella resoluutiolla, ottaen huomioon sekä sairaaloiden sisällä että ulkopuoliset lähteet.

Hypoteesi Muutamien geneettisesti liittyvien ESBL-PE-klustereiden, joilla on epidemiologinen yhteys sairaalakontakteihin, löytäminen viittaa asiaan liittyvään tartuntaan terveydenhuoltoympäristössämme. Sitä vastoin monien geneettisesti erillisten ESBL-PE-klustereiden löytäminen ilman epidemiologisia yhteyksiä sairaalaan kyseenalaistaisi sairaalan laajuisen leviämisen merkityksen ESBL-epidemian ylläpitämisessä. Tämä ero on ratkaisevan tärkeä tehokkaiden ehkäisy- ja valvontasuositusten laatimiseksi.

Suunnittelu, asetus ja potilaat Koko genomin sekvensointi suoritetaan edustaville ESBL-kannoille, jotka on kerätty tammikuusta 2003 joulukuuhun 2019 Baselin yliopistollisessa sairaalassa. Epidemiologiset suhteet potilaiden välillä, joilla on geneettisesti samankaltaisia ​​ESBL-PE-kantoja, arvioidaan.

Kesäkuusta 2017 joulukuuhun 2019 koko genomin sekvensointi suoritetaan lisäksi ESBL-kannoille, jotka on tunnistettu edustavista näytteistä sekä sairaalan että Baselin kaupungin jätevesijärjestelmästä sekä edustavista elintarvikenäytteistä, jotka on kerätty sekä sairaalasta että kaupungista. Baselista. Arvioidaan epidemiologiset suhteet potilaiden välillä sekä ympäristönäytteitä geneettisesti sukua olevien ESBL-PE-kantojen kanssa ja tapauksia, joissa on geneettisesti sukua vastaavia ESBL-geenejä kantavia plasmideja.

Menetelmät, suunniteltu analyysi ja näytteen koko Transmissiotapahtumien tunnistamiseen käytämme koko genomin sekvensointia Illumina-teknologialla, joka on perustettu ja International Standards Organization (ISO) -akkreditoitu yliopistollisen sairaalan kliinisen mikrobiologian osastolla. ESBL:ää tuottavien Enterobacteriaceae-bakteerien geneettisesti samankaltaisilla isolaateilla tapahtuneiden infektioiden/kolonisaatioiden osuus infektion/kolonisaatioiden kokonaismäärästä määritetään. Kaikki fysiologiat päätellään käyttämällä BEAST v2.046:ta, joka käyttää aiemmin kehitettyä työkaluamme lähetysnopeuksien kvantifiointiin. Kaiken kaikkiaan analysoidaan 2000 isolaattia potilasnäytteistä ja 1000 isolaattia ruoka- ja jätevesinäytteistä.