Transmissão de Enterobacteriaceae produtoras de ESBL

Antecedentes e objetivos Os patógenos bacterianos mais comuns em humanos incluem várias espécies da família das Enterobacteriaceae. Muitos deles agora se tornaram resistentes a antibióticos, ou seja, Enterobacteriaceae (PE) produtoras de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL). Por muito tempo, pensou-se que a transmissão em hospitais era o principal fator que impulsionava sua rápida disseminação. Mais recentemente, porém, ESBL-PE também foi encontrado em alimentos e em águas residuais. Essas fontes provavelmente também desempenharão um papel importante na transmissão de entretenimento.

O objetivo do investigador é identificar as cadeias de transmissão de ESBL-PE na região urbana da Basiléia, usando as mais recentes metodologias de sequenciamento do genoma completo, permitindo determinar o parentesco das cepas com a maior resolução possível, levando em consideração as fontes dentro e fora dos hospitais.

Hipótese O achado de poucos agrupamentos geneticamente relacionados de ESBL-PE com ligação epidemiológica a contatos hospitalares sugeriria transmissão relevante em nosso ambiente de saúde. Em contraste, a descoberta de muitos agrupamentos geneticamente distintos de ESBL-PE sem vínculos epidemiológicos com o hospital questionaria a importância da transmissão em todo o hospital para sustentar a epidemia de ESBL. Essa distinção é crítica para derivar recomendações eficazes de prevenção e controle.

Projeto, configuração e pacientes O sequenciamento completo do genoma será realizado em cepas ESBL representativas coletadas de janeiro de 2003 a dezembro de 2019 no University Hospital Basel. As relações epidemiológicas entre pacientes com cepas geneticamente relacionadas de ESBL-PE serão avaliadas.

De junho de 2017 a dezembro de 2019, o sequenciamento completo do genoma também será realizado em cepas ESBL identificadas a partir de amostras representativas do sistema de águas residuais do hospital e da cidade de Basel, bem como amostras representativas de alimentos coletadas do hospital e da cidade de Basileia. Serão avaliadas as relações epidemiológicas entre pacientes, bem como amostras ambientais com cepas geneticamente relacionadas de ESBL-PE e casos com plasmídeos geneticamente relacionados portadores dos respectivos genes ESBL.

Métodos, análise planejada e tamanho da amostra Para identificar os eventos de transmissão, empregaremos o sequenciamento do genoma completo com a tecnologia Illumina, estabelecida e credenciada pela International Standards Organization (ISO) no Departamento de Microbiologia Clínica do Hospital Universitário. A proporção de infecção/colonização com isolados geneticamente relacionados de Enterobacteriaceae produtoras de ESBL da taxa geral de infecção/colonização será determinada. Todas as filogenias serão inferidas usando BEAST v2.046 empregando nossa ferramenta desenvolvida anteriormente para quantificar as taxas de transmissão. Ao todo, serão analisados ​​2.000 isolados de amostras de pacientes e 1.000 isolados de amostras de alimentos e águas residuais.