Zavedení nových technik detekce různých geneticky podmíněných onemocnění aplikací platformy DHPLC.

Proximální spinální svalová atrofie je autozomálně recesivní onemocnění s celkovou incidencí 1 z 10 000 živě narozených dětí a frekvencí přenašečů 1 z 50. Toto těžké neuromuskulární onemocnění je charakterizováno degenerací a ztrátou alfa motorických neuronů buněk předního rohu míchy, což má za následek progresivní symetrickou slabost, atrofii proximálních volních svalů a smrt dítěte. Zde představujeme novou, rychlou, jednoduchou a vysoce spolehlivou metodu pro detekci delece SMN1 a stanovení počtu kopií SMN1 a SMN2 pomocí denaturační vysokoúčinné kapalinové chromatografie (DHPLC). Ukazujeme, že tento test je schopen přesně rozlišit 2 kopie genu od 4 kopií genu a dokáže identifikovat přenašeče SMA a normální populace přesným stanovením počtu kopií SMN.

Testování fekální DNA je slibným nástrojem pro screening kolorektálního karcinomu. Výzkumníci prokázali, že DNA je dobrým markerem, protože je stabilní ve stolici; neustále se prolévá; a pomocí amplifikačních testů může být detekován v nepatrných množstvích. Bylo charakterizováno mnoho DNA mutací spojených s procesem karcinogeneze rakoviny tlustého střeva. Onkogen K-ras, adenomatózní polypózní coli (APC), p53 a mikrosatelitní markery jsou příklady genů cílených jako markery DNA při testování stolice, protože jsou rozhodující pro kontrolu růstu kolorektálních buněk. Časné klinické studie ukázaly, že vícecílové testování DNA má 71% až 91% citlivost pro detekci rakoviny a 55% až 82% citlivost pro detekci adenomu 1 cm nebo větší. Tuto studii navrhujeme s využitím automatizované DHPLC analýzy a již nastavených mikrosatelitních markerů, abychom postupně nastavili vysoce výkonnou, ale citlivou a specifickou screeningovou metodu pro screening kolorektálního karcinomu.

Novorozenecká hyperbilirubinémie je častým problémem a znepokojuje nejen pediatry, ale i rodiče novorozenců. Velmi známé jsou dva klíčové enzymy, UDP-glukuronosyltransferáza 1A1 a hemoxygenáza-1 (HO-1), které zahrnují metabolismus bilirubinu. Za prvé, UGT1A1 je klíčovým enzymem pro konjugaci bilirubinu a mutace UGT1A1 způsobují nekonjugované hyperbilirubinemie známé jako Crigler-Najjarův syndrom a Gilbertův syndrom. Bylo zjištěno, že vysoká alelová frekvence Gly71Arg a promotorový polymorfismus v genu UGT1A1 jsou odpovědné za neonatální hyperbilirubinémii bez zjevné příčiny. Za druhé, HO-1 je enzym omezující rychlost v metabolismu hemu a umožňuje degradaci hemu na biliverdin. Nedávno Maruo a spol. prokázali, že (16/17) kojené japonské děti se zjevnou prodlouženou žloutenkou měly alespoň jednu mutaci UGT1A1. Tyto údaje naznačují, že defekty UGT1A1 mohou být základní příčinou prodloužené nekonjugované hyperbilirubinémie spojené s mateřským mlékem. Doposud je však souvislost mezi kojenými dětmi s těžkou hyperbilirubinémií a mutací genu UGT1A1 stále nejasná. V této studii budeme analyzovat geny UGT1A1 a HO-1 kojenců s nekonjugovanou hyperbilirubinémií spojenou s mateřským mlékem, abychom zjistili, zda se na tom podílejí genetické faktory.

Tento projekt přispěje k aplikaci DHPLC na zavedení různých novinek, rychlých a spolehlivých aplikací pro diagnostiku SMA a detekci přenašečů genů SMN1 a SMN2, citlivou a specifickou screeningovou metodu pro screening kolorektálního karcinomu a analýzu genů UGT1A1 a HO-1 kojenci s nekonjugovanou hyperbilirubinémií spojenou s mateřským mlékem.