Etablering av nye deteksjonsteknikker for ulike genetiske relaterte sykdommer ved å bruke DHPLC-plattformen.

Proksimal spinal muskelatrofi er en autosomal recessiv lidelse med en total forekomst på 1 av 10000 levendefødte og en bærerfrekvens på 1 av 50. Denne alvorlige nevromuskulære sykdommen er preget av en degenerasjon og tap av alfamotoriske nevroner i de fremre horncellene i ryggmargen, noe som resulterer i progressiv symmetrisk svakhet, atrofi av de proksimale frivillige musklene og spedbarnsdød. Her presenterer vi en ny, rask, enkel og høy pålitelig metode for å oppdage SMN1-slettingen og bestemme kopinummeret til SMN1 og SMN2 ved denaturerende høyytelses væskekromatografi (DHPLC). Vi demonstrerer at denne analysen er i stand til nøyaktig å skille 2 genkopier fra 4 genkopier, og den kan identifisere SMA-bærere og normale populasjoner ved nøyaktig bestemmelse av SMN-kopinummer.

Fekal DNA-testing er et lovende verktøy for screening av tykktarmskreft. Forskere har vist at DNA er en god markør siden det er stabilt i avføringen; det kastet kontinuerlig; og ved bruk av amplifikasjonstester kan det oppdages i små mengder. Mange DNA-mutasjoner assosiert med prosessen med tykktarmskreftkarsinogenese har blitt karakterisert. K-ras onkogen, adenomatøs polyposis coli (APC), p53 og mikrosatellittmarkører er eksempler på gener målrettet som DNA-markører i avføringstesting fordi de er kritiske for kontroll av kolorektal cellevekst. Tidlige kliniske studier har vist at multitarget DNA-testing har 71 % til 91 % følsomhet for påvisning av kreft og 55 % til 82 % sensitivitet for å oppdage adenom 1 cm eller større. Vi designer denne studien, ved å bruke den automatiserte DHPLC-analysen og mikrosatellittmarkørene som er satt allerede til å begynne med, for trinnvis å sette opp en høy gjennomstrømming, men sensitiv og spesifikk skjermmetode for kolorektal kreftskjerm.

Neonatal hyperbilirubinemi er et vanlig problem og bekymrer ikke bare barneleger, men også foreldre til nyfødte. To nøkkelenzymer, UDP-glukuronosyltransferase 1A1 og heme oksygenase-1 (HO-1), som involverer bilirubinmetabolisme er svært lagt merke til. For det første er UGT1A1 nøkkelenzymet for bilirubinkonjugering og mutasjoner av UGT1A1 forårsaker de ukonjugerte hyperbilirubinemiene kjent som Crigler-Najjar syndrom og Gilberts syndrom. Den høye allelfrekvensen av Gly71Arg og promotorpolymorfisme i UGT1A1-genet ble funnet å være ansvarlig for neonatal hyperbilirubinemi uten åpenbar årsak. For det andre er HO-1 et hastighetsbegrensende enzym i hemmetabolismen og muliggjør degradering av hem til biliverdin. Nylig har Maruo et al. demonstrerte at (16/17) ammede japanske spedbarn med tilsynelatende langvarig gulsott hadde minst én mutasjon av UGT1A1. Disse dataene antydet at defekter av UGT1A1 kan være en underliggende årsak til langvarig ukonjugert hyperbilirubinemi assosiert med morsmelk. Til dags dato er imidlertid sammenhengen mellom ammede spedbarn med alvorlig hyperbilirubinemi og UGT1A1-genmutasjon fortsatt uklar. I denne studien vil vi analysere UGT1A1- og HO-1-genene til spedbarn med ukonjugert hyperbilirubinemi assosiert med morsmelk for å finne ut om genetiske faktorer er involvert.

Dette prosjektet vil bidra til å anvende DHPLC på etablering av ulike romaner, raske og pålitelige applikasjoner for diagnostisering av SMA og bærerdeteksjon av SMN1- og SMN2-gener, sensitiv og spesifikk skjermmetode for kolorektal kreftskjerm, og analysere UGT1A1- og HO-1-genene til spedbarn med ukonjugert hyperbilirubinemi assosiert med morsmelk.