Genome-Wide asociační studie s cílem implantace implantabilního kardioverteru defibrilátoru stratifikace genofenotypového rizika (ICDGPSS)

Tato klinická studie bude provedena s financováním od Evropské rady pro inovace (EIC) po schválení grantu fondu a je součástí projektu European Pathfinder Project naší organizace (Ref: HORIZON-EIC-2022-PATHFINDERCHALLENGES-01). Krok klinické studie tohoto projektu bude zahájen retrospektivně časově prospektivním sběrem fenotypových (klinických měřících faktorů) dat od pacientů, kteří podstoupili implantační terapii ICD. Studie bude provedena jako případ-kontrolní typ, ve kterém pacienti, kteří nedostali žádný šok do 6 měsíců po implantaci, budou zařazeni do kontrolní skupiny. Přizpůsobený a vysoce specifický kardiogenomický panel bude navržen a objednán tak, aby byl speciálně vyroben jako standardní sada společností Illumina® (San Diego, Kalifornie, USA) po vyčerpávajícím průzkumu pro sběr genetických variant, které korelovaly s kardiovaskulárním vývojem. Uvedená sada nese standardní a ověřenou technologii, která je součástí rutinních genetických testů a je vyráběna společností Illumina®. Jako volitelný výrobce však navrhuje vlastní sady pro výzkumné účely tím, že získává seznamy požadovaných variant pomocí stejné technologie. V souladu s tím budou pacientům zařazeným do studie prospektivně odebrán vzorek (neinvazivní odběr slin) pro genetickou analýzu pomocí platformy Infinium Assay Microarray společnosti Illumina® s plně přizpůsobenými soupravami pro 700 000 jednonukleotidových polymorfismů. Výsledkem tohoto odběru vzorků budou data a statisticky analyzovaná způsobem celogenomové asociační studie (GWAS) s uvážením 5x10-8 p.hodnoty a budou spojeny s každým fenotypovým parametrem. V souladu s tím bude studie hodnotit stratifikaci genetického rizika u pacientů s ICD mnohem podrobněji. Po tomto hodnocení bude provedena genofenotypová statistická analýza pro kombinaci obou parametrů a vygenerování vzorce pro bodování faktorů indikátoru na základě každého poměru šancí. V souladu s tím bude tento nový vzorec pro škálování analyzován, ověřen a dále validován náhodným vzorkováním populace v naší studii, než bude uveden. Kromě toho tato studie nejen pomůže zlepšit současný klinicky významný stav genetického polymorfismu (patogenita a význam varianty), ale také může asociovat nové markery s vysokou významností, které lze přímo použít v klinickém screeningu, diagnostice nebo klinických přístupech.