Computational Drug Repurposing for alle EBS-tilfælde
Computational Drug Repurposing for alle Epidermolysis Bullosa Simplex (EBS) tilfælde
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Anslået)
Tilmelding
Kontakter og lokationer
Studiekontakt
Studiekontakt
- Navn: Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-mail: momartin@stanford.edu
Studiesteder
-
-
California
-
Palo Alto, California, Forenede Stater, 94304
- Rekruttering
- Pediatric Dermatology Clinic at Stanford Children's Hospital
-
Ledende efterforsker:
- Joyce M Teng, MD, PhD
-
Kontakt:
- Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-mail: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Kontakt:
- Elidia V Tafoya, MPH
- Telefonnummer: 650-724-1982
- E-mail: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Underforsker:
- Kavita Sarin, MD, PhD
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Emner i alle aldre
- Diagnose af alle undertyper af EB-fag
- Sunde, ikke-EB-fag
- Evne til at gennemføre studiebesøg for at indsamle vævs- og blodprøver
Ekskluderingskriterier:
- Graviditet, amning
- Tidligere historie med leversygdom
- Alvorlig kendt samtidig medicinsk sygdom eller infektion, som potentielt kan udgøre en sikkerhedsrisiko og/eller forhindre vævsopsamling fra forsøgspersoner
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Observationsmodeller: Kohorte
- Tidsperspektiver: Fremadrettet
Antal grupper/kohorter
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorteGruppe / kohorte |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Forsøgsgruppe
Blod- og vævsprøver vil blive udtaget fra forsøgspersoner med en EB-diagnose.
Vævsprøver vil blive indsamlet fra blærer og hud uden blærer.
|
Forsøgspersoner med EB-diagnose
|
|
Kontrolgruppe
Blod- og vævsprøver vil blive udtaget fra raske forsøgspersoner med ikke-EB.
Vævsprøver vil blive indsamlet fra et upåfaldende hudområde.
|
Forsøgspersoner med EB-diagnose
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Karakteriser genekspressionsændringer i EB ved hjælp af RNA-sekventering (RNA-seq) og Computational Profiling Potential Drug Targets
Tidsramme: Gennem afslutning af studiet på 1 år.
|
Brug af bioinformatiske algoritmer til at identificere ændringer i genekspression og gennemgang af over 2000 FDA-godkendte lægemidler baseret på forudsagt modulering af genekspressionsændringer ved hjælp af et beregningsmæssigt evolutionært algoritmesystem.
|
Gennem afslutning af studiet på 1 år.
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Efterforskere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Joyce M Teng, MD, PhD, Stanford University
Publikationer og nyttige links
Generelle publikationer
- McLaren PJ, Mayne M, Rosser S, Moffatt T, Becker KG, Plummer FA, Fowke KR. Antigen-specific gene expression profiles of peripheral blood mononuclear cells do not reflect those of T-lymphocyte subsets. Clin Diagn Lab Immunol. 2004 Sep;11(5):977-82. doi: 10.1128/CDLI.11.5.977-982.2004.
- Sleasman JW, Leon BH, Aleixo LF, Rojas M, Goodenow MM. Immunomagnetic selection of purified monocyte and lymphocyte populations from peripheral blood mononuclear cells following cryopreservation. Clin Diagn Lab Immunol. 1997 Nov;4(6):653-8. doi: 10.1128/cdli.4.6.653-658.1997.
- Bray NL, Pimentel H, Melsted P, Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification. Nat Biotechnol. 2016 May;34(5):525-7. doi: 10.1038/nbt.3519. Epub 2016 Apr 4. Erratum In: Nat Biotechnol. 2016 Aug 9;34(8):888.
- Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. 2010 Jan 1;26(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btp616. Epub 2009 Nov 11.
- Law V, Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D1091-7. doi: 10.1093/nar/gkt1068. Epub 2013 Nov 6.
- Sugaya N, Kanai S, Furuya T. Dr. PIAS 2.0: an update of a database of predicted druggable protein-protein interactions. Database (Oxford). 2012 Oct 10;2012:bas034. doi: 10.1093/database/bas034. Print 2012.
- Subramanian A, Kuehn H, Gould J, Tamayo P, Mesirov JP. GSEA-P: a desktop application for Gene Set Enrichment Analysis. Bioinformatics. 2007 Dec 1;23(23):3251-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btm369. Epub 2007 Jul 20.
- Cohn HI, Teng JM. Advancement in management of epidermolysis bullosa. Curr Opin Pediatr. 2016 Aug;28(4):507-16. doi: 10.1097/MOP.0000000000000380.
- Uitto J, Bruckner-Tuderman L, Christiano AM, McGrath JA, Has C, South AP, Kopelan B, Robinson EC. Progress toward Treatment and Cure of Epidermolysis Bullosa: Summary of the DEBRA International Research Symposium EB2015. J Invest Dermatol. 2016 Feb;136(2):352-358. doi: 10.1016/j.jid.2015.10.050.
- Nystrom A, Thriene K, Mittapalli V, Kern JS, Kiritsi D, Dengjel J, Bruckner-Tuderman L. Losartan ameliorates dystrophic epidermolysis bullosa and uncovers new disease mechanisms. EMBO Mol Med. 2015 Sep;7(9):1211-28. doi: 10.15252/emmm.201505061.
- Wally V, Kitzmueller S, Lagler F, Moder A, Hitzl W, Wolkersdorfer M, Hofbauer P, Felder TK, Dornauer M, Diem A, Eiler N, Bauer JW. Topical diacerein for epidermolysis bullosa: a randomized controlled pilot study. Orphanet J Rare Dis. 2013 May 7;8:69. doi: 10.1186/1750-1172-8-69.
- Li J, Zheng S, Chen B, Butte AJ, Swamidass SJ, Lu Z. A survey of current trends in computational drug repositioning. Brief Bioinform. 2016 Jan;17(1):2-12. doi: 10.1093/bib/bbv020. Epub 2015 Mar 31.
- Low YS, Daugherty AC, Schroeder EA, Chen W, Seto T, Weber S, Lim M, Hastie T, Mathur M, Desai M, Farrington C, Radin AA, Sirota M, Kenkare P, Thompson CA, Yu PP, Gomez SL, Sledge GW Jr, Kurian AW, Shah NH. Synergistic drug combinations from electronic health records and gene expression. J Am Med Inform Assoc. 2017 May 1;24(3):565-576. doi: 10.1093/jamia/ocw161.
- Bchetnia M, Tremblay ML, Leclerc G, Duperee A, Powell J, McCuaig C, Morin C, Legendre-Guillemin V, Laprise C. Expression signature of epidermolysis bullosa simplex. Hum Genet. 2012 Mar;131(3):393-406. doi: 10.1007/s00439-011-1077-7. Epub 2011 Aug 30.
- Roth W, Reuter U, Wohlenberg C, Bruckner-Tuderman L, Magin TM. Cytokines as genetic modifiers in K5-/- mice and in human epidermolysis bullosa simplex. Hum Mutat. 2009 May;30(5):832-41. doi: 10.1002/humu.20981.
- Lee B, Geyfman M, Andersen B, Dai X. Analysis of gene expression in skin using laser capture microdissection. Methods Mol Biol. 2013;989:109-17. doi: 10.1007/978-1-62703-330-5_10.
- Lovendorf MB, Mitsui H, Zibert JR, Ropke MA, Hafner M, Dyring-Andersen B, Bonefeld CM, Krueger JG, Skov L. Laser capture microdissection followed by next-generation sequencing identifies disease-related microRNAs in psoriatic skin that reflect systemic microRNA changes in psoriasis. Exp Dermatol. 2015 Mar;24(3):187-93. doi: 10.1111/exd.12604.
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær færdiggørelse (Anslået)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Anslået)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Anslået)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- 41142
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Forsøgsgruppe
-
NCT06923982AfsluttetHjertefejl | Nyresvigt | Gastro esophageal refluks | Copd | Intensiv afdelings syndrom
-
NCT04088994AfsluttetMotorisk aktivitet | Hemiplegisk cerebral parese
-
NCT04154592AfsluttetEffekten af Humeral Head Depressor Muscle Co-Activation Training i form af funktionelle resultaterKirurgi | Rotator Cuff River
-
NCT03727269AfsluttetInkontinens, urinveje
-
NCT04730765Ikke rekrutterer endnuDivertikulær sygdom i venstre side af tyktarmen
-
NCT05960786AfsluttetBPPV | Svimmelhed | Godartet Paroxysmal Positionel Vertigo | Vestibulær migræne | Vestibulær lidelse | Menieres sygdom | Ménières Vertigo | Labrynthitis | Migræne Associated Vertigo | Ukompenseret ensidig vestibulopati
-
NCT06345937RekrutteringStillesiddende adfærd | Metabolisk forstyrrelse
-
NCT04885101Rekruttering
-
NCT06891378RekrutteringArtroplastik, udskiftning, skulder | Omvendt total skulderplastik