Computational Drug Repurposing per tutti i casi di EBS
Computational Drug Repurposing per tutti i casi di Epidermolysis Bullosa Simplex (EBS).
Panoramica dello studio
Stato
Stato
Condizioni
Condizioni
Intervento / Trattamento
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Tipo di studio
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Iscrizione
Contatti e Sedi
Contatto studio
Contatto studio
- Nome: Monica Martin
- Numero di telefono: 650-723-0636
- Email: momartin@stanford.edu
Luoghi di studio
-
-
California
-
Palo Alto, California, Stati Uniti, 94304
- Reclutamento
- Pediatric Dermatology Clinic at Stanford Children's Hospital
-
Investigatore principale:
- Joyce M Teng, MD, PhD
-
Contatto:
- Monica Martin
- Numero di telefono: 650-723-0636
- Email: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Contatto:
- Elidia V Tafoya, MPH
- Numero di telefono: 650-724-1982
- Email: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Sub-investigatore:
- Kavita Sarin, MD, PhD
-
-
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Soggetti di tutte le età
- Diagnosi di tutti i sottotipi di soggetti EB
- Soggetti sani, non EB
- Capacità di completare la visita di studio per raccogliere campioni di tessuto e sangue
Criteri di esclusione:
- Gravidanza, allattamento
- Storia precedente di malattia del fegato
- Malattia medica o infezione concomitante nota seria, che potrebbe potenzialmente presentare un rischio per la sicurezza e/o impedire la raccolta di tessuti dai soggetti
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Modelli osservazionali: Coorte
- Prospettive temporali: Prospettiva
Numero di gruppi/coorti
Coorti e interventi
Gruppo / CoorteGruppo / Coorte |
Intervento / TrattamentoIntervento / Trattamento |
|---|---|
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Gruppo sperimentale
Verranno raccolti campioni di sangue e tessuto da soggetti con diagnosi di EB.
Il campione di tessuto verrà raccolto dalla pelle con vesciche e senza vesciche.
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Soggetti con diagnosi di EB
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Gruppo di controllo
Verranno raccolti campioni di sangue e tessuto da soggetti sani con non EB.
Il campione di tessuto verrà raccolto da un'area cutanea poco appariscente.
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Soggetti con diagnosi di EB
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Caratterizzare i cambiamenti di espressione genica nell'EB utilizzando il sequenziamento dell'RNA (RNA-seq) e il profilo computazionale dei potenziali bersagli farmacologici
Lasso di tempo: Attraverso il completamento dello studio in 1 anno.
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Utilizzo di algoritmi bioinformatici per identificare i cambiamenti nell'espressione genica e revisione di oltre 2000 farmaci approvati dalla FDA sulla base della modulazione prevista dei cambiamenti dell'espressione genica utilizzando un sistema di algoritmi evolutivi computazionali.
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Attraverso il completamento dello studio in 1 anno.
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Sponsor
Investigatori
Investigatori
- Investigatore principale: Joyce M Teng, MD, PhD, Stanford University
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- McLaren PJ, Mayne M, Rosser S, Moffatt T, Becker KG, Plummer FA, Fowke KR. Antigen-specific gene expression profiles of peripheral blood mononuclear cells do not reflect those of T-lymphocyte subsets. Clin Diagn Lab Immunol. 2004 Sep;11(5):977-82. doi: 10.1128/CDLI.11.5.977-982.2004.
- Sleasman JW, Leon BH, Aleixo LF, Rojas M, Goodenow MM. Immunomagnetic selection of purified monocyte and lymphocyte populations from peripheral blood mononuclear cells following cryopreservation. Clin Diagn Lab Immunol. 1997 Nov;4(6):653-8. doi: 10.1128/cdli.4.6.653-658.1997.
- Bray NL, Pimentel H, Melsted P, Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification. Nat Biotechnol. 2016 May;34(5):525-7. doi: 10.1038/nbt.3519. Epub 2016 Apr 4. Erratum In: Nat Biotechnol. 2016 Aug 9;34(8):888.
- Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. 2010 Jan 1;26(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btp616. Epub 2009 Nov 11.
- Law V, Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D1091-7. doi: 10.1093/nar/gkt1068. Epub 2013 Nov 6.
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- Wally V, Kitzmueller S, Lagler F, Moder A, Hitzl W, Wolkersdorfer M, Hofbauer P, Felder TK, Dornauer M, Diem A, Eiler N, Bauer JW. Topical diacerein for epidermolysis bullosa: a randomized controlled pilot study. Orphanet J Rare Dis. 2013 May 7;8:69. doi: 10.1186/1750-1172-8-69.
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- Low YS, Daugherty AC, Schroeder EA, Chen W, Seto T, Weber S, Lim M, Hastie T, Mathur M, Desai M, Farrington C, Radin AA, Sirota M, Kenkare P, Thompson CA, Yu PP, Gomez SL, Sledge GW Jr, Kurian AW, Shah NH. Synergistic drug combinations from electronic health records and gene expression. J Am Med Inform Assoc. 2017 May 1;24(3):565-576. doi: 10.1093/jamia/ocw161.
- Bchetnia M, Tremblay ML, Leclerc G, Duperee A, Powell J, McCuaig C, Morin C, Legendre-Guillemin V, Laprise C. Expression signature of epidermolysis bullosa simplex. Hum Genet. 2012 Mar;131(3):393-406. doi: 10.1007/s00439-011-1077-7. Epub 2011 Aug 30.
- Roth W, Reuter U, Wohlenberg C, Bruckner-Tuderman L, Magin TM. Cytokines as genetic modifiers in K5-/- mice and in human epidermolysis bullosa simplex. Hum Mutat. 2009 May;30(5):832-41. doi: 10.1002/humu.20981.
- Lee B, Geyfman M, Andersen B, Dai X. Analysis of gene expression in skin using laser capture microdissection. Methods Mol Biol. 2013;989:109-17. doi: 10.1007/978-1-62703-330-5_10.
- Lovendorf MB, Mitsui H, Zibert JR, Ropke MA, Hafner M, Dyring-Andersen B, Bonefeld CM, Krueger JG, Skov L. Laser capture microdissection followed by next-generation sequencing identifies disease-related microRNAs in psoriatic skin that reflect systemic microRNA changes in psoriasis. Exp Dermatol. 2015 Mar;24(3):187-93. doi: 10.1111/exd.12604.
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Inizio studio
Completamento primario (Stimato)
Completamento primario
Completamento dello studio (Stimato)
Completamento dello studio
Date di iscrizione allo studio
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Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Primo Inserito
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Ultimo aggiornamento pubblicato (Stimato)
Ultimo aggiornamento pubblicato
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Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
- Anomalie congenite
- Malattie genetiche, congenite
- Malattie del tessuto connettivo
- Malattie della pelle, vescicolobollose
- Anomalie della pelle
- Malattie del collagene
- Malattie della pelle
- Malattie della pelle, genetiche
- Epidermolisi Bollosa
- Epidermolisi bollosa distrofica
- Epidermolisi bollosa semplice
- Epidermolisi bollosa, giunzionale
Altri numeri di identificazione dello studio
Altri numeri di identificazione dello studio
- 41142
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
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Descrizione del piano IPD
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