Computational Drug Repurposing for alle EBS-tilfeller
Computational Drug Repurposing for alle Epidermolysis Bullosa Simplex (EBS) tilfeller
Studieoversikt
Status
Status
Forhold
Forhold
Intervensjon / Behandling
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Studietype
Studietype
Registrering (Antatt)
Registrering
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
Studiekontakt
- Navn: Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-post: momartin@stanford.edu
Studiesteder
-
-
California
-
Palo Alto, California, Forente stater, 94304
- Rekruttering
- Pediatric Dermatology Clinic at Stanford Children's Hospital
-
Hovedetterforsker:
- Joyce M Teng, MD, PhD
-
Ta kontakt med:
- Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-post: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Ta kontakt med:
- Elidia V Tafoya, MPH
- Telefonnummer: 650-724-1982
- E-post: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Underetterforsker:
- Kavita Sarin, MD, PhD
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Emner i alle aldre
- Diagnostisering av alle undertyper av EB-fag
- Friske, ikke-EB-fag
- Evne til å fullføre studiebesøk for å samle vev og blodprøver
Ekskluderingskriterier:
- Graviditet, amming
- Tidligere historie med leversykdom
- Alvorlig kjent samtidig medisinsk sykdom eller infeksjon, som potensielt kan utgjøre en sikkerhetsrisiko og/eller forhindre vevsansamling fra forsøkspersoner
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Kohort
- Tidsperspektiver: Potensielle
Antall grupper / kohorter
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / KohortGruppe / Kohort |
Intervensjon / BehandlingIntervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Eksperimentell gruppe
Blod- og vevsprøver vil bli tatt fra forsøkspersoner med en EB-diagnose.
Vevsprøver vil bli tatt fra blemmer og hud uten blemmer.
|
Personer med EB-diagnose
|
|
Kontrollgruppe
Blod- og vevsprøver vil bli tatt fra friske forsøkspersoner med ikke-EB.
Vevsprøver vil bli tatt fra et lite iøynefallende hudområde.
|
Personer med EB-diagnose
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Karakteriser genuttrykksendringer i EB ved hjelp av RNA-sekvensering (RNA-seq) og beregningsmessig profilering av potensielle legemiddelmål
Tidsramme: Gjennom gjennomføring av studiet på 1 år.
|
Bruk av bioinformatiske algoritmer for å identifisere endringer i genuttrykk og gjennomgang av over 2000 FDA-godkjente legemidler basert på forutsagt modulering av genuttrykksendringer ved bruk av et beregningsmessig evolusjonært algoritmesystem.
|
Gjennom gjennomføring av studiet på 1 år.
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Sponsor
Sponsor
Etterforskere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Joyce M Teng, MD, PhD, Stanford University
Publikasjoner og nyttige lenker
Generelle publikasjoner
- McLaren PJ, Mayne M, Rosser S, Moffatt T, Becker KG, Plummer FA, Fowke KR. Antigen-specific gene expression profiles of peripheral blood mononuclear cells do not reflect those of T-lymphocyte subsets. Clin Diagn Lab Immunol. 2004 Sep;11(5):977-82. doi: 10.1128/CDLI.11.5.977-982.2004.
- Sleasman JW, Leon BH, Aleixo LF, Rojas M, Goodenow MM. Immunomagnetic selection of purified monocyte and lymphocyte populations from peripheral blood mononuclear cells following cryopreservation. Clin Diagn Lab Immunol. 1997 Nov;4(6):653-8. doi: 10.1128/cdli.4.6.653-658.1997.
- Bray NL, Pimentel H, Melsted P, Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification. Nat Biotechnol. 2016 May;34(5):525-7. doi: 10.1038/nbt.3519. Epub 2016 Apr 4. Erratum In: Nat Biotechnol. 2016 Aug 9;34(8):888.
- Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. 2010 Jan 1;26(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btp616. Epub 2009 Nov 11.
- Law V, Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D1091-7. doi: 10.1093/nar/gkt1068. Epub 2013 Nov 6.
- Sugaya N, Kanai S, Furuya T. Dr. PIAS 2.0: an update of a database of predicted druggable protein-protein interactions. Database (Oxford). 2012 Oct 10;2012:bas034. doi: 10.1093/database/bas034. Print 2012.
- Subramanian A, Kuehn H, Gould J, Tamayo P, Mesirov JP. GSEA-P: a desktop application for Gene Set Enrichment Analysis. Bioinformatics. 2007 Dec 1;23(23):3251-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btm369. Epub 2007 Jul 20.
- Cohn HI, Teng JM. Advancement in management of epidermolysis bullosa. Curr Opin Pediatr. 2016 Aug;28(4):507-16. doi: 10.1097/MOP.0000000000000380.
- Uitto J, Bruckner-Tuderman L, Christiano AM, McGrath JA, Has C, South AP, Kopelan B, Robinson EC. Progress toward Treatment and Cure of Epidermolysis Bullosa: Summary of the DEBRA International Research Symposium EB2015. J Invest Dermatol. 2016 Feb;136(2):352-358. doi: 10.1016/j.jid.2015.10.050.
- Nystrom A, Thriene K, Mittapalli V, Kern JS, Kiritsi D, Dengjel J, Bruckner-Tuderman L. Losartan ameliorates dystrophic epidermolysis bullosa and uncovers new disease mechanisms. EMBO Mol Med. 2015 Sep;7(9):1211-28. doi: 10.15252/emmm.201505061.
- Wally V, Kitzmueller S, Lagler F, Moder A, Hitzl W, Wolkersdorfer M, Hofbauer P, Felder TK, Dornauer M, Diem A, Eiler N, Bauer JW. Topical diacerein for epidermolysis bullosa: a randomized controlled pilot study. Orphanet J Rare Dis. 2013 May 7;8:69. doi: 10.1186/1750-1172-8-69.
- Li J, Zheng S, Chen B, Butte AJ, Swamidass SJ, Lu Z. A survey of current trends in computational drug repositioning. Brief Bioinform. 2016 Jan;17(1):2-12. doi: 10.1093/bib/bbv020. Epub 2015 Mar 31.
- Low YS, Daugherty AC, Schroeder EA, Chen W, Seto T, Weber S, Lim M, Hastie T, Mathur M, Desai M, Farrington C, Radin AA, Sirota M, Kenkare P, Thompson CA, Yu PP, Gomez SL, Sledge GW Jr, Kurian AW, Shah NH. Synergistic drug combinations from electronic health records and gene expression. J Am Med Inform Assoc. 2017 May 1;24(3):565-576. doi: 10.1093/jamia/ocw161.
- Bchetnia M, Tremblay ML, Leclerc G, Duperee A, Powell J, McCuaig C, Morin C, Legendre-Guillemin V, Laprise C. Expression signature of epidermolysis bullosa simplex. Hum Genet. 2012 Mar;131(3):393-406. doi: 10.1007/s00439-011-1077-7. Epub 2011 Aug 30.
- Roth W, Reuter U, Wohlenberg C, Bruckner-Tuderman L, Magin TM. Cytokines as genetic modifiers in K5-/- mice and in human epidermolysis bullosa simplex. Hum Mutat. 2009 May;30(5):832-41. doi: 10.1002/humu.20981.
- Lee B, Geyfman M, Andersen B, Dai X. Analysis of gene expression in skin using laser capture microdissection. Methods Mol Biol. 2013;989:109-17. doi: 10.1007/978-1-62703-330-5_10.
- Lovendorf MB, Mitsui H, Zibert JR, Ropke MA, Hafner M, Dyring-Andersen B, Bonefeld CM, Krueger JG, Skov L. Laser capture microdissection followed by next-generation sequencing identifies disease-related microRNAs in psoriatic skin that reflect systemic microRNA changes in psoriasis. Exp Dermatol. 2015 Mar;24(3):187-93. doi: 10.1111/exd.12604.
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær fullføring (Antatt)
Primær fullføring
Studiet fullført (Antatt)
Studiet fullført
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Først lagt ut
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Antatt)
Sist oppdatering lagt ut
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
Andre studie-ID-numre
- 41142
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .
Kliniske studier på Sunn
-
NCT06551870RekrutteringHealthy People-programmer
-
NCT05275140FullførtHealthy People-programmer
-
NCT05826314Aktiv, ikke rekrutterendeHealthy People-programmer
-
NCT06955689FullførtHealthy People-programmer | Forebygging og kontroll
-
NCT07513766RekrutteringHealthy Controls Group - alders- og kjønnsmatchet | Repeterende negativ tenkning
-
NCT02585791AvsluttetHealthy Lifetime Ikke-røykere
-
NCT01886339FullførtHealthy People-programmer
-
NCT07505355RekrutteringMultippel sklerose | Healthy Controls Group - alders- og kjønnsmatchet
Kliniske studier på Eksperimentell gruppe
-
NCT03727269FullførtInkontinens, urinveier
-
NCT04730765Har ikke rekruttert ennåDivertikulær sykdom på venstre side av tykktarmen
-
NCT07108842Fullført
-
NCT06443320RekrutteringAutismespektrumforstyrrelse (ASD)
-
NCT06867679RekrutteringFriske mannlige og kvinnelige emner
-
NCT06215157Har ikke rekruttert ennåVæskerespons | Slagvolumvariasjon | SVV-FloTrac | Thorax elektrisk bioimpedans
-
NCT06143111Har ikke rekruttert ennåVæskerespons | Slagvolumvariasjon | SVV-FloTrac | Thorax elektrisk bioimpedans
-
NCT03403400Fullført