Computational Drug Repurposing för alla EBS-fall
Computational Drug Repurposing för alla Epidermolysis Bullosa Simplex (EBS) fall
Studieöversikt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Detaljerad beskrivning
Studietyp
Studietyp
Inskrivning (Beräknad)
Inskrivning
Kontakter och platser
Studiekontakt
Studiekontakt
- Namn: Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-post: momartin@stanford.edu
Studieorter
-
-
California
-
Palo Alto, California, Förenta staterna, 94304
- Rekrytering
- Pediatric Dermatology Clinic at Stanford Children's Hospital
-
Huvudutredare:
- Joyce M Teng, MD, PhD
-
Kontakt:
- Monica Martin
- Telefonnummer: 650-723-0636
- E-post: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Kontakt:
- Elidia V Tafoya, MPH
- Telefonnummer: 650-724-1982
- E-post: PediatricDermStudy@stanford.edu
-
Underutredare:
- Kavita Sarin, MD, PhD
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
Tar emot friska volontärer
Testmetod
Studera befolkning
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- Ämnen i alla åldrar
- Diagnos av alla subtyper av EB-ämnen
- Friska, icke-EB-ämnen
- Förmåga att genomföra studiebesök för att samla in vävnads- och blodprover
Exklusions kriterier:
- Graviditet, amning
- Tidigare historia av leversjukdom
- Allvarlig känd samtidig medicinsk sjukdom eller infektion, som potentiellt kan utgöra en säkerhetsrisk och/eller förhindra vävnadsinsamling från försökspersoner
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
- Observationsmodeller: Kohort
- Tidsperspektiv: Blivande
Antal grupper/kohorter
Kohorter och interventioner
Grupp / KohortGrupp / Kohort |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Experimentgrupp
Blod- och vävnadsprover kommer att tas från försökspersoner med en EB-diagnos.
Vävnadsprover kommer att tas från hud med blåsor och utan blåsor.
|
Försökspersoner med EB-diagnos
|
|
Kontrollgrupp
Blod- och vävnadsprover kommer att tas från friska försökspersoner med icke-EB.
Vävnadsprover kommer att tas från ett oansenligt hudområde.
|
Försökspersoner med EB-diagnos
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Karakterisera genuttrycksförändringar i EB med hjälp av RNA-sekvensering (RNA-seq) och Computational Profiling Potential Drug Targets
Tidsram: Genom slutförandet av studier på 1 år.
|
Användning av bioinformatiska algoritmer för att identifiera förändringar i genuttryck och granskning av över 2000 FDA-godkända läkemedel baserat på förutspådd modulering av genuttrycksförändringar med hjälp av ett beräkningsmässigt evolutionärt algoritmsystem.
|
Genom slutförandet av studier på 1 år.
|
Samarbetspartners och utredare
Sponsor
Sponsor
Utredare
Utredare
- Huvudutredare: Joyce M Teng, MD, PhD, Stanford University
Publikationer och användbara länkar
Allmänna publikationer
- McLaren PJ, Mayne M, Rosser S, Moffatt T, Becker KG, Plummer FA, Fowke KR. Antigen-specific gene expression profiles of peripheral blood mononuclear cells do not reflect those of T-lymphocyte subsets. Clin Diagn Lab Immunol. 2004 Sep;11(5):977-82. doi: 10.1128/CDLI.11.5.977-982.2004.
- Sleasman JW, Leon BH, Aleixo LF, Rojas M, Goodenow MM. Immunomagnetic selection of purified monocyte and lymphocyte populations from peripheral blood mononuclear cells following cryopreservation. Clin Diagn Lab Immunol. 1997 Nov;4(6):653-8. doi: 10.1128/cdli.4.6.653-658.1997.
- Bray NL, Pimentel H, Melsted P, Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification. Nat Biotechnol. 2016 May;34(5):525-7. doi: 10.1038/nbt.3519. Epub 2016 Apr 4. Erratum In: Nat Biotechnol. 2016 Aug 9;34(8):888.
- Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. 2010 Jan 1;26(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btp616. Epub 2009 Nov 11.
- Law V, Knox C, Djoumbou Y, Jewison T, Guo AC, Liu Y, Maciejewski A, Arndt D, Wilson M, Neveu V, Tang A, Gabriel G, Ly C, Adamjee S, Dame ZT, Han B, Zhou Y, Wishart DS. DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D1091-7. doi: 10.1093/nar/gkt1068. Epub 2013 Nov 6.
- Sugaya N, Kanai S, Furuya T. Dr. PIAS 2.0: an update of a database of predicted druggable protein-protein interactions. Database (Oxford). 2012 Oct 10;2012:bas034. doi: 10.1093/database/bas034. Print 2012.
- Subramanian A, Kuehn H, Gould J, Tamayo P, Mesirov JP. GSEA-P: a desktop application for Gene Set Enrichment Analysis. Bioinformatics. 2007 Dec 1;23(23):3251-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btm369. Epub 2007 Jul 20.
- Cohn HI, Teng JM. Advancement in management of epidermolysis bullosa. Curr Opin Pediatr. 2016 Aug;28(4):507-16. doi: 10.1097/MOP.0000000000000380.
- Uitto J, Bruckner-Tuderman L, Christiano AM, McGrath JA, Has C, South AP, Kopelan B, Robinson EC. Progress toward Treatment and Cure of Epidermolysis Bullosa: Summary of the DEBRA International Research Symposium EB2015. J Invest Dermatol. 2016 Feb;136(2):352-358. doi: 10.1016/j.jid.2015.10.050.
- Nystrom A, Thriene K, Mittapalli V, Kern JS, Kiritsi D, Dengjel J, Bruckner-Tuderman L. Losartan ameliorates dystrophic epidermolysis bullosa and uncovers new disease mechanisms. EMBO Mol Med. 2015 Sep;7(9):1211-28. doi: 10.15252/emmm.201505061.
- Wally V, Kitzmueller S, Lagler F, Moder A, Hitzl W, Wolkersdorfer M, Hofbauer P, Felder TK, Dornauer M, Diem A, Eiler N, Bauer JW. Topical diacerein for epidermolysis bullosa: a randomized controlled pilot study. Orphanet J Rare Dis. 2013 May 7;8:69. doi: 10.1186/1750-1172-8-69.
- Li J, Zheng S, Chen B, Butte AJ, Swamidass SJ, Lu Z. A survey of current trends in computational drug repositioning. Brief Bioinform. 2016 Jan;17(1):2-12. doi: 10.1093/bib/bbv020. Epub 2015 Mar 31.
- Low YS, Daugherty AC, Schroeder EA, Chen W, Seto T, Weber S, Lim M, Hastie T, Mathur M, Desai M, Farrington C, Radin AA, Sirota M, Kenkare P, Thompson CA, Yu PP, Gomez SL, Sledge GW Jr, Kurian AW, Shah NH. Synergistic drug combinations from electronic health records and gene expression. J Am Med Inform Assoc. 2017 May 1;24(3):565-576. doi: 10.1093/jamia/ocw161.
- Bchetnia M, Tremblay ML, Leclerc G, Duperee A, Powell J, McCuaig C, Morin C, Legendre-Guillemin V, Laprise C. Expression signature of epidermolysis bullosa simplex. Hum Genet. 2012 Mar;131(3):393-406. doi: 10.1007/s00439-011-1077-7. Epub 2011 Aug 30.
- Roth W, Reuter U, Wohlenberg C, Bruckner-Tuderman L, Magin TM. Cytokines as genetic modifiers in K5-/- mice and in human epidermolysis bullosa simplex. Hum Mutat. 2009 May;30(5):832-41. doi: 10.1002/humu.20981.
- Lee B, Geyfman M, Andersen B, Dai X. Analysis of gene expression in skin using laser capture microdissection. Methods Mol Biol. 2013;989:109-17. doi: 10.1007/978-1-62703-330-5_10.
- Lovendorf MB, Mitsui H, Zibert JR, Ropke MA, Hafner M, Dyring-Andersen B, Bonefeld CM, Krueger JG, Skov L. Laser capture microdissection followed by next-generation sequencing identifies disease-related microRNAs in psoriatic skin that reflect systemic microRNA changes in psoriasis. Exp Dermatol. 2015 Mar;24(3):187-93. doi: 10.1111/exd.12604.
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Studiestart
Primärt slutförande (Beräknad)
Primärt slutförande
Avslutad studie (Beräknad)
Avslutad studie
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Faktisk)
Första postat
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Beräknad)
Senaste uppdatering publicerad
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Nyckelord
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
Andra studie-ID-nummer
- 41142
Plan för individuella deltagardata (IPD)
Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?
IPD-planbeskrivning
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .