Diagnostic Odyssey: Whole Genome Sequencing (WGS)

Målet med denne kollaborative forskning er at studere humane genomer hos børn med mistanke om medfødt sygdom, multiple medfødte anomalier og/eller multiorgansygdomme af ukendt ætiologi, for at forstå den potentielle værdi af WGS ved etablering af en genetisk diagnose. Undersøgelsen vil undersøge diagnosefrekvenser, ændringer i klinisk pleje som følge af en genetisk diagnose, sundhedsøkonomi, herunder potentiel omkostningseffektivitet af WGS, og patient og udbyders erfaring med genomisk medicin. Andre kliniske oplysninger af den type, der indsamles af behandlende læger og opbevares i elektroniske lægejournaler, vil også blive indsamlet for at hjælpe med fortolkningen af ​​laboratoriedata. Deltagerne vil også blive bedt om at give samtykke til fremtidig adgang til journalen, fremtidig forskning i bioprøver og data genereret fra genomisk sekventering og for muligheden for genkontakt.

Som en del af denne indsats planlægger Nicklaus Børnehospital at skabe en stor integreret database, der indeholder DNA-sekvenserne af deltagernes hele menneskelige genomer og yderligere sundhedsoplysninger vedrørende karakteristika og helbred for de personer, hvis prøver er blevet sekventeret. Forskere kan derefter bruge databasen til at forsøge at forbinde disse egenskaber, sygdomme og andre forhold til ændringer i genomets sekvens. Nicklaus Children's Hospital planlægger at gøre databasen tilgængelig for sine samarbejdspartnere, såsom RCIGM, farmaceutiske og bioteknologiske virksomheder og andre akademiske institutioner, som vil bruge databasen til at finde bedre, innovative måder at forebygge, diagnosticere og behandle kræft og andre sygdomme. Afidentificerede data fra denne undersøgelse vil blive delt med samfundet som helhed, herunder publikationer og offentlige databaser. Derudover vil deltagerne få mulighed for at lade bioprøver (dvs. restblod, spyt, CSF osv.) inkluderes i biorepositories på Nicklaus Children's Hospital og Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Undersøgelsen vil give kliniske laboratoriebekræftede resultater relateret til den berørte patients fænotype, inklusive valgfrie tilfældige fund, medmindre forsøgspersonerne fravælger disse yderligere resultater, for at tillade, at disse forskningsresultater kan bruges i den kliniske pleje. Ydermere vil denne undersøgelse samle data vedrørende standard klinisk genetisk testning samt omkostningsmålinger for ikke kun at identificere forskelle i diagnostiske rater, diagnostisk nøjagtighed og tider til diagnoser, men for at bestemme omkostningseffektiviteten af ​​denne test og efterfølgende ændringer i plejebehandlingen . Klinisk nytte vil blive defineret som ændringer i pleje, der følger direkte af resultater af genetisk testning (både positive og negative), herunder standard kliniske tests og WGS. Disse data vil blive brugt til yderligere at undersøge den analytiske, diagnostiske og kliniske nytte og omkostningseffektivitet af denne test.

WGS-metoder fortsætter med at forbedre sig, og pædiatrisk genomisk medicin er et meget nyt område inden for medicinsk praksis. Denne undersøgelse vil også informere efterforskerne om bedste praksis, både hvad angår traditionelle medicinske resultater og patientcentrerede resultater. Derfor vil denne undersøgelse også fungere som et biodepot for prøver og data, da evnen til at dele genomiske og fænotypiske data blandt forskere er afgørende for at fremme vores forståelse af det spirende område inden for pædiatrisk genomisk medicin.

Specifikke mål:

1. Brug WGS til at identificere nye genetiske diagnoser hos børn med flere medfødte anomalier, udviklingsforsinkelser, autisme, anfald, intellektuelle handicap, neurodegenerative lidelser og metabolisk sygdom.
2. Evaluer diagnosehastigheden af ​​genetiske sygdomme med WGS hos tidligere udiagnosticerede patienter.
3. Vurder den kliniske nytte af WGS i pleje og behandling af patienter.
4. Undersøg sundhedsøkonomien og omkostningseffektiviteten af ​​WGS.
5. Evaluer udbyderens, patientens og familiens erfaringer med genomisk medicin
6. Indsaml biologiske prøver og tilhørende kliniske data fra pædiatriske patienter, der kan have en genetisk sygdom, og deres familiemedlemmer ("fænomenet").
7. Opret, analyser og gem genomiske data fra de biologiske prøver. Genomiske data vil omfatte genomiske (gDNA) sekvenser, RNA-sekvenser og/eller andre relaterede 'omiske data (herunder, men ikke begrænset til, farmakogenomik, transkriptomik og epigenomi). Genomiske data fra WGS vil omfatte enkeltnukleotidvarianter (SNV'er), strukturelle varianter såsom kopiantaltestning, genomiske omlejringer, genekspression, "hele transkriptomet" eller mere begrænsede DNA-sekventeringspaneler af specifikke gener eller af alle exoner af gener (den " Exome").
8. Analysere og rapportere klinisk bekræftede genomiske diagnoser og behandlingsvejledning ved brug af nye forskningsteknologier.
9. Identificere og studere nye gen- og sygdomsprocesser.