Odyseja diagnostyczna: Sekwencjonowanie całego genomu (WGS)

Celem tych wspólnych badań jest zbadanie ludzkich genomów u dzieci z podejrzeniem choroby wrodzonej, mnogimi wadami wrodzonymi i/lub chorobą wielonarządową o nieznanej etiologii, aby zrozumieć potencjalną wartość WGS w ustalaniu diagnozy genetycznej. W badaniu zbadane zostaną wskaźniki diagnozy, zmiany w opiece klinicznej w wyniku diagnozy genetycznej, ekonomika zdrowia, w tym potencjalna opłacalność WGS, oraz doświadczenia pacjentów i świadczeniodawców z medycyną genomową. Inne informacje kliniczne tego rodzaju gromadzone przez lekarzy prowadzących i przechowywane w elektronicznej dokumentacji medycznej będą również gromadzone w celu ułatwienia interpretacji danych laboratoryjnych. Uczestnicy zostaną również poproszeni o wyrażenie zgody na przyszły dostęp do dokumentacji medycznej, przyszłych badań próbek biologicznych i danych uzyskanych z sekwencjonowania genomu oraz na możliwość ponownego kontaktu.

W ramach tych wysiłków Szpital Dziecięcy Nicklaus planuje stworzyć dużą zintegrowaną bazę danych zawierającą sekwencje DNA całych genomów ludzkich uczestników oraz dodatkowe informacje zdrowotne dotyczące cech i stanu zdrowia osób, których próbki zostały zsekwencjonowane. Naukowcy mogą następnie użyć bazy danych, aby spróbować powiązać te cechy, choroby i inne warunki ze zmianami w sekwencji genomu. Nicklaus Children's Hospital planuje udostępnić bazę danych swoim współpracownikom, takim jak RCIGM, firmy farmaceutyczne i biotechnologiczne oraz innym instytucjom akademickim, które będą wykorzystywać bazę danych do znajdowania lepszych, innowacyjnych sposobów zapobiegania, diagnozowania i leczenia raka i innych chorób. Dane pozbawione elementów umożliwiających identyfikację z tego badania zostaną udostępnione całej społeczności, w tym w publikacjach i publicznych bazach danych. Ponadto uczestnicy będą mieli możliwość włączenia biopróbek (tj. pozostałości krwi, śliny, płynu mózgowo-rdzeniowego itp.) do biorepozytoriów w Szpitalu Dziecięcym Nicklaus i Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Badanie dostarczy klinicznych, potwierdzonych laboratoryjnie wyników związanych z fenotypem chorego pacjenta, w tym opcjonalnych wyników przypadkowych, chyba że badani zrezygnują z tych dodatkowych wyników, aby umożliwić wykorzystanie tych wyników badań w opiece klinicznej. Co więcej, badanie to będzie agregować dane dotyczące standardowych klinicznych testów genetycznych, jak również miar kosztów, aby nie tylko zidentyfikować różnice we wskaźnikach diagnostycznych, dokładności diagnostycznej i czasie do rozpoznania, ale także w celu określenia opłacalności tych testów i późniejszych zmian w zarządzaniu opieką . Użyteczność kliniczna będzie definiowana jako zmiany w opiece, które wynikają bezpośrednio z wyników badań genetycznych (zarówno pozytywnych, jak i negatywnych), w tym standardowych testów klinicznych i WGS. Dane te zostaną wykorzystane do dalszego zbadania użyteczności analitycznej, diagnostycznej i klinicznej oraz opłacalności tych testów.

Metody WGS są ciągle ulepszane, a pediatryczna medycyna genomiczna jest bardzo nową dziedziną praktyki medycznej. Badanie to dostarczy również badaczom informacji na temat najlepszych praktyk, zarówno pod względem tradycyjnych wyników medycznych, jak i wyników skoncentrowanych na pacjencie. W związku z tym badanie to będzie również działać jako biorepozytorium próbek i danych, ponieważ możliwość udostępniania danych genomicznych i fenotypowych wśród naukowców ma kluczowe znaczenie dla pogłębienia naszej wiedzy na temat rodzącej się dziedziny pediatrycznej medycyny genomicznej.

Cele szczegółowe:

1. Użyj WGS do identyfikacji nowych diagnoz genetycznych u dzieci z licznymi wadami wrodzonymi, opóźnieniem rozwojowym, autyzmem, drgawkami, niepełnosprawnością intelektualną, zaburzeniami neurodegeneracyjnymi i chorobami metabolicznymi.
2. Ocena wskaźnika rozpoznawania chorób genetycznych za pomocą WGS u wcześniej niezdiagnozowanych pacjentów.
3. Ocenić przydatność kliniczną WGS w opiece i leczeniu pacjentów.
4. Zbadaj ekonomikę zdrowia i opłacalność WGS.
5. Oceń doświadczenia świadczeniodawcy, pacjenta i rodziny z medycyną genomową
6. Gromadzenie próbek biologicznych i powiązanych danych klinicznych od pacjentów pediatrycznych, którzy mogą cierpieć na chorobę genetyczną, oraz członków ich rodzin („Zjawisko”).
7. Twórz, analizuj i przechowuj dane genomowe z próbek biologicznych. Dane genomowe będą obejmować sekwencje genomowe (gDNA), sekwencje RNA i/lub inne powiązane dane omiczne (w tym między innymi farmakogenomikę, transkryptomikę i epigenomikę). Dane genomowe z WGS będą obejmować warianty pojedynczych nukleotydów (SNV), warianty strukturalne, takie jak testowanie liczby kopii, rearanżacje genomowe, ekspresja genów, „cały transkryptom” lub bardziej ograniczone panele sekwencjonowania DNA określonych genów lub wszystkich eksonów genów („ Exom”).
8. Analizuj i zgłaszaj klinicznie potwierdzone diagnozy genomiczne i wytyczne dotyczące leczenia za pomocą nowych technologii badawczych.
9. Identyfikuj i badaj nowe procesy genowe i chorobowe.