Diversidad microbiana del efluente del estoma del intestino delgado y las heces colónicas
Diversidad microbiana intestinal del efluente del estoma del intestino delgado y heces colónicas de niños con síndrome de intestino corto
Descripción general del estudio
Estado
Estado
Condiciones
Condiciones
Tipo de estudio
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Inscripción
Contactos y Ubicaciones
Estudio Contacto
Estudio Contacto
- Nombre: Wei Cai, MD, PhD
- Correo electrónico: caiw204@sjtu.edu.cn
Ubicaciones de estudio
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Shanghai, Porcelana
- Reclutamiento
- Shanghai Xinhua Hospital, affiliated to Shanghai Jiao Tong University, School of Medicine
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Contacto:
- Wei Cai, MD, PhD
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Pacientes con insuficiencia intestinal. Los pacientes mostraron buena tolerancia a la administración de nutrición parenteral y enteral. La proporción de nutrición enteral es superior al 80%.
Producción de heces mantenida a menos de 50 ml/kg/día. No se produjeron complicaciones durante al menos 1 semana.
Criterio de exclusión:
- Los pacientes dependen principalmente de la nutrición parenteral. Síntomas como fiebre, distensión abdominal y diarrea. Complicaciones como enfermedad hepática asociada a la nutrición parenteral, neumonía e infección relacionada con el catéter.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Número de grupos/cohortes
Cohortes e Intervenciones
Grupo / CohorteGrupo / Cohorte |
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Salida del estoma intestinal
Sin intervenciones.
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Heces colónicas
Sin intervenciones.
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Control Saludable
Sin intervenciones.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Diversidad y composición de la microbiota aclaradas por secuenciación de ARNr 16s
Periodo de tiempo: 1) Recolección de muestras: un día antes de que los pacientes sean dados de alta del hospital; 2)Extracción de ADN: dentro de una semana después de la recolección de muestras; 3) Secuenciación y análisis de datos: dentro de un mes después del extracto de ADN
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Se extraerá el ADN de la microbiota intestinal.
Luego, los amplicones de ADN purificados se agrupan en secuencias equimolares y de extremos emparejados (2 × 250) en una plataforma Illumina MiSeq.
Los archivos Raw Fastq se demultiplexarán y se filtrarán por calidad mediante QIIME (versión 1.17).
Las unidades taxonómicas operativas (OTU) se agruparán a continuación con un límite de similitud del 97 % utilizando la versión 7.1 de UPARSE (http://drive5.com/
uparse/) y las secuencias quiméricas se identificarán y eliminarán mediante UCHIME (http://drive5.com/index.htm).
La afiliación filogenética de cada secuencia del gen 16S rRNA se analiza mediante RDP Classifier (http://rdp.cme.msu.edu/)
contra el silva (SSU117/119)16S rRNA.
Se utilizarán el índice de Sobs y el índice de Chao para evaluar la diversidad de la microbiota.
La composición de la microbiota se identificará en diferentes niveles, incluidos el filo, la familia y el género.
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1) Recolección de muestras: un día antes de que los pacientes sean dados de alta del hospital; 2)Extracción de ADN: dentro de una semana después de la recolección de muestras; 3) Secuenciación y análisis de datos: dentro de un mes después del extracto de ADN
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Colaboradores
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Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Arrieta MC, Stiemsma LT, Amenyogbe N, Brown EM, Finlay B. The intestinal microbiome in early life: health and disease. Front Immunol. 2014 Sep 5;5:427. doi: 10.3389/fimmu.2014.00427. eCollection 2014.
- Booijink CC, El-Aidy S, Rajilic-Stojanovic M, Heilig HG, Troost FJ, Smidt H, Kleerebezem M, De Vos WM, Zoetendal EG. High temporal and inter-individual variation detected in the human ileal microbiota. Environ Microbiol. 2010 Dec;12(12):3213-27. doi: 10.1111/j.1462-2920.2010.02294.x.
- Barrett E, Guinane CM, Ryan CA, Dempsey EM, Murphy BP, O'Toole PW, Fitzgerald GF, Cotter PD, Ross RP, Stanton C. Microbiota diversity and stability of the preterm neonatal ileum and colon of two infants. Microbiologyopen. 2013 Apr;2(2):215-25. doi: 10.1002/mbo3.64. Epub 2013 Jan 24.
- Huang Y, Guo F, Li Y, Wang J, Li J. Fecal microbiota signatures of adult patients with different types of short bowel syndrome. J Gastroenterol Hepatol. 2017 Dec;32(12):1949-1957. doi: 10.1111/jgh.13806.
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
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Finalización primaria (Anticipado)
Finalización primaria
Finalización del estudio (Anticipado)
Finalización del estudio
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- ShanghaiXinhua
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Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
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