Patogeenit, jotka ovat vastuussa meriveteen hukkumiseen liittyvistä hengitystieinfektioista (APIR-NOY)

Hukkumisen jälkeisiä hengitystieinfektioita aiheuttavista taudinaiheuttajista on tällä hetkellä saatavilla vain vähän tietoa. Monia merivedessä olevia ympäristön bakteereita kuvataan vaikeasti viljeltäväksi tavallisilla elatusaineilla, mutta ne ovat mahdollisesti patogeenisiä. Jopa erityisiä viljelyalustoja käytettäessä lähes 90 % vedessä olevista bakteereista jää viljelykelvottomaksi. 16S- ja 18S-rDNA-monistuksen käyttö, jota seuraa korkean suorituskyvyn sekvensointi hengitysnäytteissä, voisi antaa meille mahdollisuuden objektiioida nämä bakteerit, jotka mahdollisesti osallistuvat hukkumisen sekundaariseen fysiopatologiseen prosessiin, ja siten parantaa niiden yleistä hallintaa.

Bronkoalveolaarisen huuhtelun (BAL) suorittaminen 24 tunnin sisällä tehohoitoon ottamisen jälkeen, jossa analysoidaan ympäristön bakteereita tavallisilla ja spesifisillä elatusaineilla, suoritetaan antibiogrammit, DNA-uutto, monistus yleisillä 16- ja 18S-rDNA-alukkeilla, mitä seuraa korkeavirtaussekvensointi ja fylogeneettinen löydettyjen patogeenien analyysi. Näiden tulosten vertailu samoihin analyyseihin, jotka on tehty lähellä hukkumispaikkaa ja uuden AML:n aikana 72 tunnin aikana otetuista merivesinäytteistä potilaille, jotka ovat edelleen intuboituneita ja joilla on keuhkokuumeen merkkejä, jotta voidaan määrittää, ovatko sisäänkäynnissä havaitut taudinaiheuttajat edelleen olemassa ja ovatko ne läsnä ympäristöön.

AML potilaan sisäänkäynnillä, päivänä 3 ja ympäristönäytteenotto hukkumisympäristössä 24 tunnin sisällä. Standardit ja spesifiset bakteriologiset analyysit molekyylibiologian tekniikoilla (amplifikaatio 16 ja 18S rDNA) suoritettu Pr RUIMY:n laboratoriossa (Nice University Hospital) sekvensoimalla INRA:n Toulousen genomiikkaalustalla. Fylogeneettinen tiedonkeruu ja -analyysi IRCANissa (Bioinformatics, Croce Olivier). Potilaan seuranta elvytykseen saakka.