Возбудители респираторных инфекций, связанных с утоплением в морской воде (APIR-NOY)

В настоящее время имеется мало данных о типе возбудителя, ответственного за респираторные инфекции после утопления. Многие микроорганизмы окружающей среды, присутствующие в морской воде, описываются как трудно культивируемые на стандартных средах, но потенциально патогенные. Даже при использовании специальных питательных сред почти 90% бактерий, присутствующих в воде, остаются непригодными для культивирования. Использование амплификации 16S и 18S рДНК с последующим высокопроизводительным секвенированием образцов из дыхательных путей может позволить нам объективировать эти бактерии, потенциально вовлеченные в физиопатологический процесс, вторичный по отношению к утоплению, и, таким образом, улучшить общее управление ими.

Проведение бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) в течение 24 часов после поступления в реанимацию с анализом на стандартные и специфические питательные среды микроорганизмов внешней среды, проведением антибиотикограмм, выделением ДНК, амплификации универсальными праймерами 16 и 18S рДНК с последующим высокопоточным секвенированием и филогенетическим анализ обнаруженных возбудителей. Сравнение этих результатов с теми же анализами, проведенными на образцах морской воды, взятых рядом с местом утопления и во время нового ОМЛ через 72 часа у пациентов, все еще интубированных и имеющих признаки пневмонии, чтобы определить, сохраняются ли патогены, обнаруженные при входе, и присутствуют ли они в среда.

ОМЛ при поступлении пациента, на 3-й день и отбор проб окружающей среды в среде утопления в течение 24 часов. Стандартные и специфические бактериологические анализы с использованием методов молекулярной биологии (амплификация 16 и 18S рДНК), проведенные в лаборатории Pr RUIMY (Университетская больница Ниццы), секвенирование на платформе геномики INRA в Тулузе. Сбор и анализ филогенетических данных в IRCAN (биоинформатика, Croce Olivier). Наблюдение за пациентом до выписки из реанимации.