Patogeny odpowiedzialne za infekcje dróg oddechowych związane z utonięciem w wodzie morskiej (APIR-NOY)

Obecnie dostępnych jest niewiele danych na temat rodzaju patogenu odpowiedzialnego za infekcje dróg oddechowych po utonięciu. Wiele zarazków środowiskowych obecnych w wodzie morskiej opisano jako trudne do hodowli na standardowych podłożach, ale są one potencjalnie patogenne. Nawet przy użyciu określonych pożywek hodowlanych prawie 90% bakterii obecnych w wodzie pozostaje niezdatnych do hodowli. Zastosowanie amplifikacji 16S i 18S rDNA, a następnie wysokoprzepustowe sekwencjonowanie próbek oddechowych może pozwolić nam na obiektywizację tych bakterii potencjalnie zaangażowanych w proces fizjopatologiczny wtórny do utonięcia, a tym samym poprawić ogólne zarządzanie nimi.

Przeprowadzenie płukania oskrzelowo-pęcherzykowego (BAL) w ciągu 24 godzin po przyjęciu na oddział intensywnej terapii z analizą standardowych i specyficznych pożywek drobnoustrojów środowiskowych, wykonaniem antybiogramów, ekstrakcją DNA, amplifikacją starterami uniwersalnymi 16 i 18S rDNA, a następnie sekwencjonowaniem wysokoprzepływowym i filogenetyką analiza znalezionych patogenów. Porównanie tych wyników z tymi samymi analizami wykonanymi na próbkach wody morskiej pobranych w pobliżu miejsca utonięcia oraz podczas nowej AML w 72h dla pacjentów wciąż zaintubowanych i wykazujących objawy zapalenia płuc w celu określenia, czy patogeny wykryte przy wejściu utrzymują się i są obecne w środowisko.

AML przy wejściu pacjenta w 3. dobie i pobranie próbek środowiskowych w środowisku tonącym w ciągu 24 godzin. Standardowe i specyficzne analizy bakteriologiczne technikami biologii molekularnej (amplifikacja 16 i 18S rDNA) przeprowadzone w laboratorium Pr RUIMY (szpital uniwersytecki w Nicei) sekwencjonowanie na platformie genomicznej INRA w Tuluzie. Przechwytywanie i analiza danych filogenetycznych w IRCAN (Bioinformatics, Croce Olivier). Obserwacja pacjenta do czasu wypisu z resuscytacji.