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- Registre américain des essais cliniques
- Essai clinique NCT03303937
Caractéristiques des isolats d'Escherichia Coli des voies respiratoires inférieures chez les patients en soins intensifs ventilés mécaniquement (COLOCOLI)
Caractéristiques des isolats d'Escherichia Coli des voies respiratoires inférieures colonisant et infectant des patients en réanimation ventilés mécaniquement : une collection prospective multicentrique française
Aperçu de l'étude
Statut
Description détaillée
Étude prospective, observationnelle, multicentrique réalisée dans 14 unités de soins intensifs en France pour recueillir Escherichia coli (E. coli) provenant de patients en unité de soins intensifs (USI) ventilés mécaniquement ; afin de caractériser le phénotype et le génotype des souches d'E. coli extraites des voies respiratoires inférieures des patients ventilés. Tous les isolats d'E. coli identifiés dans le laboratoire de microbiologie et extraits d'un échantillon pulmonaire (aspiration trachéale, lavage bronchoalvéolaire ou cathéter obturé télescopique) provenant d'un patient en soins intensifs seront conservés et stockés à -80 °C dans une perfusion cerveau-cœur bouillon contenant 20 % de glycérol. Ils seront ensuite centralisés dans l'unité de recherche des chercheurs pour une analyse plus approfondie comprenant la détermination de la sensibilité aux antimicrobiens, du phylotype d'E. coli, du type O et du contenu en gènes du facteur de virulence.
Ces isolats seront comparés à ceux de deux collections précédemment publiées, l'une issue de selles de sujets communautaires, considérés comme des souches commensales, l'autre issue de sang de patients bactériémiques.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- adulte, admis aux soins intensifs
- sous ventilation mécanique invasive
- présence d'Escherichia coli dans un échantillon des voies respiratoires inférieures
Critère d'exclusion:
-
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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détermination du groupe phylogénétique
Délai: 50 minutes
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La méthode de réaction en chaîne par polymérase (PCR) quadruplex a été utilisée pour déterminer le groupe phylogénétique d'E. coli (A, B1, B2, C, D, E, F) ou Escherichia clade I appartenant
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50 minutes
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Détermination de type O
Délai: 50 minutes
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la méthode de réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été utilisée pour rechercher les sérotypes les plus attendus dans les infections extra-intestinales : O1, O2a, O2b, O4, O6, O7, O12, O15, O16, O17, O18, O22, O25a, O25b, O45a, O75, O78
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50 minutes
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détermination de la teneur en gène du facteur de virulence (VF)
Délai: 90 minutes
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La PCR multiplex a été utilisée pour détecter les gènes codant pour onze FV extra-intestinaux fréquemment rencontrés (les fimbriae S et F (sfa/foc), les pili associés à la pyélonéphrite (papC), la P adhésine (papGII, papGIII), le récepteur d'absorption ferrique de la yersiniabactine (fyuA), le transport du fer (iron), l'aérobactine (aer), la protéine de transfert conjugal (traT), la protéine N-acétylglucosamine 2-épimérase (neuC), l'hémolysine (hlyC) et le facteur nécrosant cytotoxique 1 (cnf1)
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90 minutes
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détermination de la sensibilité aux antimicrobiens
Délai: 24 heures
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La sensibilité antimicrobienne de chaque isolat a été déterminée par la méthode de diffusion sur disque selon la Société française de microbiologie.
Le score de résistance a été défini comme la somme des agents antimicrobiens inactifs in vitro pour chaque isolat
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24 heures
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présence de bêtalactamase
Délai: 90 minutes
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La détection des séquences de gènes codant pour les enzymes CTX-M et TEM a été réalisée par PCR avec de l'ADN génomique
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90 minutes
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Autres mesures de résultats
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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groupe phylogénétique appartenant à d'autres collections existantes d'Escherichia coli
Délai: 24 heures
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comparaison du groupe phylogénétique appartenant aux isolats actuels à ceux de deux collections précédemment publiées, originaires de la région parisienne, France ; l'une comprenant 280 souches d'E. coli isolées des selles de sujets adultes communautaires en 2010 (« COLIVILLE ») et pouvant être considérées comme des souches commensales et l'autre comprenant 373 souches d'E. coli isolées du sang de 373 patients hospitalisés en sept hôpitaux différents, au cours d'une bactériémie en 2005 (étude COLIBAFI)
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24 heures
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Distribution de type O dans d'autres collections existantes d'Escherichia coli
Délai: 24 heures
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comparaison de la distribution de type O des isolats actuels à ceux de deux collections précédemment publiées, originaires de la région parisienne, France ; l'une comprenant 280 souches d'E. coli isolées des selles de sujets adultes communautaires en 2010 (« COLIVILLE ») et pouvant être considérées comme des souches commensales et l'autre comprenant 373 souches d'E. coli isolées du sang de 373 patients hospitalisés en sept hôpitaux différents, au cours d'une bactériémie en 2005 (étude COLIBAFI)
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24 heures
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Teneur en gènes du facteur de virulence (FV) dans d'autres collections existantes d'Escherichia coli
Délai: 24 heures
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comparaison du contenu en gènes du facteur de virulence (VF) des isolats actuels à ceux de deux collections publiées précédemment, provenant de la région parisienne, France ; l'une comprenant 280 souches d'E. coli isolées des selles de sujets adultes communautaires en 2010 (« COLIVILLE ») et pouvant être considérées comme des souches commensales et l'autre comprenant 373 souches d'E. coli isolées du sang de 373 patients hospitalisés en sept hôpitaux différents, au cours d'une bactériémie en 2005 (étude COLIBAFI)
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24 heures
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groupe phylogénétique appartenant aux isolats d'E. coli responsables de pneumonie et à ceux responsables de colonisation simple
Délai: le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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comparaison d'appartenance au groupe phylogénétique entre les isolats responsables de pneumonie et ceux de simple colonisation
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le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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Distribution de type O chez les isolats d'E. coli responsables de pneumonies et chez ceux responsables de colonisation simple
Délai: le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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comparaison de la distribution de type O entre les isolats responsables de pneumonie et ceux de simple colonisation
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le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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Teneur en gène du facteur de virulence (FV) dans les isolats d'E. coli responsables de pneumonies et dans ceux responsables d'une simple colonisation
Délai: le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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comparaison du contenu en gènes du facteur de virulence (FV) entre les isolats responsables de pneumonie et ceux de simple colonisation
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le délai médian est de 11,5 jours avec un maximum de 35 jours
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Publications et liens utiles
Publications générales
- Messika J, Magdoud F, Clermont O, Margetis D, Gaudry S, Roux D, Branger C, Dreyfuss D, Denamur E, Ricard JD. Pathophysiology of Escherichia coli ventilator-associated pneumonia: implication of highly virulent extraintestinal pathogenic strains. Intensive Care Med. 2012 Dec;38(12):2007-16. doi: 10.1007/s00134-012-2699-5. Epub 2012 Sep 28.
- Dufour N, Clermont O, La Combe B, Messika J, Dion S, Khanna V, Denamur E, Ricard JD, Debarbieux L; ColoColi group. Bacteriophage LM33_P1, a fast-acting weapon against the pandemic ST131-O25b:H4 Escherichia coli clonal complex. J Antimicrob Chemother. 2016 Nov;71(11):3072-3080. doi: 10.1093/jac/dkw253. Epub 2016 Jul 7.
- Massot M, Daubie AS, Clermont O, Jaureguy F, Couffignal C, Dahbi G, Mora A, Blanco J, Branger C, Mentre F, Eddi A, Picard B, Denamur E, The Coliville Group. Phylogenetic, virulence and antibiotic resistance characteristics of commensal strain populations of Escherichia coli from community subjects in the Paris area in 2010 and evolution over 30 years. Microbiology (Reading). 2016 Apr;162(4):642-650. doi: 10.1099/mic.0.000242. Epub 2016 Jan 28.
- Lefort A, Panhard X, Clermont O, Woerther PL, Branger C, Mentre F, Fantin B, Wolff M, Denamur E; COLIBAFI Group. Host factors and portal of entry outweigh bacterial determinants to predict the severity of Escherichia coli bacteremia. J Clin Microbiol. 2011 Mar;49(3):777-83. doi: 10.1128/JCM.01902-10. Epub 2010 Dec 22.
- Royer G, Poirel L, La Combe B, Clermont O, Chau F, Mercier-Darty M, Denamur E, Nordmann P, Ricard JD, Decousser JW. Lack of association between colistin resistance and chlorhexidine reduced susceptibility in clinical isolates of Escherichia coli. J Antimicrob Chemother. 2021 Sep 15;76(10):2736-2737. doi: 10.1093/jac/dkab235. No abstract available.
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (RÉEL)
Achèvement primaire (RÉEL)
Achèvement de l'étude (RÉEL)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (RÉEL)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (RÉEL)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
- Processus pathologiques
- Infections
- Infections des voies respiratoires
- Maladies des voies respiratoires
- Maladies pulmonaires
- Attributs de la maladie
- Signes et symptômes digestifs
- Infections bactériennes à Gram négatif
- Infections bactériennes
- Infections bactériennes et mycoses
- Infection croisée
- Maladie iatrogène
- Infections à entérobactéries
- Pneumonie nosocomiale
- Pneumonie
- Diarrhée
- Pneumonie associée au ventilateur
- Infections à Escherichia coli
Autres numéros d'identification d'étude
- HLM_JDR8
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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