Le microbiome nasal et son importance dans la maladie

Hypothèses

Les hypothèses nulles suivantes sont suggérées :

1. Le microbiome nasal des patients présentant un dysfonctionnement olfactif ne diffère pas de celui des individus sains ayant une olfaction normale
2. Les fluctuations saisonnières du microbiome nasal ne se produisent pas
3. Le paysage immunologique de la muqueuse nasale n'est pas en corrélation avec des microbiomes spécifiques
4. Ni les glucocorticoïdes intranasaux ni le dupilumab et le mépolizumab n'affectent le microbiome nasal et les facteurs immunitaires locaux chez les patients atteints de CRSwNP Matériel et méthodes Conception : étude cas-témoins et étude de cohorte longitudinale.

Populations:

1. 60 contrôles sains : odorat normal et absence de maladie sino-nasale, d'allergies aux voies respiratoires supérieures et aucun médicament intranasal
2. 60 patients non-COVID-19 présentant un dysfonctionnement olfactif
3. 15 patients positifs au COVID-19 en phase aiguë
4. 60 patients atteints de COVID-19 de longue durée présentant un dysfonctionnement olfactif persistant pendant plus de 12 semaines
5. 60 patients atteints de SRC commençant des glucocorticoïdes intranasaux
6. 15 patients atteints de SRC débutant un traitement biologique

Critère d'intégration

- Plus de 18 ans

Critère d'exclusion

• Pour les groupes biopsies, traitement anticoagulant actif
• Maladies du système coagulant
• Antibiotiques au cours des trois derniers mois
• Autres médicaments immunomodulateurs au cours des trois derniers mois
• Maladie auto-immune ou immunodéficience

Recrutement : Les populations 1, 5 et 6 sont recrutées parmi les patients subissant une chirurgie sino-nasale au service oto-rhino-laryngologie de l'hôpital régional de Gødstrup, Danemark. Les populations 2 et 4 sont inscrites au Flavour Institute, Département de médecine clinique, Université d'Aarhus, Danemark, et Clinique universitaire pour la saveur, l'équilibre et le sommeil, Hôpital régional de Gødstrup, Danemark. La population 3 est recrutée dans les cliniques COVID-19 de longue durée de l'hôpital universitaire d'Aarhus et de l'hôpital régional de Gødstrup. La population 1 sera alimentée par des membres du personnel et des étudiants universitaires.

Examens cliniques, mesures et informations : pour tous les participants, des informations sont obtenues sur les antécédents médicaux, l'utilisation de médicaments, l'examen objectif des oreilles, du nez et de la gorge, y compris l'endoscopie des voies respiratoires supérieures, le test de résultat sino-nasal-22[9], la dépression majeure. Inventaire[10,11], mini-état mental[12], Sniffin' Sticks[13] et dépistage gustatif.

Échantillons de microbiome : des écouvillons de la cavité nasale et du pharynx buccal seront collectés pour une analyse du microbiome à l'aide d'un séquençage de nouvelle génération ciblant l'ARN ribosomal 16S et 18S. La caractérisation du microbiome est réalisée par métagénomique basée sur les amplicons 16S/18S, et les données sont analysées par divers outils bioinformatiques pour la détermination/visualisation de la diversité alpha/bêta ainsi que l'analyse des coordonnées principales (PCoA).

Facteurs immunitaires intranasaux : les biopsies nasales (3x3x3 mm) seront caractérisées histologiquement et analysées à l'aide de la transcriptomique spatiale sur la plateforme Vision 10X Genomics. La sécrétion nasale est collectée au moyen de six écouvillons et utilisée pour caractériser le profil des cytokines. Un large panel basé sur Luminex englobant 45 cytokines et chimiokines sera utilisé (Invitrogen, Cyto-kine/Chemokine/Growth Factor Convenience 45-Plex Human ProcartaPlex™ Panel 1), et les échantillons seront analysés en double. Le panel comprend des cytokines connues pour jouer un rôle dans le SRC et qui sont ciblées par un traitement biologique, telles que l'IL-4, l'IL-13 et l'IL-5.

Données sur l'utilisation de stéroïdes nasaux : les patients commençant des glucocorticoïdes intranasaux seront inclus au début du traitement et le suivi aura lieu après 24 semaines.

Statistiques : Avec un alpha de 5 % et une puissance de 80 %, la taille de la population de chaque groupe devrait être de 42 participants, en supposant que l'apparition de bactéries diffère de 30 % entre les populations. En tenant compte des abandons de 20 %, les enquêteurs visent à inclure 60 patients dans le groupe 1 à 4. Les études impliquant les groupes 5 et 6 sont exploratoires et génèrent des hypothèses, et aucun calcul de puissance n'a été effectué. De plus, seuls quelques patients remplissent les critères d’un traitement biologique ; par conséquent, les enquêteurs ont l'intention d'inclure tous les patients commençant un traitement biologique dans les 12 à 18 mois.

Faisabilité : Le projet est une collaboration entre le demandeur ; professeur, consultant principal, DMSc, Therese Ovesen, Flavour Institute, Aarhus University & The Flavour Clinic, Gødstrup Re-gional Hospital ; et consultant principal, DMSc, Kurt Fuursted, Statens Serum Institute (SSI). Le Flavour Institute reçoit des patients de tout le Danemark et depuis 2015, près de 3 000 patients ont consulté l'unité, et plus de 50 études de recherche sur le dysfonctionnement olfactif ont été publiées par la Flavour Clinic and Institute. Depuis 2016, des diagnostics cliniques de routine du microbiome, la métagénomique basée sur les amplicons 16S/18S, ont été réalisés au SSI, et une expertise clinique et bioinformatique sera fournie dans ce domaine par SSI. Le projet s'appuie en outre sur une collaboration avec l'initiative CellX hébergée au MOMA, qui est une initiative nationale fournissant une expertise et une infrastructure pour les omiques unicellulaires. Dans l'ensemble, les enquêteurs se portent garants à la fois du nombre requis de patients et d'une expérience solide et étendue avec toutes les méthodes de test, l'équipement et l'infrastructure nécessaire.

Les exigences réglementaires pour les études 1 et 2 sont en place et le recrutement des patients ainsi que la collecte d'échantillons de microbiome ont déjà commencé.

Éthique : Aucun des tests olfactifs ou gustatifs, ni l’échantillonnage du microbiome et des facteurs immunitaires ne provoquent de danger, d’inconfort ou de douleur. Le RGPD est respecté dans toutes les études et les données sont stockées sur des ordinateurs conformément aux exigences légales. L'étude répond à la déclaration d'Helsinki et est approuvée par le comité d'éthique local (reg.nr. 1-10-72-213-21). Concernant les biopsies nasales, il s'agit d'un examen de routine dans les cliniques externes ORL. La biopsie est réalisée au niveau du cornet moyen sous anesthésie locale et mesure 3x3x3 mm. Une demande complémentaire d'autorisation d'obtention des biopsies sera adressée au comité d'éthique local. Le risque de saignement est très faible car les patients atteints de maladies hématologiques et les patients sous traitement anticoagulant sont exclus.

Le microbiome sera évalué à l'aide d'écouvillons de la cavité nasale et analysé à l'aide d'un séquençage de nouvelle génération ciblant l'ARN ribosomal 16S et 18S au Département des bactéries, parasites et champignons du Staten Serum Institute, Copenhague, Danemark.

Les biopsies nasales (3x3x3 mm) seront caractérisées histologiquement et analysées à l'aide de la transcriptomique spatiale sur la plateforme Vision 10X Genomics. La sécrétion nasale est collectée au moyen de six écouvillons et utilisée pour caractériser le profil des cytokines.