Назальный микробиом и его значение при заболеваниях

Гипотезы

Предлагаются следующие нулевые гипотезы:

1. Назальный микробиом у пациентов с обонятельной дисфункцией не отличается от здоровых лиц с нормальным обонянием.
2. Сезонных колебаний назального микробиома не происходит.
3. Иммунологический ландшафт слизистой оболочки носа не коррелирует со специфическим микробиомом.
4. Ни интраназальные глюкокортикоиды, ни дупилумаб и меполизумаб не влияют на назальный микробиом и местные иммунные факторы у пациентов с ХРСнНП. Материалы и методы. Дизайн: исследование «случай-контроль» и продольное когортное исследование.

Население:

1. 60 здоровых людей из контрольной группы: нормальное обоняние, отсутствие заболеваний носовых пазух, аллергии верхних дыхательных путей и отсутствие интраназальных препаратов.
2. 60 пациентов с обонятельной дисфункцией, не зараженных COVID-19.
3. 15 пациентов с COVID-19 в острой фазе
4. 60 пациентов с длительным течением COVID-19 с обонятельной дисфункцией, сохраняющейся более 12 недель
5. 60 пациентов с СВК, начавших интраназальный прием глюкокортикоидов
6. 15 пациентов с СВК, начавших биологическое лечение

Критерии включения

- Старше 18 лет

Критерий исключения

• Для групп биопсии – активная антикоагулянтная терапия.
• Заболевания свертывающей системы
• Антибиотики за последние три месяца
• Другие иммуномодулирующие препараты за последние три месяца
• Аутоиммунное заболевание или иммунодефицит

Набор: Популяции 1, 5 и 6 набираются среди пациентов, перенесших операцию на носу и носу в отделении отоларингологии Региональной больницы Гёдструп, Дания. Популяции 2 и 4 зарегистрированы из Института вкуса, кафедры клинической медицины Орхусского университета, Дания, и Университетской клиники вкуса, баланса и сна, региональной больницы Гёдструп, Дания. Популяция 3 набирается в длительных клиниках по лечению COVID-19 в больнице Орхусского университета и в региональной больнице Гёдструп. Популяция 1 будет обеспечена сотрудниками и студентами университетов.

Клинические осмотры, измерения и информация: для всех участников собирается информация об истории болезни, использовании лекарств, объективном обследовании уха, носа и горла, включая эндоскопию верхних дыхательных путей, сино-назальный тест-22[9], большую депрессию. Инвентарь[10,11], Мини-психический статус[12], Нюхающие палочки[13] и проверка вкуса.

Образцы микробиома: мазки из полости носа и ротовой полости будут собраны для анализа микробиома с использованием секвенирования нового поколения, нацеленного на рибосомальные РНК 16S и 18S. Характеристика микробиома выполняется с помощью метагеномики на основе 16S/18S-ампликонов, а данные анализируются с помощью различных биоинформатических инструментов для определения/визуализации альфа-/бета-разнообразия, а также анализа главных координат (PCoA).

Интраназальные иммунные факторы: биоптаты из носа (3x3x3 мм) будут охарактеризованы гистологически и проанализированы с использованием пространственной транскриптомики на платформе Vision 10X Genomics. Назальный секрет собирают с помощью шести мазков и используют для характеристики цитокинового профиля. Будет использоваться широкая панель на основе Luminex, включающая 45 цитокинов и хемокинов (Invitrogen, Cyto-kin/Chemokine/Growth Factor Convenience 45-Plex Human ProcartaPlex™ Panel 1), и образцы будут анализироваться в двух экземплярах. Панель включает цитокины, которые, как известно, играют роль в СВК и на которые воздействует биологическое лечение, такие как IL-4, IL-13 и IL-5.

Данные об использовании назальных стероидов. Пациенты, начинающие интраназальный прием глюкокортикоидов, будут включены в исследование после начала лечения, а наблюдение будет проводиться через 24 недели.

Статистика: при альфе 5% и мощности 80% размер популяции в каждой группе должен составлять 42 участника, при условии, что встречаемость бактерий различается на 30% между популяциями. Принимая во внимание 20% выбывших из исследования, исследователи намерены включить 60 пациентов в группы 1-4. Исследования с участием групп 5 и 6 носят исследовательский и генерирующий гипотезы, расчет мощности не проводился. Более того, лишь немногие пациенты соответствуют критериям биологического лечения; следовательно, исследователи намерены включить всех пациентов, начавших биологическое лечение в течение 12-18 месяцев.

Осуществимость: Проект представляет собой сотрудничество между заявителем; профессор, старший консультант, доктор медицинских наук, Тереза ​​Овесен, Институт вкуса Орхусского университета и клиника вкуса, Региональная больница Гёдструп; и старший консультант, доктор медицинских наук Курт Фюрстед, Государственный институт сыворотки (SSI). Институт Flavor принимает пациентов со всей Дании, и с 2015 года в отделение обратились почти 3000 пациентов, а в клинике и институте Flavor было опубликовано более 50 исследований обонятельной дисфункции. С 2016 года в SSI проводится рутинная клиническая диагностика микробиома, метагеномика на основе 16S/18S ампликонов, и SSI будет предоставлять как клинические, так и биоинформационные знания в этой области. Проект также использует сотрудничество с инициативой CellX, расположенной в MOMA, которая является национальной инициативой, предоставляющей опыт и инфраструктуру для одноклеточных омиков. В целом исследователи ручаются как за необходимое количество пациентов, так и за солидный и обширный опыт работы со всеми методами исследования, оборудованием и необходимой инфраструктурой.

Нормативные требования для исследований 1 и 2 уже установлены, набор пациентов, а также сбор образцов микробиома уже начались.

Этика: Никакие тесты на запах или вкус, а также отбор проб микробиома и иммунных факторов не вызывают опасности, дискомфорта или боли. GDPR соблюдается во всех исследованиях, а данные хранятся на компьютерах в соответствии с требованиями законодательства. Исследование соответствует Хельсинкской декларации и одобрено местным этическим комитетом (рег. номер. 1-10-72-213-21). Что касается назальной биопсии, то это рутинная процедура в ЛОР-клиниках. Биопсия берется из средней носовой раковины под местной анестезией и имеет размеры 3х3х3 мм. Дополнительное заявление на получение разрешения на биопсию будет отправлено в местный этический комитет. Риск кровотечения очень низкий, поскольку из него исключены пациенты с гематологическими заболеваниями и пациенты, находящиеся на антикоагулянтной терапии.

Микробиом будет оцениваться с использованием мазков из полости носа и анализироваться с использованием секвенирования нового поколения, нацеленного на рибосомальные РНК 16S и 18S, в отделе бактерий, паразитов и грибов Статенского института сыворотки, Копенгаген, Дания.

Биопсии из носа (3x3x3 мм) будут охарактеризованы гистологически и проанализированы с использованием пространственной транскриптомики на платформе Vision 10X Genomics. Назальный секрет собирают с помощью шести мазков и используют для характеристики цитокинового профиля.