Test basé sur NGS d'échantillons de sang de patients atteints de sepsis pour une identification rapide des bactéries (BIOARTE)

L’administration précoce d’antimicrobiens est la pierre angulaire de la prise en charge des patients gravement malades. La fenêtre de temps appropriée pour cette intervention précoce peut varier considérablement, mais elle est considérée comme étant d'une à trois heures après l'admission à l'hôpital. Cependant, le choix des antimicrobiens pour une intervention précoce repose sur une sélection empirique et peut parfois s’avérer inapproprié en raison de l’émergence d’une résistance aux antimicrobiens. La seule façon de surmonter cette difficulté est de fournir des conseils grâce à une identification microbienne précoce et à des tests de sensibilité aux antibiotiques (AST). Cependant, les hémocultures sont positives chez près de 20 % des patients gravement malades et l'AST peut retarder jusqu'à 72 heures.

Cela signifie qu'un autre type d'approche est justifié pour s'attaquer à la limitation majeure de la microbiologie standard de soins (SoC), à savoir la nécessité d'incuber du sang total dans des flacons enrichis en milieu de croissance, ce qui nécessite une sous-culture une fois qu'un flacon de sang devient positif. Il est évident que l’identification rapide de l’agent pathogène suivie par l’AST en utilisant du sang total sans nécessiter d’hémoculture peut constituer une avancée majeure dans le domaine du diagnostic.

La présente étude est basée sur une analyse antérieure du sang total d'acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA) provenant de patients présentant une infection sanguine connue. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) de l’ADN bactérien extrait du sang total a permis d’identifier le bon agent pathogène. Cette étude vise à la validation de ce test basé sur NGS chez un plus grand nombre de patients.