Olaszország neonatalis enterovírus-fertőzései: Virológiai jellemzés, genomikai és klinikai-epidemiológiai betekintés az Echovirus 11 kapcsán (Entero-Neo)

Az Enterovirus nem, amely a Picornaviridae családhoz tartozik, pozitívan polarizált egy szálú RNS-vírusokból áll, amelyeket az Enterovirus (EV, beleértve a Coxsackie-vírust, Echovirust és Poliovirust) A-J és Rhinovirus (RV) A-C fajokba sorolnak, amelyek közül több mint 200 különböző genotípust írtak le. Az enterovírusok globális elterjedésűek és gyakori okai lázas, gasztroenterális és exantémás betegségeknek, amelyek általában önkorlátozóak és elterjedtek a csecsemők és gyermekek körében. Azonban időnként súlyos betegségeket is okozhatnak, beleértve a meningoencephalitist, myelitist, bénulást, myocarditist, szepszist, súlyos légzőszervi szindrómákat és akut hepatitist. Légúti úton terjedhetnek, a legtöbb eset a mérsékelt égövi régiókban nyáron és kora ősszel fordul elő. Az enterovírusokat gyors evolúció jellemzi, amelyet a magas mutációs ráta (ami az RNS-függő RNS-polimeráz hiányos korrektúra-tevékenysége miatt van) és a rekombinációs események nagy valószínűsége határoz meg. Ez utóbbi, különösen az inter-tipikus rekombináció, kulcsfontosságú szerepet játszik az Enterovírusok evolúciós folyamatában, és a nagyobb patogenitású és/vagy járványi potenciállal rendelkező törzsek megjelenésének fő okaként ismert fel, bár a kapcsolódó genetikai meghatározók napjainkig nem ismertek. 2022 júliusa és 2023 áprilisa között kilenc esetet jelentettek Franciaországban újszülött Echovirus 11 (E-11) fertőzésről súlyos májelégtelenséggel, neurológiai és myocardialis érintettséggel; ezek közül hét eset végzetes kimenetelű volt. Ezeknek a jelentéseknek következtében a Világegészségügyi Szervezet (WHO) riasztást adott ki, ami gyorsan további esetek azonosításához vezetett Olaszországban, Spanyolországban, Horvátországban és az Egyesült Királyságban. Mivel az EV-fertőzések nem esnek szisztematikus megfigyelés alá, hiányoznak az adatok ezen fertőzésekhez kapcsolódó tényleges betegségterhelésről. Így az EV-fertőzések alulbecsültek, és annál is inkább, azok típusmeghatározására vonatkozó adatok szűkösek - ha nem is hiányoznak -, amelyek másodszintű elemzéseket igényelnek, amelyeket általában nem végeznek rutinszerűen a klinikai mikrobiológiai diagnosztikai laboratóriumokban, ritkán állnak rendelkezésre és nem gyűjtik őket szisztematikusan, még európai szinten sem. Olyan állapot, amely így lehetetlenné teszi az EV-fertőzések általános, és különösen az E-11 által okozott hatás becslését, valamint a legsúlyosabb esetekkel és a legjelentősebb terjedési útvonalakkal kapcsolatos kockázati tényezőket. Ezen túlmenően az immunológiai és gyulladásos válasz jellemzői a fertőzésre még meghatározandók. Ezek az elemek lehetővé tennék, ha rendelkezésre állnának, egy specifikus esetdefiníció megfogalmazását a gyors laboratóriumi megerősítés és a betegség felismerésének biztosítása érdekében. Az újszülöttek enterovírus-fertőzéseinek terjedésének és hatásának ismeretének megerősítése érdekében, az E-11-re összpontosítva, a projekt javasolt céljai keretében az alábbi tevékenységek végrehajtásával: epidemiológiai és genomikus megfigyelő rendszerek tervezése és próbaüzembe helyezése (koncepció bizonyítása) potenciális nemzeti alkalmazással; molekuláris karakterizáció és vírus patogén jellemzőinek értékelése; lehetséges immunológiai markerek és gazda kockázati tényezők keresése a súlyos EV-betegségekkel, beleértve az E-11-et.

Konkrét célok

1. Egy protokoll megvalósítása és validálása szűrő tevékenységekre az újszülött osztályokon és újszülött intenzív terápiás osztályokon, amelyek célja az EV által okozott fertőzések jelenlétének ellenőrzése és a fertőzés súlyos formáinak azonosítása, különös figyelemmel az E-11-re.
2. Az EV törzsek jellemzése, amelyeket az 1. specifikus cél által végzett tevékenységek során azonosítottak, újgenerációs szekvenálási (NGS) megközelítésekkel a teljes genom szekvencia megszerzése és lehetséges rekombináns formák azonosítása érdekében. Filogenetikai elemzés végrehajtása a kapott szekvenciákról a fő nemzetközi adatbázisokban tároltakhoz képest, hogy olyan genomokat határozzanak meg, amelyek variáns törzsekhez vagy specifikus mutációkkal rendelkező genomokhoz köthetők.