Neonatalne infekcje enterowirusowe we Włoszech: Charakterystyka wirusologiczna, genetyczne i kliniczno-epidemiologiczne aspekty dotyczące echowirusa 11 (Entero-Neo)

Rodzaj Enterovirus, należący do rodziny Picornaviridae, obejmuje wirusy RNA o dodatniej polarności, klasyfikowane do gatunków Enterovirus (EV, obejmującego Coxsackievirus, Echovirus i Poliovirus) A-J oraz Rhinovirus (RV) A-C, z których opisano ponad 200 różnych genotypów. Enterowirusy mają globalny zasięg i są częstą przyczyną gorączkowych, żołądkowo-jelitowych i osutkowych chorób, zwykle samoograniczających się, które są powszechne w populacjach niemowląt i dzieci. Jednak mogą one okazjonalnie powodować poważne choroby, w tym zapalenie mózgu i opon mózgowych, zapalenie rdzenia kręgowego, paraliż, zapalenie mięśnia sercowego, posocznicę, ciężkie zespoły oddechowe i ostre zapalenie wątroby. Mogą być przenoszone drogą oddechową, przy czym większość przypadków w regionach umiarkowanych występuje latem i wczesną jesienią. Enterowirusy charakteryzują się szybką ewolucją, określoną przez wysoką częstotliwość mutacji (z powodu obecności polimerazy RNA zależnej od RNA, która nie posiada aktywności korekcyjnej) i wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia zdarzeń rekombinacji. Ta ostatnia, w szczególności rekombinacja międzytypowa, odgrywa kluczową rolę w procesie ewolucyjnym Enterowirusów i została uznana za główną przyczynę pojawienia się szczepów o większej patogenności i/lub potencjale epidemicznym, chociaż związane z tym determinanty genetyczne nie są znane do dziś. Między lipcem 2022 a kwietniem 2023 roku we Francji zgłoszono dziewięć przypadków zakażenia noworodków Echowirusem 11 (E-11) z ciężką niewydolnością wątroby oraz zajęciem układu nerwowego i mięśnia sercowego; siedem z tych przypadków zakończyło się śmiercią. Po tych doniesieniach Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) wydała alert, który szybko doprowadził do zidentyfikowania dalszych przypadków we Włoszech, Hiszpanii, Chorwacji i Wielkiej Brytanii. Ponieważ zakażenia EV nie podlegają systematycznemu nadzorowi, brakuje danych na temat rzeczywistego obciążenia chorobami związanymi z tymi zakażeniami. Dlatego zakażenia EV są niedoszacowane, a tym bardziej dane dotyczące ich typowania są skąpe – jeśli nie nieobecne – co wiąże się z analizami drugiego poziomu, które zazwyczaj nie są rutynowo przeprowadzane w klinicznych laboratoriach diagnostyki mikrobiologicznej, są rzadko dostępne i nie są systematycznie gromadzone, nawet na poziomie europejskim. Stan, który uniemożliwia zatem oszacowanie zarówno wpływu zakażeń EV w ogóle, jak i E-11 w szczególności, jak i czynników ryzyka związanych z najpoważniejszymi przypadkami i najbardziej znaczącymi drogami przenoszenia. Ponadto, cechy odpowiedzi immunologicznej i zapalnej na zakażenie pozostają do zdefiniowania. Te elementy pozwoliłyby, gdyby były dostępne, na sformułowanie specyficznej definicji przypadku, aby zapewnić szybkie potwierdzenie laboratoryjne i rozpoznanie choroby. Aby wzmocnić wiedzę na temat rozprzestrzeniania się i wpływu zakażeń enterowirusami u noworodków, ze szczególnym uwzględnieniem E-11, poprzez realizację następujących działań, w ramach proponowanych celów projektu: zaprojektowanie i pilotażowe wdrożenie (dowód koncepcji) systemów nadzoru epidemiologicznego i genomowego z potencjalnym zastosowaniem krajowym; charakterystyka molekularna i ocena cech patogennych wirusa; poszukiwanie możliwych markerów immunologicznych i czynników ryzyka gospodarza związanych z ciężką chorobą EV, w tym E-11.

Cele szczegółowe

1. Wdrożenie i walidacja protokołu działań przesiewowych w oddziałach noworodkowych i intensywnej terapii noworodkowej, mających na celu sprawdzenie obecności zakażeń wywołanych przez EV oraz identyfikację ciężkich postaci zakażenia, ze szczególnym uwzględnieniem E-11.
2. Charakteryzacja szczepów EV, zidentyfikowanych w ramach działań realizowanych przez cel szczegółowy 1, z wykorzystaniem metod sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w celu uzyskania pełnej sekwencji genomu i identyfikacji możliwych form rekombinowanych. Przeprowadzenie analizy filogenetycznej uzyskanych sekwencji w porównaniu z tymi zdeponowanymi w głównych międzynarodowych bazach danych, w celu zdefiniowania genomów, które można przypisać do szczepów wariantowych lub z określonymi mutacjami w genomie.