Infecciones neonatales por enterovirus en Italia: caracterización virológica, perspectivas genómicas y clínico-epidemiológicas sobre el ecovirus 11 (Entero-Neo)

El género Enterovirus, perteneciente a la familia Picornaviridae, está formado por virus de ARN monocatenario de polaridad positiva clasificados en las especies Enterovirus (EV, que comprende Coxsackievirus, Echovirus y Poliovirus) A-J y Rhinovirus (RV) A-C, de los cuales se han descrito más de 200 genotipos diferentes. Los enterovirus tienen una distribución global y son una causa común de enfermedades febriles, gastroenteríticas y exantemáticas, generalmente autolimitadas, que están muy extendidas en lactantes y poblaciones pediátricas. Sin embargo, ocasionalmente pueden causar enfermedades graves, como meningoencefalitis, mielitis, parálisis, miocarditis, sepsis, síndromes respiratorios graves y hepatitis aguda. Pueden transmitirse por vía respiratoria, y la mayoría de los casos en regiones templadas se producen durante el verano y principios de otoño. Los enterovirus se caracterizan por una rápida evolución determinada por su alta tasa de mutación (debido a la presencia de una ARN polimerasa dependiente de ARN que carece de actividad de corrección de pruebas) y la alta probabilidad de sufrir eventos de recombinación. Esta última, en particular la recombinación intertípica, desempeña un papel crucial en el proceso evolutivo de los enterovirus y se ha reconocido como una causa principal de la aparición de cepas con mayor patogenicidad y/o potencial epidémico, aunque los determinantes genéticos asociados no se conocen hasta la fecha. Entre julio de 2022 y abril de 2023, se notificaron en Francia nueve casos de infección neonatal por Echovirus 11 (E-11) con insuficiencia hepática grave y afectación neurológica y miocárdica; siete de estos casos tuvieron desenlace fatal. Tras estos informes, la Organización Mundial de la Salud (OMS) emitió una alerta que rápidamente condujo a la identificación de más casos en Italia, España, Croacia y el Reino Unido. Dado que las infecciones por EV no están sujetas a vigilancia sistemática, faltan datos sobre la carga real de enfermedad asociada a estas infecciones. Por lo tanto, las infecciones por EV están subestimadas y, aún más, los datos sobre su tipificación son escasos -si no inexistentes-, lo que implica análisis de segundo nivel que generalmente no se realizan de forma rutinaria en los laboratorios de diagnóstico microbiológico clínico, rara vez están disponibles y no se recogen sistemáticamente, ni siquiera a nivel europeo. Una condición que, por tanto, imposibilita estimar tanto el impacto de las infecciones por EV en general, y de E-11 en particular, como los factores de riesgo relacionados con los casos más graves y las rutas de transmisión más significativas. Además, las características de la respuesta inmunológica e inflamatoria a la infección aún están por definir. Estos elementos permitirían, si estuvieran disponibles, formular una definición de caso específica para garantizar una rápida confirmación de laboratorio y el reconocimiento de la enfermedad.Para fortalecer el conocimiento sobre la propagación e impacto de las infecciones por enterovirus en recién nacidos, con especial atención al E-11, mediante la realización de las siguientes actividades, dentro del alcance de los objetivos propuestos del proyecto: diseño e implementación piloto (prueba de concepto) de sistemas de vigilancia epidemiológica y genómica con posible aplicación nacional; caracterización molecular y evaluación de las características patogénicas virales; búsqueda de posibles marcadores inmunológicos y factores de riesgo del huésped asociados con enfermedad grave por EV, incluido el E-11.

Objetivos específicos

1. Implementar y validar un protocolo para actividades de cribado en unidades neonatales y unidades de cuidados intensivos neonatales destinado a comprobar la presencia de infecciones causadas por EV e identificar formas graves de infección, con especial atención al E-11.
2. Caracterizar las cepas de EV, identificadas dentro de las actividades realizadas por los objetivos específicos 1, utilizando enfoques de secuenciación de nueva generación (NGS) para obtener la secuencia completa del genoma e identificar posibles formas recombinantes. Realizar análisis filogenético de las secuencias obtenidas en comparación con las depositadas en las principales bases de datos internacionales, para definir genomas que puedan rastrearse hasta cepas variantes o con mutaciones específicas en el genoma.