Neonataalit enterovirusinfektiot Italiassa: Virologinen karakterisointi, genominen ja kliinis-epidemiologiset näkökulmat Echovirus 11:sta (Entero-Neo)

Enterovirus-suku, joka kuuluu Picornaviridae-heimoon, koostuu positiivisesti polarisoituneista yksijuosteisista RNA-viruksista, jotka on luokiteltu lajeihin Enterovirus (EV, joka käsittää Coxsackievirus-, Echovirus- ja Poliovirus-lajit) A–J ja Rhinovirus (RV) A–C, joista yli 200 erilaista genotyyppiä on kuvattu. Enterovirukset ovat levinneet maailmanlaajuisesti ja ovat yleinen kuumeisten, gastroenteriittisten ja eksanteemisten sairauksien aiheuttaja, jotka ovat yleensä itsestään rajoittuvia ja joita esiintyy laajalti vauvoilla ja lasten väestössä. Ne voivat kuitenkin silloin tällöin aiheuttaa vakavia sairauksia, kuten meningoencefalitiittiä, myelitiittiä, halvausta, myokardiittiä, sepsisia, vakavia hengitysoireyhtymiä ja akuuttia hepatiittiä. Ne voivat tarttua hengitystietä pitkin, ja useimmat tapaukset lauhkeilla vyöhykkeillä tapahtuvat kesällä ja alkusyksyllä. Enteroviruksille on ominaista nopea evoluutio, jonka aiheuttaa korkea mutaatiotaajuus (johtuen RNA-riippuvaisesta RNA-polymeraasista, jolla ei ole korjauslukutoimintaa) ja suuri todennäköisyys rekombinaatiotapahtumille. Jälkimmäinen, erityisesti tyypin välinen rekombinaatio, on ratkaisevassa roolissa enterovirusten evoluutiossa ja on tunnistettu merkittäväksi syyksi korkeamman patogeenisuuden ja/tai epidemiapotentiaalin omaavien kantojen ilmaantumiselle, vaikka niihin liittyviä geneettisiä tekijöitä ei vielä tunneta. Heinäkuun 2022 ja huhtikuun 2023 välisenä aikana Ranskassa raportoitiin yhdeksän vastasyntyneen Echovirus 11 (E-11) -infektion tapausta vakavan maksavaurion sekä neurologisten ja sydänlihasvaikutusten kanssa; seitsemässä näistä tapauksista oli kuolemaan johtaneita lopputuloksia. Näiden raporttien jälkeen Maailman terveysjärjestö (WHO) antoi hälytyksen, joka johti nopeasti lisätapausten tunnistamiseen Italiassa, Espanjassa, Kroatiassa ja Yhdistyneessä kuningaskunnassa. Koska EV-infektioita ei seurata systemaattisesti, tietoja näihin infektioihin liittyvästä todellisesta taakasta puuttuu. Näin ollen EV-infektiot aliarvioidaan, ja vielä enemmän niiden tyypitystietoja on vähän – ellei ole ollenkaan –, mikä edellyttää toisen tason analyysejä, joita ei yleensä tehdä rutiininomaisesti kliinisissä mikrobiologisissa diagnoosilaboratorioissa, joita on harvoin saatavilla ja joita ei kerätä systemaattisesti, ei edes Euroopan tasolla. Tämä tilanne tekee mahdottomaksi arvioida joko EV-infektioiden yleistä vaikutusta, erityisesti E-11:n, tai vakavimpien tapausten ja merkittävimpien tartuntareittien liittyviä riskitekijöitä. Lisäksi infektioon liittyvän immunologisen ja tulehdusvasteen ominaisuuksia on vielä määritettävä. Nämä tekijät mahdollistaisivat, jos saatavilla, spesifisen tapausmääritelmän laatimisen nopean laboratoriovahvistuksen ja sairauden tunnistamisen varmistamiseksi. Vahvistaa tietoa enterovirusinfektioiden leviämisestä ja vaikutuksista vastasyntyneillä, keskittyen E-11:een, toteuttamalla seuraavat toimet projektin ehdotettujen tavoitteiden puitteissa: suunnitella ja toteuttaa pilottijakso (proof of concept) epidemiologisista ja genomisista seurantajärjestelmistä, joilla on mahdollinen kansallinen sovellus; molekyylibiologinen karakterisointi ja viruksen patogeenisten piirteiden arviointi; mahdollisten immunologisten merkkiaineiden ja isäntäriskitekijöiden etsiminen, jotka liittyvät vakavaan EV-sairauteen, mukaan lukien E-11.

Erityistavoitteet

1. Toteuttaa ja validoida seulontatoimintojen protokolla vastasyntyneiden yksiköissä ja vastasyntyneiden tehohoidon yksiköissä, joiden tarkoituksena on tarkistaa EV:n aiheuttamien infektioiden esiintyminen ja tunnistaa vakavat infektioiden muodot, erityisesti kiinnittäen huomiota E-11:een.
2. Karakterisoida EV-kannat, jotka on tunnistettu erityistavoitteen 1 toimenpiteiden puitteissa, käyttäen uuden sukupolven sekvensointi (NGS) -menetelmiä koko genomin sekvenssin saamiseksi ja mahdollisten rekombinanttien muotojen tunnistamiseksi. Suorittaa saatujen sekvenssien fylogeneettinen analyysi verrattuna pääkansainvälisten tietokantojen tallennettuihin sekvensseihin, määrittääkseen genomit, jotka voidaan jäljittää varianttikantoihin tai joilla on spesifisiä mutaatioita genomissa.