Neonatální enterovirové infekce v Itálii: Virologická charakterizace, genomické a klinicko-epidemiologické poznatky o echoviru 11 (Entero-Neo)

Rod Enterovirus, patřící do čeledi Picornaviridae, se skládá z pozitivně polarizovaných jednodřetězových RNA virů klasifikovaných do druhů Enterovirus (EV, zahrnující Coxsackievirus, Echovirus a Poliovirus) A-J a Rhinovirus (RV) A-C, z nichž bylo popsáno více než 200 různých genotypů. Enteroviry mají celosvětové rozšíření a jsou běžnou příčinou horečnatých, gastroenterických a exantematózních onemocnění, obvykle samolimitujících, které jsou rozšířené u kojenců a dětské populace. Mohou však občas způsobit závažná onemocnění, včetně meningoencefalitidy, myelitidy, paralýzy, myokarditidy, sepse, těžkých respiračních syndromů a akutní hepatitidy. Mohou být přenášeny respirační cestou, přičemž většina případů v mírných oblastech se vyskytuje během léta a začátku podzimu. Enteroviry se vyznačují rychlou evolucí určenou vysokou mutační rychlostí (díky přítomnosti RNA-dependentní RNA-polymerázy, která postrádá korekční aktivitu) a vysokou pravděpodobností rekombinačních událostí. Ta, zejména mezi-typová rekombinace, hraje klíčovou roli v evolučním procesu enterovirů a byla uznána jako hlavní příčina vzniku kmenů s vyšší patogenitou a/nebo epidemickým potenciálem, ačkoli související genetické determinanty nejsou dosud známy. Mezi červencem 2022 a dubnem 2023 bylo ve Francii hlášeno devět případů neonatální infekce Echovirem 11 (E-11) se závažným selháním jater a neurologickým a myokardiálním postižením; sedm z těchto případů mělo fatální následky. Po těchto hlášeních vydala Světová zdravotnická organizace (WHO) varování, které rychle vedlo k identifikaci dalších případů v Itálii, Španělsku, Chorvatsku a Spojeném království. Protože infekce EV nepodléhají systematickému sledování, chybí údaje o skutečné zátěži onemocnění spojené s těmito infekcemi. Infekce EV jsou tedy podceňovány a ještě více jsou vzácné – ne-li žádné – údaje o jejich typizaci, které zahrnují analýzy druhé úrovně, které se obecně neprovádějí rutinně v klinických mikrobiologických diagnostických laboratořích, jsou zřídka dostupné a nejsou systematicky shromažďovány, ani na evropské úrovni. Stav, který proto znemožňuje odhadnout jak dopad infekcí EV obecně, tak E-11 konkrétně, nebo rizikové faktory související s nejzávažnějšími případy a nejvýznamnějšími přenosovými cestami. Navíc charakteristiky imunologické a zánětlivé odpovědi na infekci zůstávají nedefinované. Tyto prvky by umožnily, pokud by byly k dispozici, formulaci specifické definice případu, aby bylo zajištěno rychlé laboratorní potvrzení a rozpoznání onemocnění. Posílit znalosti o šíření a dopadu enterovirových infekcí u novorozenců, se zaměřením na E-11, provedením následujících aktivit v rámci navržených cílů projektu: navržení a pilotní implementace (proof of concept) epidemiologických a genomických sledovacích systémů s potenciálním národním uplatněním; molekulární charakterizace a hodnocení virových patogenních vlastností; hledání možných imunologických markerů a rizikových faktorů hostitele spojených se závažným onemocněním EV, včetně E-11.

Specifické cíle

1. Implementovat a ověřit protokol pro screeningové aktivity na novorozeneckých jednotkách a jednotkách intenzivní péče o novorozence zaměřené na kontrolu přítomnosti infekcí způsobených EV a identifikaci závažných forem infekce, se zvláštním důrazem na E-11.
2. Charakterizovat kmeny EV, identifikované v rámci aktivit prováděných specifickými cíli 1, pomocí přístupů sekvenování nové generace (NGS) k získání sekvence celého genomu a identifikaci možných rekombinantních forem. Provést fylogenetickou analýzu získaných sekvencí ve srovnání s těmi uloženými v hlavních mezinárodních databázích, aby byly definovány genomy, které lze vysledovat k variantním kmenům nebo se specifickými mutacemi v genomu.