Infeções Neonatais por Enterovírus em Itália: Caracterização Virológica, Perspetivas Genómicas e Clínico-epidemiológicas sobre o Echovírus 11 (Entero-Neo)

O género Enterovirus, pertencente à família Picornaviridae, consiste em vírus de RNA de cadeia simples com polaridade positiva, classificados nas espécies Enterovirus (EV, que inclui o Coxsackievirus, Echovirus e Poliovirus) A-J e Rhinovirus (RV) A-C, das quais foram descritos mais de 200 genótipos diferentes. Os enterovírus têm uma distribuição global e são uma causa comum de doenças febris, gastrointestinais e exantemáticas, geralmente autolimitadas, que são frequentes em lactentes e populações pediátricas. No entanto, podem ocasionalmente causar doenças graves, incluindo meningoencefalite, mielite, paralisia, miocardite, sépsis, síndromes respiratórias graves e hepatite aguda. Podem ser transmitidos por via respiratória, sendo que a maioria dos casos em regiões temperadas ocorre durante o verão e o início do outono. Os enterovírus caracterizam-se por uma evolução rápida determinada pela elevada taxa de mutação (devido à presença de uma RNA-polimerase dependente de RNA que carece de atividade de correção) e pela alta probabilidade de sofrerem eventos de recombinação. Esta última, em particular a recombinação intertípica, desempenha um papel crucial no processo evolutivo dos Enterovírus e foi reconhecida como uma das principais causas do surgimento de estirpes com maior patogenicidade e/ou potencial epidémico, embora os determinantes genéticos associados não sejam conhecidos até à data. Entre julho de 2022 e abril de 2023, foram relatados nove casos de infeção neonatal por Echovírus 11 (E-11) com insuficiência hepática grave e envolvimento neurológico e miocárdico em França; sete destes casos resultaram em desfechos fatais. Após estes relatórios, a Organização Mundial da Saúde (OMS) emitiu um alerta que rapidamente levou à identificação de mais casos em Itália, Espanha, Croácia e Reino Unido. Como as infeções por EV não estão sujeitas a vigilância sistemática, há uma falta de dados sobre o verdadeiro peso da doença associado a estas infeções. Assim, as infeções por EV são subestimadas e, mais ainda, os dados sobre a sua tipagem são escassos - se não inexistentes -, o que envolve análises de segundo nível que geralmente não são realizadas rotineiramente em laboratórios de diagnóstico microbiológico clínico, raramente estão disponíveis e não são recolhidos sistematicamente, nem mesmo a nível europeu. Uma condição que, portanto, impossibilita estimar tanto o impacto das infeções por EV em geral, e do E-11 em particular, como os fatores de risco relacionados com os casos mais graves e as vias de transmissão mais significativas. Além disso, as características da resposta imunológica e inflamatória à infeção permanecem por definir. Estes elementos permitiriam, se disponíveis, a formulação de uma definição de caso específica para garantir a confirmação laboratorial rápida e o reconhecimento da doença.Para reforçar o conhecimento da disseminação e impacto das infeções por enterovírus em recém-nascidos, com foco no E-11, através da realização das seguintes atividades, no âmbito dos objetivos propostos pelo projeto: conceção e implementação piloto (prova de conceito) de sistemas de vigilância epidemiológica e genómica com potencial aplicação nacional; caracterização molecular e avaliação das características patogénicas virais; pesquisa de possíveis marcadores imunológicos e fatores de risco do hospedeiro associados a doença grave por EV, incluindo E-11.

Objetivos específicos

1. Implementar e validar um protocolo para atividades de rastreio em unidades neonatais e unidades de cuidados intensivos neonatais, com o objetivo de verificar a presença de infeções causadas por EV e identificar formas graves de infeção, com particular atenção ao E-11.
2. Caracterizar estirpes de EV, identificadas no âmbito das atividades realizadas pelo objetivo específico 1, utilizando abordagens de sequenciação de nova geração (NGS) para obter a sequência do genoma completo e identificar possíveis formas recombinantes. Realizar análise filogenética das sequências obtidas em comparação com as depositadas nas principais bases de dados internacionais, para definir genomas que possam ser atribuídos a estirpes variantes ou com mutações específicas no genoma.