Неонатальные энтеровирусные инфекции в Италии: вирусологическая характеристика, геномные и клинико-эпидемиологические особенности эховируса 11 (Entero-Neo)

Род Enterovirus, относящийся к семейству Picornaviridae, состоит из одноцепочечных РНК-вирусов с положительной полярностью, классифицируемых на виды Enterovirus (EV, включая Coxsackievirus, Echovirus и Poliovirus) A–J и Rhinovirus (RV) A–C, из которых описано более 200 различных генотипов. Энтеровирусы имеют глобальное распространение и являются частой причиной лихорадочных, гастроэнтеритных и экзантематозных заболеваний, обычно самокупирующихся, которые широко распространены среди младенцев и детского населения. Однако они могут иногда вызывать серьезные заболевания, включая менингоэнцефалит, миелит, паралич, миокардит, сепсис, тяжелые респираторные синдромы и острый гепатит. Они могут передаваться респираторным путем, причем большинство случаев в умеренных регионах происходит летом и ранней осенью. Для энтеровирусов характерна быстрая эволюция, обусловленная высокой частотой мутаций (из-за наличия РНК-зависимой РНК-полимеразы, лишенной активности корректуры) и высокой вероятностью рекомбинационных событий. Последние, в частности межтиповая рекомбинация, играют решающую роль в эволюционном процессе энтеровирусов и признаны основной причиной появления штаммов с более высокой патогенностью и/или эпидемическим потенциалом, хотя связанные с этим генетические детерминанты на сегодняшний день не известны. В период с июля 2022 года по апрель 2023 года во Франции было зарегистрировано девять случаев неонатальной инфекции, вызванной Echovirus 11 (E-11), с тяжелой печеночной недостаточностью и неврологическим и миокардиальным поражением; семь из этих случаев закончились летальным исходом. После этих сообщений Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) выпустила предупреждение, которое быстро привело к выявлению дополнительных случаев в Италии, Испании, Хорватии и Великобритании. Поскольку инфекции EV не подлежат систематическому эпиднадзору, отсутствуют данные о фактическом бремени болезней, связанных с этими инфекциями. Таким образом, инфекции EV недооцениваются, и, более того, данные об их типировании скудны – если не отсутствуют –, что подразумевает проведение анализов второго уровня, которые, как правило, не проводятся рутинно в клинико-микробиологических диагностических лабораториях, редко доступны и не собираются систематически, даже на европейском уровне. Это условие, следовательно, делает невозможной оценку как влияния инфекций EV в целом, и E-11 в частности, так и факторов риска, связанных с наиболее серьезными случаями и наиболее значимыми путями передачи. Кроме того, характеристики иммунологического и воспалительного ответа на инфекцию еще предстоит определить. Эти элементы позволили бы, при их наличии, сформулировать конкретное определение случая для обеспечения быстрого лабораторного подтверждения и распознавания заболевания. Для укрепления знаний о распространении и воздействии энтеровирусных инфекций у новорожденных, с акцентом на E-11, путем проведения следующих мероприятий в рамках предлагаемых целей проекта: разработка и пилотное внедрение (доказательство концепции) систем эпидемиологического и геномного надзора с потенциальным национальным применением; молекулярная характеристика и оценка вирусных патогенных особенностей; поиск возможных иммунологических маркеров и факторов риска со стороны хозяина, связанных с тяжелым течением EV-инфекции, включая E-11.

Конкретные цели

1. Внедрить и валидировать протокол для скрининговых мероприятий в отделениях новорожденных и отделениях интенсивной терапии новорожденных, направленных на проверку наличия инфекций, вызванных EV, и выявление тяжелых форм инфекции, с особым вниманием к E-11.
2. Охарактеризовать штаммы EV, выявленные в рамках мероприятий, проводимых по конкретной цели 1, с использованием подходов секвенирования следующего поколения (NGS) для получения полной последовательности генома и выявления возможных рекомбинантных форм. Провести филогенетический анализ полученных последовательностей по сравнению с теми, что депонированы в основных международных базах данных, для определения геномов, которые могут быть отнесены к вариантным штаммам или с конкретными мутациями в геноме.