気管支肺胞洗浄液中の微生物を同定するための超並列シーケンス

5.1 被験者は臨床適応に基づいて気管支鏡検査および BAL を受けます。 技術と機器は、ウェストチェスター メディカル センター (WMC) での現在の臨床業務に準拠したものとなります。 気管支鏡は通常、人工気道（気管内チューブまたはラリンジアルマスク気道）を介して導入されます。 洗浄は滅菌生理食塩水で行われます。 洗浄を行う部位は、放射線学的データまたは臨床データ、および気管支鏡検査中の気道の外観に基づいて選択されます。 洗浄の典型的な量は、それぞれ 1 ml/kg のアリコート 3 つで、アリコートあたり最大 20 ml です。

5.2 10 ml 以上の BAL 液が WMC 検査室に受け入れられた場合、BAL 液は、医師が指示したすべての臨床検査検査および大規模並行シーケンス研究検査用に WMC 検査室によって分割されます。 これにより、すべての臨床検査に十分な BAL 材料が確実に利用できるようになります。

5.3 研究用の BAL 液は WMC 研究所によって保管され、ニューヨーク医科大学ゲノミクス中核施設で処理するために研究職員によって引き取られます。

5.4 研究部分は、ウイルス、細菌、真菌の核酸の分離にさらに分割されます。 BAL に使用される流体の対照サンプルも並行して準備されます。 細菌/真菌の DNA、ウイルスの DNA および RNA が分離されます。 全ゲノム配列決定ライブラリーは、Illumina MiSeq 上でバッチで生成され、配列決定されます。

FASTQ ファイルは逆多重化され、Phylosift を使用して微生物ゲノムに合わせて調整されます。11 患者サンプルと対照サンプルの両方に存在する DNA 配列は汚染物質として廃棄されます。 同定された優勢な微生物は、培養に依存しない結果を検証するために使用される培養ベースの技術の結果と照合されます。