Massiv parallel sekvensering for at identificere mikrobiologiske organismer i bronchoalveolær lavagevæske
Massiv parallel sekvensering for at identificere mikrobiologiske organismer i bronchoalveolær lavagevæske hos børn, unge og unge voksne efter hæmatopoietisk stamcelletransplantation
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
5.1 Forsøgspersoner vil gennemgå bronkoskopi og BAL baseret på kliniske indikationer. Teknikker og udstyr vil være i henhold til den nuværende kliniske praksis på Westchester Medical Center (WMC). Bronkoskopet indføres normalt enten via en kunstig luftvej (endotracheal tube eller larynxmaske luftvej). Udskylningen udføres med sterilt normalt saltvand. Udskylningsstedet vælges baseret på radiologiske eller kliniske data og på udseendet af luftvejene under bronkoskopien. Det typiske volumen af udskylningen er 3 alikvoter á 1 ml/kg hver, med et maksimum på 20 ml pr. aliquot.
5.2 Når 10 ml eller mere BAL-væske modtages af WMC-laboratoriet, vil BAL-væsken blive opdelt af WMC-laboratoriet for alle lægebeordrede kliniske laboratorietests og for massivt parallelle sekventeringsforskningstest. Dette vil sikre, at tilstrækkeligt BAL-materiale er tilgængeligt til alle kliniske tests.
5.3 BAL-væsken til forskning vil blive holdt af WMC-laboratoriet og afhentet af forskningspersonale til behandling på New York Medical College Genomics Core Facility.
5.4 Forskningsdelen vil blive yderligere opdelt til isolering af viral, bakteriel og svampe nukleinsyreisolering. En kontrolprøve af væske, der anvendes til BAL, vil blive forberedt parallelt. Bakterie-/svampe-DNA og viralt DNA og RNA vil blive isoleret. Helgenomsekventeringsbiblioteker vil blive genereret og sekventeret i batches på Illumina MiSeq.
FASTQ-filer vil blive demultiplekset og derefter justeret til mikrobielle genomer ved hjælp af Phylosift.11 DNA-sekvenser til stede i både patient- og kontrolprøver vil blive kasseret som kontaminant. Den eller de overvejende organismer, der identificeres, vil blive matchet med resultaterne af de kulturbaserede teknikker, der anvendes til at verificere de kulturuafhængige resultater.
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Forventet)
Tilmelding
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Køn, der er berettiget til at studere
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier
- Patientalder < 30 år
- Modtager af en autolog eller allogen stamcelletransplantation inden for de foregående 365 dage
- Kræver en bronkoalveolær skylning til kliniske indikationer
- Underskrevet samtykke Eksklusionskriterier
- Manglende underskrevet informeret samtykke
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Procentvis overensstemmelse mellem massivt parallel sekventering (MPS) og standard mikrobiologisk teknik resultater.
Tidsramme: 10 dage
|
Børn, unge og unge voksne (CAYA) hæmatopoietiske stamcelletransplantationer (HSCT) med kliniske symptomer/indikationer vil gennemgå bronkoalveolær lavage (BAL), med prøver fra dem med tilstrækkeligt BAL væskeudbytte (>10 ml), der gennemgår både massiv parallel sekventering og standard sammenligning af mikrobiologisk teknik.
|
10 dage
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær færdiggørelse (Faktiske)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Faktiske)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- NYMC 181
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
IPD-planbeskrivelse
IPD-delingstidsramme
IPD-deling Understøttende informationstype
- CSR
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Lungeinfektion
-
NCT07255105RekrutteringCLABSI - Central Line Associated Bloodstream Infection
-
NCT07320183Ikke rekrutterer endnuHPV - Anogenital Human Papilloma Virus Infection | Infertilitet
-
NCT04440241RekrutteringImplant Site Pocket Infection
-
NCT07450703Ikke rekrutterer endnuHPV - Anogenital Human Papilloma Virus Infection | Kræft, sund | Sundheds tro model
-
NCT07209670Ikke rekrutterer endnuCLABSI - Central Line Associated Bloodstream Infection | Perifert indsat central kateter | Umbilical venekateter
-
NCT03225794RekrutteringSimian Foamy Virus Infection (lidelse)
-
NCT04873557AfsluttetHealthcare Associated Infection
-
NCT03772769AfsluttetOdontogen Deep Space Neck Infection
-
NCT07619625Ikke rekrutterer endnuHealth Care Associated Infection
-
NCT06739863Aktiv, ikke rekrutterendeHealthcare Associated Infection
Kliniske forsøg med massivt parallel sekventering
-
NCT03962452AfsluttetSjældne sygdomme | Genetisk disposition
-
NCT02534519UkendtGenetisk blodgruppe (bg) Polymorfi i U-negativitet og St(a) af MNS'er
-
NCT03833934Afsluttet
-
NCT03918707Aktiv, ikke rekrutterendeGenetisk sygdom | Genetisk syndrom
-
NCT05910710RekrutteringTredobbelt negativ brystkræft | Pembrolizumab | Neoadjuverende kemoterapi | Tumor mikromiljø
-
NCT06244940RekrutteringMedfødt hjertesygdom
-
NCT07396883Ikke rekrutterer endnuUdviklings- og epileptisk encefalopati | Epilepsi hos børn
-
NCT02380729Afsluttet
-
NCT02790944AfsluttetDuktalt adenokarcinom i bugspytkirtlen