호흡기 미생물군 구성의 변이
천식 환자와 비천식 환자 사이의 호흡기 미생물총 구성의 변이
연구 개요
상세 설명
이 연구는 2019년 3월부터 12월까지 10개월 동안 Al Bashir 공립 병원에서 모집된 환자를 대상으로 진행되었으며, 54명의 참가자(천식 환자 27명과 건강한 피험자 27명)의 편리한 표본에 접근했습니다. 모든 천식 환자는 Al Bashir 병원의 외래 진료소에서 모집되었습니다. 연구 참여자들은 연구의 성격에 대해 통보를 받았고 그들의 구두 및 자발적인 동의를 얻은 후에만 포함되었습니다. 모든 연구 참여자로부터 사회인구학적 특성을 수집했습니다.
검체는 호흡기 질환의 검체 채취를 위한 CDC 지침에 따라 검체를 채취했습니다. 모든 참가자는 가래 수집을 위해 지정된 특수 멸균 튜브에 가래 샘플을 뱉도록 요청 받았습니다. 참가자들에게 객담 샘플을 유도하기 전에 멸균수로 입을 헹구도록 요청함으로써 객담 샘플이 타액 및 후비루로 오염되지 않도록 특별한 주의를 기울였습니다. 그런 다음 객담 검체를 즉시 균질화하고 미생물 유전자 염기서열 분석 및 염기서열 분석을 위한 DNA 추출을 위해 급속 냉동고(-80°C)에 보관했습니다.
요르단의 수도인 암만에 위치하고 있습니다. QIAamp® DNA 미니 키트(QIAGEN)를 사용한 DNA 추출 및 16S rRNA 시퀀싱 DNA 추출은 제조업체 지침에 따라 모든 샘플에 대해 무균실에서 무균 기술로 수행되었습니다. 수집된 54개 샘플(천식 환자 27개 및 건강한 대상 27개)의 DNA 추출물은 Molecular Research(MR DNA) Lab(Molecular Research LP, Shallowater , TX, USA) 시퀀싱. 간략하게, Illumina를 사용하여 16s rRNA 유전자의 PCR 증폭 및 후속 시퀀싱을 수행했습니다. 정방향 프라이머에 바코드가 있는 16s rRNA 유전자 V4 가변 영역 PCR 프라이머 ill27Fmod(AGRGTTTGATCMTGGCTCAG)/ill519Rmod(GTNTTACNGCGGCKGCTG)를 HotStarTaq Plus Master Mix Kit(Qiagen, USA)를 사용하여 30주기로 사용했습니다. 증폭 후 PCR 산물을 2% 아가로스 젤에서 확인하여 증폭의 성공 여부와 밴드의 상대적 강도를 확인하였다.
풀링 및 정제된 PCR 생성물을 사용하여 Illumina DNA 라이브러리를 준비했습니다. 제조업체의 지침에 따라 MiSeq에서 시퀀싱을 수행했습니다. 시퀀스 데이터는 MR DNA 분석 파이프라인(MR DNA, 미국 텍사스주 샬로워터)을 사용하여 처리되었습니다. 요약하면, 서열이 결합되고 바코드가 고갈된 다음 <150bp의 서열이 제거되고 모호한 기본 호출이 있는 서열이 제거되었습니다. 서열의 노이즈를 제거하고 OTU(Operational taxonomic Unit)를 생성하고 키메라를 제거했습니다. OTU는 3% 분기(97% 유사성)에서 클러스터링하여 정의되었습니다. 최종 OTU는 RDPII 및 NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov, http://rdp.cme.msu.edu). 알파 다이버시티 인덱스, 즉 Shannon 인덱스 H의 경우 데이터 분석 버전 4.02의 "과거 프로그램"에서 상대 풍부도가 1% 미만인 판독값을 필터링한 후 수행했습니다. Shannon 지수는 단일 분류군만 있는 커뮤니티의 경우 0에서 많은 분류군이 있는 커뮤니티의 높은 값까지 다양합니다(DeJong, 1975).
연구 유형
등록 (실제)
연락처 및 위치
연구 장소
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Amman, 요르단, 11931
- Applied Science Private University
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
연구 대상 성별
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- 천식 환자
- 건강한 과목
- 14세
제외 기준:
- 흡연자
- 환자는 연구 등록 전 최소 2개월 동안 항생제를 복용했다고 보고했습니다. 3- 다른 호흡기 질환이나 감염이 있는 환자.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
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천식 환자
14세 이상의 천식 환자 등이 연구에 포함되었습니다.
14세의 환자가 알 바시르 병원에서 성인으로 취급된다는 것을 알고 있습니다.
흡연자, 연구 등록 전 최소 2개월 이상 항생제를 복용한 것으로 보고된 환자, 기타 호흡기 질환 또는 감염이 있는 환자는 연구에서 제외되었습니다.
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QIAamp® DNA 미니 키트(QIAGEN)를 사용한 DNA 추출은 제조업체 지침에 따라 모든 샘플에 대해 무균실에서 무균 기술로 수행되었습니다.
수집된 54개 샘플(천식 환자 27개 및 건강한 대상 27개)의 DNA 추출물은 Molecular Research(MR DNA) Lab(Molecular Research LP, Shallowater , TX, USA) 시퀀싱.
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건강한 과목
14세 이상의 건강한 피험자가 연구에 포함되었습니다.
흡연자, 연구 등록 전 최소 2개월 이상 항생제를 복용한 것으로 보고된 환자, 기타 호흡기 질환 또는 감염이 있는 환자는 연구에서 제외되었습니다.
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QIAamp® DNA 미니 키트(QIAGEN)를 사용한 DNA 추출은 제조업체 지침에 따라 모든 샘플에 대해 무균실에서 무균 기술로 수행되었습니다.
수집된 54개 샘플(천식 환자 27개 및 건강한 대상 27개)의 DNA 추출물은 Molecular Research(MR DNA) Lab(Molecular Research LP, Shallowater , TX, USA) 시퀀싱.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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요르단의 천식 환자와 비천식 환자의 LRT에서 공통 미생물을 확인하기 위해
기간: 10개월
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DNA를 추출한 후 수집된 샘플에서 16s rRNA 유전자를 시퀀싱하여 천식 환자와 비천식 환자 사이의 LRS의 미생물을 평가합니다.
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10개월
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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진단 도구로 사용할 수 있는 일반적인 미생물 생물 지표를 식별하기 위해
기간: 10개월
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통계 분석 및 생물다양성 지표를 사용하여 연구 모집단의 객담 샘플에서 16s 리보솜 RNA 유전자 시퀀싱을 사용하여 천식 조기 진단을 위한 진단 도구로 사용할 수 있는 공통 미생물 생물 지표를 계산합니다.
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10개월
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 수석 연구원: Mohammad Al-Najjar, PhD, Faculty of Pharmacy, Applied Science Private University
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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DNA 추출 및 16S rRNA 시퀀싱에 대한 임상 시험
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