모유 내 세균 미생물총의 메타게놈 분석 (MIC-LAMA2)

모유의 정확한 박테리아 구성과 미생물군이 나타내는 이론적 및 실제 위험에 대해서는 아직 알려지지 않은 것이 많습니다. 총 호기성 식물군(TAF) 및 황색 포도상구균 존재 여부를 결정하는 것 외에도 예방 및 감염 통제 부서에서 한천 배양으로 식별한 가장 일반적으로 분리된 장내세균 종은 진단 샘플에서 잠재적으로 발견되는 종들 중 하나입니다: Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca 및 Escherichia coli. 그러나 이들이 동일한 계통인지 아닌지는 아직 알려지지 않았습니다. 그러므로 모유의 미생물군에 존재하는 균주와 신생아 감염을 담당하는 균주 사이에 차이가 있는지 묻는 것이 타당합니다.

우유 미생물총을 구성하는 박테리아를 열거하고 식별하는 기존 방법은 표준화되어 있지 않으므로 그 구성에 대한 정확하고 다각적인 목록을 작성하기가 어렵습니다. 따라서 전문가 합의에 의해 정의된 임계값을 초과하는 것이 모유를 받아야 하는 신생아에게 실제 위험을 나타내는지 여부를 아는 것은 불가능합니다.

CNRGH(National de Recherche en Génomique Humane)에서는 메타게놈 시퀀싱 접근 방식을 통해 두 가지 보완적인 방법론을 사용하여 미생물군을 연구할 수 있습니다. 분석할 환경에 존재하는 유기체(박테리아, 바이러스, 곰팡이 등)의 게놈을 서열 분석(샷건 메타게놈학)하거나 각 박테리아 종에 특정한 하나 이상의 유전자를 서열 분석(표적 메타게놈학)함으로써 가능합니다. 16S 리보솜 RNA(rRNA)를 암호화하는 유전자에는 다양한 박테리아 종에 공통적인 서열 영역과 시료에 존재하는 박테리아를 구별하는 데 사용할 수 있는 가변 영역이 있습니다.

기존의 한천 배양 방법과 메타게놈 분석 방법을 사용하여 모유 내 박테리아 미생물군 구성을 비교하면 미숙아의 감염성 병리학에 대한 잠재적인 관련성을 이해하는 데 진전을 이룰 수 있습니다. 이러한 과학적, 의학적 맥락에서 신생아의학과, 중환자실, 예방 및 감염 관리 부서와 CNRGH 간에 처음으로 공동 프로젝트가 시작되었습니다. 이는 메타게놈에 대한 과학적 지식과 CNRGH의 고성능 기술 도구를 결합하고 CHSF 진료 부서의 의료 환경에 잠재적으로 적용할 수 있는 협력을 지속하기 위한 파일럿 연구였습니다.