Metagenomisk analyse av bakteriell mikrobiota i morsmelk (MIC-LAMA2)

Det er fortsatt mange ukjente om den nøyaktige bakteriesammensetningen til morsmelk, og de teoretiske og reelle risikoene som dens mikrobiota representerer. I tillegg til å bestemme total aerobic flora (TAF) og Staphylococcus aureus tilstedeværelse, er de mest isolerte enterobacterales-artene identifisert av agarkultur av avdelingen for forebygging og infeksjonskontroll også blant de som potensielt finnes i diagnostiske prøver: Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca og Escherichia coli. Det er imidlertid ennå ikke kjent om disse er identiske stammer eller ikke. Det er derfor legitimt å spørre om det er noen forskjeller mellom stammene som finnes i mikrobiotaen til morsmelk og de som er ansvarlige for nyfødte infeksjoner.

Konvensjonelle metoder for å telle opp og identifisere bakteriene som utgjør melkemikrobiotaen er ikke standardiserte, noe som gjør det vanskelig å utarbeide en presis, multisentrisk oversikt over sammensetningen. Det er derfor umulig å vite om overskridelse av en terskelverdi definert av ekspertkonsensus representerer en reell fare for nyfødte som må få morsmelk.

Ved Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) gjør en metagenomisk sekvenseringstilnærming det mulig å studere mikrobiotaen ved å bruke to komplementære metoder. Enten ved å sekvensere genomene til organismer (bakterier, virus, sopp osv.) som er tilstede i miljøet som skal analyseres (hagle metagenomics), eller ved å sekvensere ett eller flere gener spesifikke for hver bakterieart (målrettet metagenomics). Genet som koder for 16S ribosomalt RNA (rRNA) har sekvensregioner som er felles for ulike bakteriearter, samt variable regioner som kan brukes til å skille bakteriene som finnes i en prøve.

En sammenligning av sammensetningen av bakteriemikrobiotaen i morsmelk ved bruk av konvensjonelle agarkulturmetoder og metagenomiske analysemetoder vil gjøre oss i stand til å gjøre fremskritt i å forstå dens potensielle involvering i smittsomme patologier hos premature spedbarn. Det er i denne vitenskapelige og medisinske konteksten at det for første gang ble igangsatt et samarbeidsprosjekt mellom avdelingene for nyfødtmedisin og intensivavdeling og for forebygging og infeksjonskontroll, og CNRGH. Dette var en pilotstudie med mål om å videreføre dette samarbeidet, som kombinerer vitenskapelig kunnskap om metagenomet med CNRGHs høyytelses teknologiske verktøy, samt potensielle anvendelser i det medisinske miljøet i CHSFs omsorgsavdelinger.