Metagenomische Analyse bakterieller Mikrobiota in Muttermilch (MIC-LAMA2)

Es gibt immer noch viele Unbekannte über die genaue bakterielle Zusammensetzung der Muttermilch und die theoretischen und tatsächlichen Risiken, die ihre Mikrobiota mit sich bringt. Neben der Bestimmung der gesamten aeroben Flora (TAF) und des Vorhandenseins von Staphylococcus aureus gehören auch die am häufigsten isolierten Enterobacterales-Arten, die durch Agarkultur von der Abteilung für Prävention und Infektionskontrolle identifiziert wurden, zu den potenziell in diagnostischen Proben gefundenen Arten: Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca und Escherichia coli. Es ist jedoch noch nicht bekannt, ob es sich um identische Stämme handelt oder nicht. Es ist daher berechtigt zu fragen, ob es Unterschiede zwischen den in der Mikrobiota der Muttermilch vorhandenen Stämmen und den für Neugeboreneninfektionen verantwortlichen Stämmen gibt.

Herkömmliche Methoden zur Zählung und Identifizierung der Bakterien, aus denen die Milchmikrobiota besteht, sind nicht standardisiert, was die Erstellung einer präzisen, multizentrischen Bestandsaufnahme ihrer Zusammensetzung erschwert. Es lässt sich daher nicht sagen, ob das Überschreiten eines im Expertenkonsens festgelegten Schwellenwerts eine echte Gefahr für Neugeborene darstellt, die Muttermilch erhalten müssen.

Am Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) ermöglicht ein metagenomischer Sequenzierungsansatz die Untersuchung der Mikrobiota mit zwei komplementären Methoden. Entweder durch Sequenzierung der Genome von Organismen (Bakterien, Viren, Pilze usw.), die in der zu analysierenden Umgebung vorhanden sind (Schrotflinten-Metagenomik), oder durch Sequenzierung eines oder mehrerer Gene, die für jede Bakterienart spezifisch sind (gezielte Metagenomik). Das Gen, das für ribosomale 16S-RNA (rRNA) kodiert, verfügt über Sequenzregionen, die verschiedenen Bakterienarten gemeinsam sind, sowie über variable Regionen, die zur Unterscheidung der in einer Probe vorhandenen Bakterien verwendet werden können.

Ein Vergleich der Zusammensetzung der bakteriellen Mikrobiota in der Muttermilch unter Verwendung herkömmlicher Agarkulturmethoden und metagenomischer Analysemethoden würde es uns ermöglichen, Fortschritte beim Verständnis ihrer möglichen Beteiligung an infektiösen Pathologien bei Frühgeborenen zu erzielen. In diesem wissenschaftlichen und medizinischen Kontext wurde erstmals ein Kooperationsprojekt zwischen den Abteilungen für Neonatalmedizin und Intensivmedizin sowie für Prävention und Infektionskontrolle und dem CNRGH initiiert. Hierbei handelte es sich um eine Pilotstudie mit dem Ziel, diese Zusammenarbeit fortzusetzen, die wissenschaftliche Erkenntnisse über das Metagenom mit den leistungsstarken technologischen Werkzeugen des CNRGH sowie potenziellen Anwendungen im medizinischen Umfeld in den Pflegeabteilungen des CHSF kombiniert.