Метагеномный анализ бактериальной микробиоты грудного молока (MIC-LAMA2)

До сих пор остается много неизвестных относительно точного бактериального состава грудного молока, а также теоретических и реальных рисков, связанных с его микробиотой. Помимо определения общей аэробной флоры (TAF) и наличия Staphylococcus aureus, наиболее часто выделяемые виды энтеробактерий, идентифицированные отделом профилактики и инфекционного контроля с помощью агаровой культуры, также входят в число потенциально обнаруживаемых в диагностических пробах: Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca и Escherichia coli. Однако пока неизвестно, идентичные ли это штаммы или нет. Поэтому вполне законно задаться вопросом, существуют ли какие-либо различия между штаммами, присутствующими в микробиоте грудного молока, и штаммами, ответственными за инфекции новорожденных.

Традиционные методы подсчета и идентификации бактерий, составляющих микробиоту молока, не стандартизированы, что затрудняет составление точной многоцентровой инвентаризации его состава. Поэтому невозможно знать, представляет ли превышение порогового значения, определенного экспертным консенсусом, реальную опасность для новорожденных, которые должны получать грудное молоко.

В Национальном центре исследований геномики человека (CNRGH) подход метагеномного секвенирования позволяет изучать микробиоту с использованием двух взаимодополняющих методологий. Либо путем секвенирования геномов организмов (бактерий, вирусов, грибов и т. д.), присутствующих в анализируемой среде (метагеномика дробовика), либо путем секвенирования одного или нескольких генов, специфичных для каждого вида бактерий (целевая метагеномика). Ген, кодирующий 16S рибосомальную РНК (рРНК), имеет области последовательности, общие для разных видов бактерий, а также вариабельные области, которые можно использовать для различения бактерий, присутствующих в образце.

Сравнение состава бактериальной микробиоты грудного молока с использованием традиционных методов агарового культивирования и методов метагеномного анализа позволит нам добиться прогресса в понимании ее потенциального участия в инфекционных патологиях у недоношенных детей. Именно в этом научном и медицинском контексте впервые был инициирован совместный проект между отделениями неонатальной медицины и интенсивной терапии, профилактики и инфекционного контроля и CNRGH. Это было пилотное исследование с целью продолжения этого сотрудничества, которое сочетает в себе научные знания о метагеноме с высокопроизводительными технологическими инструментами CNRGH, а также потенциальным применением в медицинской среде в отделениях ухода CHSF.